网络药理学筛选RC活性成分及靶点
筛选RC的活性成分并预测其潜在靶点,获取MI相关靶点。
从TCMSP、ETCM、TCMID数据库筛选出60种活性成分(OB≥30%, DL≥0.18),从PharmMapper获得431个人类靶蛋白,从DisGeNET、GeneCards等数据库获得1131个MI靶点。
Uncovering the Effect and Mechanism of Rhizoma Corydalis on Myocardial Infarction Through an Integrated Network Pharmacology Approach and Experimental Verification.
包含网络药理学分析(PPI网络、GO/KEGG富集)、分子对接、体外OGD模型实验验证(细胞活力、Western blot、RT-qPCR、TUNEL)等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
H9c2大鼠心肌细胞系 氧-葡萄糖剥夺(OGD)体外模型
H9c2细胞在35mm培养皿中1×10^6细胞密度培养,使用含10%FBS的DMEM培养基 OGD处理3小时作为损伤条件 THP预处理48小时,浓度15、30、60μM PI3K/Akt通路抑制剂LY294002使用浓度10μM 细胞活力检测使用CCK-8试剂盒
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选RC的活性成分并预测其潜在靶点,获取MI相关靶点。
从TCMSP、ETCM、TCMID数据库筛选出60种活性成分(OB≥30%, DL≥0.18),从PharmMapper获得431个人类靶蛋白,从DisGeNET、GeneCards等数据库获得1131个MI靶点。
构建RC靶点与MI靶点的蛋白质相互作用网络,筛选核心靶点。
使用Cytoscape插件BisoGenet构建PPI网络,CytoNCA进行拓扑分析,经两次过滤后获得126个核心靶点。
分析核心靶点的生物学功能及通路富集情况。
使用DAVID工具对126个核心靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,发现PI3K/Akt信号通路显著富集。
预测核心靶点AKT1与生物活性成分的结合亲和力。
从PDB获取Akt晶体结构(6HHG),从PubChem获取配体结构,使用AutoDockTools进行分子对接,PyMOL展示结果。
评估THP对OGD损伤的H9c2细胞的保护作用及细胞毒性。
H9c2细胞经不同浓度THP(3.75-240μM)处理24小时检测细胞毒性;OGD处理1、3、6小时确定损伤时间;THP预处理48小时后再OGD处理3小时,检测细胞活力。
检测THP对OGD诱导的凋亡和炎症因子的影响。
Western blot检测p-Akt、Akt、caspase-3、cleaved-caspase-3蛋白表达;RT-qPCR检测Bax、Bcl-2、p53、IL-6、IL-1β、TNF-α的mRNA水平。
验证THP对OGD诱导的H9c2细胞凋亡的抑制作用。
使用TUNEL凋亡检测试剂盒,H9c2细胞固定后与TUNEL检测液孵育,DAPI染色,共聚焦显微镜观察并计数TUNEL阳性细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 四氢帕马丁 | Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd. | B74569 |
| 地佐西平 | Adamas-beta | 01131863 | |
| 机制验证 | LY294002 | Selleck | S1105 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞活力测定 | CCK-8试剂盒 | GLPBIO | -- |
| Western blot | 抗磷酸化Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 |
| 抗Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9692 | |
| 抗cleaved-caspase-3抗体 | Bioss | bsm-33199M | |
| 抗β-actin抗体 | Servicebio | GB12001 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ECL增强化学发光试剂 | Tanon | -- | |
| RT-qPCR | RNAex Pro试剂 | Accurate Biology | AG21102 |
| Evo M-MLV逆转录试剂盒 | Accurate Biotechnology | -- | |
| SYBR Green qPCR试剂盒 | Accurate Biotechnology | -- | |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TUNEL染色 | 一步法TUNEL凋亡检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| 微板读数 | 酶标仪 | Thermo Varioskan LUX | -- |
| 共聚焦显微镜 | 共聚焦扫描显微镜 | Leica TCS SP8 | -- |
| 分子对接 | AutoDockTools软件 | -- | -- |
| PyMOL软件 | -- | -- | |
| OpenBabel软件 | -- | -- | |
| 数据分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | H9c2细胞在35mm培养皿中1×10^6细胞密度,含10%FBS的DMEM培养基,5%CO2,37℃培养 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture and Treatment |
| OGD模型 | OGD处理时间3小时 阅读提示:Results: THP Protected H9c2 Cells Against OGD-Induced Injury |
| THP处理 | THP浓度15、30、60μM,预处理48小时 阅读提示:Results: THP Protected H9c2 Cells Against OGD-Induced Injury |
| 机制验证 | LY294002浓度10μM,与THP共同处理48小时 阅读提示:Results: THP Exhibited Anti-Apoptotic and Anti-Inflammatory Effects via the PI3K/Akt Signaling Pathway |
| 细胞活力检测 | CCK-8溶液10μl/孔,37℃孵育2小时,450nm测量吸光度 阅读提示:Materials and Methods: Cell Viability Assay |
| Western blot | 蛋白上样量20μg,SDS-PAGE浓度8%-12%,一抗4℃孵育过夜 阅读提示:Materials and Methods: Western Blot Analysis |
| RT-qPCR | RNA提取使用RNAex Pro试剂,RNA量2μg,逆转录和qPCR试剂盒品牌,定量方法2^-ΔΔCt 阅读提示:Materials and Methods: Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction |
| TUNEL染色 | TUNEL检测液50μl/孔,37℃孵育1小时,DAPI染色10分钟,共聚焦显微镜观察 阅读提示:Materials and Methods: TdT-Mediated dUTP Nick-End Labeling Staining |