数据采集与临床特征分析
收集胶质瘤患者的临床信息和转录组数据,以分析DRAXIN表达与临床特征的关系
从GEPIA、GEO、IVY-GAP和CGGA数据库收集胶质瘤样本数据,筛选748例具有完整临床信息的样本进行统计
DRAXIN as a Novel Diagnostic Marker to Predict the Poor Prognosis of Glioma Patients.
包含数据库分析、RT-qPCR和IHC验证表达,以及体外敲低实验验证功能,但缺乏动物模型和机制验证。
胶质瘤组织样本(17例) 正常脑组织样本(7例) 人胶质瘤细胞系U251、T98、A172 人星形胶质细胞HA
胶质瘤组织样本17例和正常脑组织7例,来源:河南省人民医院临床科室 细胞系U251、T98、A172和HA,购自上海顺然哈卡塔细胞库 siRNA靶向DRAXIN序列:5'-GCCCUCUGCAAAGAAGAAATT-3'及反义链,对照siNC序列 DRAXIN敲低效率:mRNA水平降低约70% CCK8检测时间点:72h和96h
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集胶质瘤患者的临床信息和转录组数据,以分析DRAXIN表达与临床特征的关系
从GEPIA、GEO、IVY-GAP和CGGA数据库收集胶质瘤样本数据,筛选748例具有完整临床信息的样本进行统计
验证DRAXIN在胶质瘤组织和细胞中的高表达
使用GEPIA和GSE50161数据集分析DRAXIN表达,并通过RT-qPCR和免疫组化检测临床样本及细胞系中的表达
评估DRAXIN表达与胶质瘤患者预后的关系
基于CGGA数据绘制Kaplan-Meier生存曲线、ROC曲线,进行单因素和多因素Cox回归分析
分析DRAXIN表达与恶性临床特征的相关性
采用Wilcoxon和Kruskal检验分析DRAXIN表达与WHO分级、PRS类型、IDH突变和1p19q状态的相关性
揭示DRAXIN可能参与的信号通路和共表达基因
对CGGA RNA-seq数据进行GSEA分析,并筛选与DRAXIN正负相关的前10个基因
验证DRAXIN敲低对胶质瘤细胞增殖和侵袭的影响
在U251细胞中转染siDRAXIN,通过RT-qPCR验证敲低效率,然后进行CCK8、集落形成、Transwell和伤口愈合实验
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | HyClone | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| siRNA转染 | 靶向DRAXIN的siRNA | Genepharma | -- |
| RNA提取 | Tri-Reagent试剂 | -- | -- |
| QIA symphony RNA试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| RNA定量 | 超微量分光光度计 | Thermo Fisher | -- |
| RT-qPCR | NovoStart SYBR qPCR SuperMix Plus | Novoprotein | -- |
| 免疫组化 | DRAXIN抗体 | Bioss | 1:500 |
| 小鼠/兔增强聚合物检测系统 | ZSGB-BIO | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织样本收集 | 胶质瘤组织样本17例,正常脑组织7例,来源:河南省人民医院 阅读提示:Materials and Methods 中 Tissue Collection 部分 |
| 细胞培养与处理 | 细胞系U251、T98、A172和HA,培养基为DMEM+10%FBS,培养条件37°C、5%CO2,siRNA浓度及转染时间:48小时 阅读提示:Materials and Methods 中 Cell Culture and Treatment 部分 |
| RT-qPCR | DRAXIN引物序列,内参GAPDH,分析方法2^-ΔΔCT或2^-ΔCT 阅读提示:Materials and Methods 中 RNA Extraction and RT-qPCR Analysis 部分 |
| CCK8和集落形成实验 | 细胞密度(2000细胞/孔,500细胞/孔),检测时间点(72h、96h,14天) 阅读提示:Materials and Methods 中 CCK8 Assay and Colony Formation Assay 部分 |
| Transwell和伤口愈合实验 | 细胞密度(1000细胞/孔),血清浓度(5%FBS上室,20%FBS下室),培养时间48小时 阅读提示:Materials and Methods 中 Transwell Assay and Wound Healing Assay 部分 |
| 免疫组化 | 一抗DRAXIN稀释比1:500,孵育条件4°C过夜,检测系统为Mouse/Rabbit enhanced polymer detection system 阅读提示:Materials and Methods 中 Immunohistochemistry 部分 |
| 统计分析 | Wilcox检验、Cox回归、Kaplan-Meier方法,p<0.05为显著 阅读提示:Materials and Methods 中 Statistical Analysis 部分 |