筛选与验证预后基因
识别RPLS中与预后相关的关键基因,并确定TRPM2-S的预后作用。
使用TCGA-SARC数据集的57例RPLS样本进行DFS单因素Cox分析,筛选预后基因;通过IHC在98例RPLS患者组织中验证TRPM2-L和TRPM2-S的表达与DFS的关系。
The Janus-faced role of TRPM2-S in retroperitoneal liposarcoma via increasing ROS levels.
包含患者组织IHC验证预后、两种RPLS细胞系过表达模型、功能实验(增殖、凋亡)、机制验证(Western blot)及氧化应激和NAC挽救实验。
94T778细胞系 SW872细胞系 98例RPLS患者组织样本 TCGA-SARC数据集
TRPM2-S过表达载体pcDNA3.1-TRPM2-S-Flag H2O2浓度梯度(0、100、200、300 μmol/L)处理24小时 NAC处理24小时抗氧化干预 IHC抗体识别TRPM2-L与TRPM2-S 细胞培养条件(RPMI-1640或L-15,10% FBS)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别RPLS中与预后相关的关键基因,并确定TRPM2-S的预后作用。
使用TCGA-SARC数据集的57例RPLS样本进行DFS单因素Cox分析,筛选预后基因;通过IHC在98例RPLS患者组织中验证TRPM2-L和TRPM2-S的表达与DFS的关系。
构建稳定表达TRPM2-S的RPLS细胞系,以研究其功能。
将pcDNA3.1-TRPM2-S-Flag质粒转染至94T778和SW872细胞,通过Western blot验证过表达效率。
验证TRPM2-S是否抑制细胞内Ca2+内流。
使用Fluo-4 AM染色检测过表达TRPM2-S后细胞内Ca2+信号强度。
评估TRPM2-S对RPLS细胞增殖和凋亡的影响。
通过EdU染色和实时细胞成像(IncuCyte S3)检测增殖;通过流式细胞术(Annexin-V & 7-AAD)和PI染色检测凋亡。
测定TRPM2-S过表达对细胞内ROS水平的影响。
使用DCFH-DA探针检测ROS水平。
阐明TRPM2-S调节增殖和凋亡的分子机制。
通过Western blotting检测相关信号通路蛋白的表达变化。
测试TRPM2-S在氧化应激下对细胞凋亡的影响。
用不同浓度H2O2诱导氧化应激,检测凋亡率、ROS水平和cleaved caspase3表达;并用NAC处理观察抗氧化作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | TRPM2-L抗体 | Abcam | ab11168 |
| TRPM2-S & -L抗体 | Bioss | bs-2888R | |
| 内源性过氧化氢酶阻断剂 | ZSBIO | PV-6000 | |
| 山羊血清 | ZSBIO | ZLI-9022 | |
| 山羊抗兔二抗 | ZSBIO | PV-9000 | |
| DAB显色试剂 | ZSBIO | ZLI-9018 | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | CORNING | -- |
| Leibovitz's L-15培养基 | CORNING | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | 2004186 |
| pcDNA3.1-TRPM2-S-Flag质粒 | Youbio | -- | |
| Western blot | 抗Flag抗体 | Solarbio | K200001M |
| 抗PTEN抗体 | Proteintech | 60300-1-Ig | |
| 抗pAKT抗体 | Proteintech | 66444-1-Ig | |
| 抗pGSK3β抗体 | Cell Signaling Technology | 9327S | |
| 抗β-Catenin抗体 | Cell Signaling Technology | 8480S | |
| 抗NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033S | |
| 抗pERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4370S | |
| 抗Bcl-2抗体 | Cell Signaling Technology | 3498S | |
| 抗cleaved caspase3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664S | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| RIPA裂解缓冲液 | -- | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | -- | |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 钙离子检测 | Fluo-4 AM钙离子探针 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 细胞增殖检测 | EdU细胞成像试剂盒 | Cell Light™ | C10310-2 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC | BD Biosciences | -- |
| 7-AAD-Percp-Cy5.5 | BD Biosciences | -- | |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| 氧化应激处理 | 过氧化氢 | -- | -- |
| 抗氧化处理 | N-乙酰-L-半胱氨酸 | -- | -- |
| 活细胞成像 | IncuCyte S3活细胞分析系统 | Essen Instruments | -- |
| 流式细胞术 | FACSVerse流式细胞仪 | Becton-Dickinson | -- |
| 荧光检测 | SpectraMas荧光分光光度计 | SpectraMas | -- |
| 显微镜 | OLYMPUS DP72荧光显微镜 | OLYMPUS | -- |
| 化学发光检测 | 增强化学发光系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本免疫组化 | 组织中TRPM2-S和TRPM2-L的表达水平,IHC评分标准(强度×范围),患者纳入标准(98例RPLS)。 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry; Patients and tissue specimens; Table 1 |
| 细胞培养与转染 | 细胞系(94T778和SW872)来源,培养基成分(RPMI-1640或L-15+10%FBS),转染试剂浓度和用量(5μL Lipofectamine 3000、1.5μg质粒、4μL P3000)。 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| 过表达效果验证 | TRPM2-S蛋白表达水平,使用Flag标签抗体和Western blot确认。 阅读提示:Methods: Plasmids and antibodies; Results: Fig. 3a |
| 钙内流检测 | Fluo-4 AM浓度和孵育时间(40分钟),细胞处理(48小时后),检测设备(荧光分光光度计)。 阅读提示:Methods: Cytosolic-free calcium measurement |
| 细胞增殖检测 | EdU浓度(50 μM)和孵育时间(2小时),细胞密度(1×10^4/孔),凋亡检测的PI染色浓度梯度(0,100,200,300 μmol/L H2O2)。 阅读提示:Methods: EdU cell imaging; PI staining |
| 细胞凋亡检测 | H2O2处理浓度(200 μmol/L)和时间(24小时),NAC处理和浓度(未明确,但时间为24小时),流式细胞术检测(Annexin-V & 7-AAD)。 阅读提示:Methods: Flow cytometry for apoptosis |
| ROS检测 | DCFH-DA探针孵育时间(20分钟),细胞密度(4×10^4/孔),激发和发射波长(488/525 nm)。 阅读提示:Methods: Measurement of intracellular ROS levels |
| 机制蛋白检测 | 相关抗体(anti-FOXO3a, anti-PTEN, anti-pAKT等)及稀释比,Western blot实验条件(SDS-PAGE, 封闭等)。 阅读提示:Methods: Western blotting; Plasmids and antibodies |
| 氧化应激实验 | H2O2浓度梯度(0,100,200,300 μmol/L)及处理时间(24小时),NAC处理(24小时)和前处理H2O2条件,凋亡检测方法和结果量化。 阅读提示:Results: TRPM2-S increased the susceptibility to apoptosis; Fig. 5, Fig. 6 |