临床样本中Siglec-15和Beclin-1的表达分析
评估Siglec-15和Beclin-1在骨肉瘤原发灶和肺转移灶中的表达及其与肺转移的相关性。
对骨肉瘤组织样本进行免疫组织化学染色,比较有无肺转移组及配对原发灶和转移灶中的表达。
Siglec-15-induced autophagy promotes invasion and metastasis of human osteosarcoma cells by activating the epithelial-mesenchymal transition and Beclin-1/ATG14 pathway.
包括临床组织样本IHC、体外细胞功能实验、体内动物模型、分子机制验证(免疫共沉淀、GST-pulldown)等多层级验证。
骨肉瘤细胞系U2OS和KHOS 骨肉瘤患者原发灶和肺转移灶组织样本 BALB/c nude小鼠尾静脉移植瘤模型
Siglec-15和Beclin-1在骨肉瘤组织中的表达(IHC) Siglec-15敲低对迁移、侵袭和EMT的影响(Transwell、伤口愈合、Western blot) Siglec-15与Beclin-1的直接相互作用(免疫共沉淀、GST-pulldown) Beclin-1敲低和过表达对自噬、EMT和细胞骨架的影响 Siglec-15敲低对肺转移的影响(体内动物实验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估Siglec-15和Beclin-1在骨肉瘤原发灶和肺转移灶中的表达及其与肺转移的相关性。
对骨肉瘤组织样本进行免疫组织化学染色,比较有无肺转移组及配对原发灶和转移灶中的表达。
探究Siglec-15敲低对骨肉瘤细胞基因表达的影响,寻找相关通路。
对Siglec-15敲低的KHOS细胞进行RNA测序,并进行KEGG和GSEA分析。
验证Siglec-15对骨肉瘤细胞迁移、侵袭、自噬和EMT的影响。
使用shRNA敲低Siglec-15,通过Transwell、伤口愈合实验检测迁移和侵袭;Western blot检测自噬和EMT标志物;免疫荧光和TEM检测自噬流和细胞骨架。
验证Siglec-15与Beclin-1的相互作用以及Beclin-1在Siglec-15调控自噬和转移中的作用。
通过免疫共沉淀和GST-pulldown验证相互作用;通过siRNA敲低Beclin-1和过表达Beclin-1,观察自噬、EMT、细胞骨架和细胞功能的变化。
验证Siglec-15敲低对骨肉瘤细胞肺转移的影响。
将KHOS-shSiglec-15或对照细胞尾静脉注射入裸鼠,30天后取出肺组织,进行HE和IHC染色,计数转移结节。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 抗体 | 抗兔Siglec-15抗体 (AP11503b) | Abcepta | AP11503b |
| 抗兔Beclin-1抗体 (ab210498) | Abcam | ab210498 | |
| 抗兔P62抗体 (ab207205) | Abcam | ab207205 | |
| 抗兔ATG14抗体 (bs-7462R) | Bioss | bs-7462R | |
| 抗兔LC3A/B抗体 (12741) | CST | 12741 | |
| 抗兔LC3B抗体 (3868) | CST | 3868 | |
| 抗兔E-cadherin抗体 (bs-1519R) | Bioss | bs-1519R | |
| 抗兔N-cadherin抗体 (bs-1172R) | Bioss | bs-1172R | |
| 抗兔Vimentin抗体 (bs-0756R) | Bioss | bs-0756R | |
| 抗兔MMP-9抗体 (13667) | CST | 13667 | |
| 抗兔GAPDH抗体 (AB0037) | ShareBio | AB0037 | |
| 抗兔IgG (Hazel)标记抗体 (AB0101) | ShareBio | AB0101 | |
| RhoA激活检测 | RhoA激活检测试剂盒 (ab211164) | Abcam | ab211164 |
| 基因敲低 | ShSiglec-15慢病毒 | RiboBio | -- |
| SiBeclin-1 | RiboBio | -- | |
| 基因过表达 | 含Beclin-1和Siglec-15 cDNA的质粒 | RiboBio | -- |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Transwell实验 | 基质胶 | Corning | 354480, |
| Transwell小室 | Corning | 3422 | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A琼脂糖 (P007) | Vigorous Biotechnology | P007 |
| 蛋白相互作用 | GST蛋白相互作用pull-down试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| 透射电子显微镜 | 透射电子显微镜 (H-600) | Hitachi | H-600 |
| 免疫荧光 | 鬼笔环肽-iFluor 594试剂 (ab176757) | Abcam | ab176757 |
| 共聚焦显微镜 (FV10i) | Olympus | FV10i | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Vitalriver | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系U2OS和KHOS的培养基(RPMI-1640+10%FBS+1%抗生素)、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and antibodies |
| 基因敲低和过表达 | shSiglec-15序列(CTACGGAGAACTTGCTCAA等)、siBeclin-1序列,转染试剂Lipofectamine 3000,筛选浓度(2 mg/ml puromycin) 阅读提示:Materials and methods - Gene knockdown and ectopic expression |
| 体外功能实验 | Transwell实验基质胶包被与否、培养时间(24小时)、染色方法(甲醇固定、Giemsa染色);伤口愈合实验划痕后时间点(0和24小时) 阅读提示:Materials and methods - Transwell assays, Wound healing assays |
| 分子相互作用 | 免疫沉淀抗体的用量、孵育时间(3小时)、protein A-agarose(P007)孵育1小时;GST-pulldown使用重组Beclin-1蛋白、KHOS细胞裂解液 阅读提示:Materials and methods - Immunoprecipitation, In vitro beclin-1-Siglec-15 pulldown |
| 自噬检测 | Western blot检测LC3-II、ATG14、Beclin-1、p62;TEM观察自噬囊泡;免疫荧光检测LC3斑点 阅读提示:Materials and methods - Western blotting, Transmission electron microscopy, Immunofluorescence assay |
| 动物实验 | 细胞数量(3×10^6)、注射途径(尾静脉)、小鼠品系(6周龄雌性BALB/c裸鼠)、实验时间(30天) 阅读提示:Materials and methods - Generation of xenografts |