构建FAdV-4蛋白-宿主蛋白相互作用网络
鉴定与FAdV-4主要结构蛋白相互作用的宿主蛋白
通过LC-MS/MS分析,鉴定与Hexon、Fiber 1、Fiber 2和Penton base相互作用的宿主蛋白,并构建PPI网络。
Hsp70 Inhibits the Replication of Fowl Adenovirus Serotype 4 by Suppressing Viral Hexon with the Assistance of DnaJC7.
包含LC-MS/MS互作组筛选、过表达/沉默功能验证、截短体结构域分析、Co-IP和GST pulldown机制验证、自噬抑制剂实验等独立证据层级。
LMH细胞(鸡肝癌细胞系) HEK293T细胞(人胚肾细胞系) FAdV-4 JS株感染模型
细胞系: LMH和HEK293T 病毒株: FAdV-4 JS株 感染剂量: MOI=0.01 时间点: 24和48 hpi 处理浓度: CHX和CQ均为10 μM
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与FAdV-4主要结构蛋白相互作用的宿主蛋白
通过LC-MS/MS分析,鉴定与Hexon、Fiber 1、Fiber 2和Penton base相互作用的宿主蛋白,并构建PPI网络。
确定Hsp70和DnaJC7是否调控FAdV-4复制
过表达或敲低Hsp70和DnaJC7,检测病毒Hexon蛋白水平和病毒滴度。
确定抑制FAdV-4复制所需的关键结构域
过表达Hsp70或DnaJC7的不同截短体,检测病毒Hexon蛋白和病毒滴度。
验证三种蛋白是否相互作用及其结合方式
Co-IP和GST pulldown实验检测相互作用,并通过共聚焦显微镜观察共定位。
探究Hsp70抑制Hexon的降解途径
检测FAdV-4感染后自噬标志蛋白表达;使用放线菌酮追踪Hexon蛋白降解;使用自噬抑制剂CQ、MG132处理,检测Hexon蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | HyClone | SH30022 |
| 胎牛血清 | Gibco | 1009-141C | |
| 质粒构建 | ClonExpress II一步克隆试剂盒 | Vazyme | C112 |
| 基因沉默 | siHsp70 | -- | -- |
| siDnaJC7 | -- | -- | |
| 药物处理 | 氯喹 | MedChemExpress | HY-17589A |
| MG132 | MedChemExpress | HY-13259 | |
| 转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus Transfection | PT114-15 |
| 免疫沉淀 | Protein A/G Plus琼脂糖 | Santa Cruz Animal Health | SC-2003 |
| GST pull-down | 谷胱甘肽磁珠 | GenScript | L00206 |
| 抗体 | 抗Hsp70抗体 | Abcam | AB5439 |
| 抗LC3-II抗体 | Abcam | AB192890 | |
| 抗DnaJC7抗体 | Bioss | BS-8280R | |
| 抗GST抗体 | ABclonal Technology | AE006 | |
| 抗myc标签抗体 | Huaan Biotechnology | R1208-1 | |
| 抗Flag抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| 抗ULK1抗体 | Santa Cruz Animal Health | sc390904 | |
| 抗ATG16抗体 | Santa Cruz Animal Health | sc393274 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Zeta Life | K009-100 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 感染模型的建立 | 细胞系为LMH;病毒株为FAdV-4 JS株;感染剂量MOI=0.01;感染时间24或48小时 阅读提示:Materials and Methods部分“Viruses and cells”和“Overexpression of host proteins and viral titers” |
| 过表达与基因沉默 | 转染质粒或siRNA的种类和量:质粒为0.8 μg,siRNA为40 pmol;转染试剂为jetPRIME 阅读提示:Materials and Methods部分“Plasmid construction”、“Overexpression of host proteins and viral titers”和“Gene silencing using siRNA” |
| 关键试剂处理 | CHX和CQ浓度均为10 μM;处理时间:CHX处理0-5小时,CQ处理6小时 阅读提示:Figure 8图注及Materials and Methods相关试剂信息 |
| 病毒滴度检测 | 使用TCID50方法测定病毒滴度;采用Reed Muench方法计算 阅读提示:Materials and Methods部分“Overexpression of host proteins and viral titers” |
| 蛋白互作验证 | Co-IP使用抗Flag抗体和Protein A/G Plus Agarose;GST pulldown使用Glutathione Magbeads 阅读提示:Materials and Methods部分“Co-immunoprecipitation assays and mass spectrometry”和“GST pulldown assay” |