生物信息学分析
探索cisplatin引起的AKI信号通路,确定p53通路是否关键
利用公开微阵列数据集(GSE48879)进行KEGG通路分析,分析基因表达变化。
Plk2-mediated phosphorylation and translocalization of Nrf2 activates anti-inflammation through p53/Plk2/p21cip1 signaling in acute kidney injury.
包含细胞实验(NRK52E、HEK293)、动物模型(C57BL/6小鼠,Nrf2 KO)、分子机制验证(IP、激酶实验)、表达和功能验证(qRT-PCR、免疫印迹、免疫荧光)。
NRK52E大鼠肾近端小管上皮细胞 HEK293人胚胎肾细胞 C57BL/6小鼠顺铂诱导的AKI模型 Nrf2敲除C57BL/6小鼠
NRK52E细胞用30 μM顺铂或甲氨蝶呤处理48小时 C57BL/6小鼠单次腹腔注射15 mg/kg顺铂,分别在1、3、5天取材 p53和Plk2的敲低使用shRNA慢病毒感染并嘌呤霉素筛选3天 使用Flag-Plk2和Myc-Nrf2瞬时过表达,24小时后顺铂处理48小时 Nrf2磷酸化位点Ser40和Ser215的磷酸化模拟突变体(S40E、S215E)表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索cisplatin引起的AKI信号通路,确定p53通路是否关键
利用公开微阵列数据集(GSE48879)进行KEGG通路分析,分析基因表达变化。
验证cisplatin诱导的AKI中Plk2、p53、Nrf2的表达变化
C57BL/6小鼠腹腔注射cisplatin,在1、3、5天取肾皮质,qRT-PCR和免疫印迹检测相关蛋白和mRNA。
在体外肾上皮细胞中确认cisplatin和methotrexate对Plk2/p53/Nrf2的影响
NRK52E细胞用cisplatin或methotrexate处理,免疫印迹和qRT-PCR检测表达和染色质结合。
确定p53和Plk2在Nrf2表达和定位中的功能
使用shRNA敲低p53或Plk2,或过表达Flag-Plk2,检测Nrf2的表达和染色质结合。
验证Plk2是否直接磷酸化Nrf2并促进其与p21cip1互作和核转位
免疫沉淀、体外激酶实验、免疫荧光和亚细胞分级分离检测Nrf2的Ser40磷酸化、与p21cip1相互作用及核定位。
评估Nrf2磷酸化对靶基因和细胞因子表达的影响
在过表达Nrf2磷酸化模拟突变体的NRK52E细胞中,qRT-PCR检测抗氧化基因(Hmox1, Sod1, Sod2)和细胞因子(Il4, Il10等)的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Corning Cellgro | -- |
| 胎牛血清 | Corning Cellgro | -- | |
| 小牛血清 | Corning Cellgro | -- | |
| 链霉素 | Corning Cellgro | -- | |
| 青霉素 | Corning Cellgro | -- | |
| 药物处理 | 顺铂 | Millipore | -- |
| 甲氨蝶呤 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 免疫印迹分析 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- |
| 苯zonase核酸酶 | -- | -- | |
| 抗Plk2抗体 | Abcam | ab34811 | |
| 抗Nrf2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-13032 | |
| 抗磷酸化Ser40-Nrf2抗体 | Bioss | bs-2013R | |
| 抗p53抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-393031 | |
| 抗磷酸化Ser15-p53抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc11764 | |
| 抗Plk1抗体 | Millipore | 05–844 | |
| 抗磷酸化Ser1981-Atm抗体 | Calbiochem | DR1003 | |
| 抗Atm抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-23921 | |
| 抗p21cip1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6246 | |
| 抗Puma抗体 | Cell Signaling Technology | 4976 | |
| 抗Mdm2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-965 | |
| 抗IL4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-53084 | |
| 抗IL10抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-365858 | |
| 抗组蛋白H1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8030 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Sigma | T6074 | |
| 抗Flag抗体 | Sigma | F3165 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A5441 | |
| 免疫沉淀 | 正常IgG | Santa Cruz Biotechnology | sc-2027 |
| 蛋白A/G琼脂糖 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2002 | |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Invitrogen Life Technologies | -- |
| 第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| SYBR Green预混液 | Bio-Rad | -- | |
| CFX96实时PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫荧光 | 抗p21cip1抗体(MyBioSource) | MyBioSource | MBS440016 |
| FITC标记的抗兔二抗 | Invitrogen | -- | |
| FITC标记的抗鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | -- | |
| Cy3标记的抗兔二抗 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | -- | |
| Cy3标记的抗鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | -- | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | -- | |
| 显微镜观察 | 共聚焦显微镜FW3000 | Olympus | -- |
| 免疫印迹分析 | Odyssey红外成像系统 | LI-COR Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和处理 | NRK52E细胞接种密度3x10^4细胞/ml,培养于含10% calf serum的DMEM;顺铂或甲氨蝶呤处理浓度和时间(如30 μM处理48小时) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and treatment |
| 动物模型 | 9周龄雄性C57BL/6小鼠,单次腹腔注射15 mg/kg顺铂,在1、3、5天取材;每组n=4或5 阅读提示:Materials and methods - Animal treatment 和 Figure 1 legend |
| 基因敲低和过表达 | shRNA序列靶向大鼠Plk2和p53;嘌呤霉素筛选3天;Flag-Plk2或Myc-Nrf2过表达后处理条件 阅读提示:Materials and methods - Lentivirus-based shRNA preparation 和 Results 相关图注 |
| 蛋白检测 | 细胞裂解液成分,染色质分级分离方法,抗体目录号和稀释度 阅读提示:Materials and methods - Immunoblot analysis |
| 免疫荧光 | 细胞固定、透化、封闭条件和抗体浓度 阅读提示:Materials and methods - Immunofluorescence |
| 实时定量PCR | RNA提取方法、cDNA合成、SYBR Green Master Mix和引物序列 阅读提示:Materials and methods - Quantitative real-time PCR 和补充表1 |