网络药理学筛选靶点
预测SAL治疗衰老相关肾纤维化的潜在靶点。
从多个数据库获取SAL和衰老相关肾纤维化的靶点,取交集获得183个潜在治疗靶点,并进行富集分析和PPI网络分析。
Salidroside Alleviates Renal Fibrosis in SAMP8 Mice by Inhibiting Ferroptosis.
包含网络药理学预测、体内动物模型实验(SAMP8小鼠)、分子生物学检测(Western blot、q-PCR、IHC)和分子对接,但缺乏体外细胞实验和机制验证。
SAMP8小鼠衰老相关肾纤维化模型 SAMR1小鼠对照
SAMP8小鼠给药:红景天苷30 mg/kg/day和60 mg/kg/day灌胃,Fer-1 5 mg/kg/day腹腔注射,持续12周 对照组:SAMR1小鼠灌胃生理盐水 肾功能检测:血清BUN、SCr、ALB水平 铁死亡相关蛋白检测:GPX4、SLC7A11、ACSL4、TFR1、FTH1、FPN1 统计分析:单因素方差分析(ANOVA)和Tukey事后检验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测SAL治疗衰老相关肾纤维化的潜在靶点。
从多个数据库获取SAL和衰老相关肾纤维化的靶点,取交集获得183个潜在治疗靶点,并进行富集分析和PPI网络分析。
评估SAL对SAMP8小鼠衰老相关肾纤维化的保护作用。
使用3月龄SAMP8小鼠和SAMR1对照,在5月龄时分组给药,包括SAMP8+生理盐水、SAMP8+SAL低剂量(30 mg/kg/day)、SAMP8+SAL高剂量(60 mg/kg/day)、SAMP8+Fer-1(5 mg/kg/day),持续12周。
检测SAL对衰老相关肾功能损伤的影响。
收集血清,检测BUN、SCr和ALB水平。
观察SAL对肾组织形态学变化的影响。
肾组织固定、包埋、切片,进行H&E和Masson染色,评估系膜增生和胶原沉积。
评估SAL对促纤维化因子的影响。
通过qPCR和Western blot检测TGF-β1和α-SMA的表达。
评估SAL对肾组织氧化应激和铁死亡的影响。
检测MDA、SOD、GSH水平,并通过IHC检测GPX4表达。
评估SAL对肾铁过载和铁转运蛋白的影响。
通过铁染色观察肾铁沉积,Western blot检测TFR1、FTH1和FPN1表达。
验证SAL对铁死亡通路关键蛋白的影响。
通过qPCR和Western blot检测ACSL4、SLC7A11和GPX4的表达。
模拟SAL与铁死亡相关靶蛋白的结合能力。
使用AutoDock Vina和AutoDock进行分子对接,展示SAL与GPX4、SLC7A11等蛋白的结合模式。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 红景天苷 | Macklin | C10739039 |
| 铁死亡抑制剂-1 | Topscience | 347174-05-4 | |
| 生化分析 | 血清肌酐检测试剂盒 | JianChen Nanjing | C011-2-1 |
| 血尿素氮检测试剂盒 | JianChen Nanjing | C013-1-1 | |
| 白蛋白检测试剂盒 | JianChen Nanjing | A028-2-1 | |
| 组织学 | 数字切片扫描仪 | KFBIO | KF-PRO-005 |
| 生化检测 | 脂质过氧化MDA检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| 谷胱甘肽检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 超氧化物歧化酶检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| HiScript III逆转录预混液(去除基因组DNA)试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | -- | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | -- | |
| 罗氏LightCycler96实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| SLC7A11抗体 | Proteintech | 26864-1-AP | |
| ACSL4抗体 | Abcam | ab155282 | |
| TFR1抗体 | Bioss | bs-21319R | |
| FTH1抗体 | CST | 3998 | |
| FPN1抗体 | Proteintech | 2660-1-AP | |
| α-SMA抗体 | CST | 19245 | |
| TGF-β1抗体 | CST | 84912 | |
| 增强化学发光试剂 | Vazyme | E412-01 | |
| 免疫组化 | 抗山羊二抗 | Proteintech | SA00001-2 |
| PCR | GAPDH引物 | Sangon Biotech | B661304 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与分组 | 小鼠品系(SAMP8和SAMR1)、性别(雄性)、年龄(给药时5月龄)、样本量(每组8-10只)、给药途径(灌胃/腹腔注射)、给药剂量(SAL 30和60 mg/kg/day、Fer-1 5 mg/kg/day)、给药周期(12周) 阅读提示:Materials and Methods, Section 4.3 Experimental Design |
| 药物配制 | SAL和Fer-1的溶剂、配制浓度、储存条件 阅读提示:Materials and Methods, Section 4.3, 未明确说明溶剂和配制细节 |
| 生化指标检测 | 血清收集方法、检测试剂盒品牌和货号、检测步骤 阅读提示:Materials and Methods, Section 4.4 Biochemical Analysis |
| 组织学分析 | 固定液(4%多聚甲醛)、固定时间(24h)、切片厚度(5μm)、染色方法(H&E、Masson)、胶原定量方法(ImageJ) 阅读提示:Materials and Methods, Section 4.5 Histology and Morphometry |
| 铁染色 | 切片厚度(5μm)、染色步骤(亚铁氰化钾和盐酸处理时间、DAB显色时间) 阅读提示:Materials and Methods, Section 4.6 Kidney Iron Staining |
| 氧化应激指标检测 | MDA、SOD、GSH检测试剂盒品牌、组织处理、操作步骤 阅读提示:Materials and Methods, Section 4.7 |
| qPCR | RNA提取试剂、逆转录试剂盒、qPCR master mix、仪器(Roche LightCycler96)、引物序列(表2)、内参基因(GAPDH或β-actin) 阅读提示:Materials and Methods, Section 4.8 Polymerase Chain Reaction, Table 2 |
| Western blot | 蛋白裂解液、蛋白上样量(20 μg)、SDS-PAGE凝胶浓度、PVDF膜、封闭液(5%脱脂奶)、一抗稀释比例和来源、二抗、显色试剂 阅读提示:Materials and Methods, Section 4.9 Western Blotting |
| 分子对接 | 软件(AutoDock Vina)、蛋白结构来源(PDB、AlphFold)、配体结构、对接参数 阅读提示:Materials and Methods, Section 4.10 Molecular Docking |
| 统计分析 | 统计软件(SPSS 25)、检验方法(单因素方差分析,Tukey事后检验)、显著性水平(p<0.05) 阅读提示:Materials and Methods, Section 4.11 Statistical Analysis |