筛选与表达关联分析
确定与venetoclax敏感性相关的潜在调节因子,并验证AGK表达与敏感性的关系。
对venetoclax耐药和亲本细胞系的转录组数据(GSE128563)进行GO通路富集分析,发现线粒体功能和脂质代谢通路富集,AGK参与多个通路。检测七种DLBCL细胞系中AGK蛋白表达并测定对venetoclax的IC50,发现AGK表达与敏感性负相关。
Inhibition of acylglycerol kinase sensitizes DLBCL to venetoclax via upregulation of FOXO1-mediated BCL-2 expression.
包含细胞系体外实验、异种移植瘤模型和患者样本三个独立证据层级,并通过shRNA敲低/过表达和FOXO1抑制剂进行功能验证。
SU-DHL4细胞系 TMD8细胞系 NCG小鼠皮下异种移植瘤模型 DLBCL患者肿瘤组织
细胞系:SU-DHL4、TMD8等七种DLBCL细胞系(来源:DSMZ、ATCC) AGK敲低:慢病毒介导的shRNA(shRNA AGK#1: TRCN0000153242, shRNA AGK#2: TRCN0000153828)稳定转导 药物处理:venetoclax(ABT-199)浓度0-10 μM处理72小时,体内100 mg/kg灌胃 体内模型:NCG小鼠皮下接种2×10^7细胞,肿瘤体积约60-100 mm³时开始给药 FOXO1抑制:AS1842856,体外浓度梯度,体内100 mg/kg每日两次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定与venetoclax敏感性相关的潜在调节因子,并验证AGK表达与敏感性的关系。
对venetoclax耐药和亲本细胞系的转录组数据(GSE128563)进行GO通路富集分析,发现线粒体功能和脂质代谢通路富集,AGK参与多个通路。检测七种DLBCL细胞系中AGK蛋白表达并测定对venetoclax的IC50,发现AGK表达与敏感性负相关。
验证AGK表达变化对DLBCL细胞对venetoclax敏感性和凋亡的影响。
通过慢病毒shRNA在SU-DHL4和TMD8细胞中敲低AGK,通过逆转录病毒在SU-DHL4细胞中过表达AGK,然后检测venetoclax处理后的细胞活力和凋亡(Annexin V/PI染色)。
阐明AGK调节venetoclax敏感性的分子机制,特别是PTEN-AKT-FOXO1-BCL-2轴。
检测AGK敲低或过表达后PTEN、AKT、FOXO1的磷酸化水平,以及FOXO1的亚细胞定位和与BCL-2启动子的结合。
评估AGK敲低对venetoclax抑制DLBCL肿瘤生长的体内效果。
将shRNA对照或shAGK SU-DHL4细胞皮下植入NCG小鼠,待肿瘤生长至60-100 mm³后给予venetoclax(100 mg/kg灌胃,每日一次,共8天),测量肿瘤体积和重量,并分析肿瘤组织中凋亡相关蛋白和FOXO1定位。
验证AGK敲低增强的venetoclax敏感性是否依赖于FOXO1。
使用FOXO1抑制剂AS1842856处理AGK敲低细胞或小鼠,检测BCL-2表达和venetoclax敏感性是否被逆转。
探讨AGK表达与BCL-2及FOXO1表达在DLBCL患者中的关联。
对33例DLBCL患者肿瘤组织进行H&E、BCL-2、AGK和FOXO1免疫组化染色,根据BCL-2表达将样本分为BCL-2高和BCL-2低组,比较AGK表达和FOXO1核定位,并进行相关性分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 药物处理 | 维奈托克 | MedChem Express | HY15531 |
| 依鲁替尼 | MedChem Express | HY10997 | |
| 细胞活性检测 | 细胞计数试剂盒-8 | biosharp | BS350B |
| 慢病毒包装与转导 | pLKO.1载体 | -- | -- |
| MSCV-IRES-Thy1.1载体 | Addgene | 17442 | |
| pMD2.G包装质粒 | Addgene | 12259 | |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 蛋白提取与检测 | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| 免疫印迹 | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 抗AGK抗体 | Abcam | ab137616 | |
| 抗BCL-2抗体 | Abclonal | A19693 | |
| 抗PTEN抗体 | CST | 9188 | |
| 抗磷酸化PTEN抗体 | CST | 9551 | |
| 抗AKT抗体 | CST | 4691 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | CST | 2965 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | CST | 4060 | |
| 抗FOXO1抗体 | CST | 2880 | |
| 抗磷酸化FOXO1抗体 | CST | 9464 | |
| 抗β-Actin抗体 | CST | 4970 | |
| 抗GAPDH抗体 | Servicebio | GB11002 | |
| 二抗 | -- | -- | |
| ECL检测试剂 | GE Healthcare | -- | |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶 | Sigma | P4170 |
| FITC标记的Annexin V | Biolegend | 640906 | |
| BD FACSVerse流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞分级分离 | 核浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0027 |
| 染色质免疫沉淀 | CHIP检测试剂盒 | Beyotime | P2078 |
| SYBR Green荧光染料 | Bio-Rad | -- | |
| 动物实验 | Matrigel基质胶 | Corning | -- |
| ABT199 | -- | -- | |
| PEG300 | -- | -- | |
| 生理盐水 | -- | -- | |
| AS1842856 | -- | -- | |
| 羟丙基-β-环糊精 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗cleaved-caspase3抗体 | Wanlei | WL02117 |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab1667 | |
| 抗α-SMA抗体 | Bioss | BS-10196R | |
| TUNEL标记溶液 | Roche | G1501 | |
| DAPI染色液 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系来源与培养 | 细胞系名称、来源和培养基组成 阅读提示:见'Cell culture'部分,注意SU-DHL2来自DSMZ,其他细胞系来自ATCC,培养基为RPMI 1640或DMEM加10% FBS。 |
| AGK敲低和过表达 | shRNA序列、载体、转染试剂和筛选浓度 阅读提示:见'Lentivirus production and viral transduction'部分,shRNA序列在文中给出,使用Lipofectamine 2000转染,嘌呤霉素浓度5 μg/mL。 |
| venetoclax敏感性检测 | 细胞接种密度、药物浓度范围、处理时间、活力检测方法 阅读提示:见'Cell viability assay'部分,使用3×10^4细胞每孔,venetoclax浓度0-10 μM处理72小时,CCK-8检测。 |
| 体内异种移植瘤模型 | 小鼠品系、细胞接种数量、肿瘤起始体积、给药剂量和时间 阅读提示:见'In vivo tumor xenograft model'部分,NCG小鼠皮下接种2×10^7细胞,肿瘤达60-100 mm³后venetoclax 100 mg/kg灌胃每日一次共8天。 |
| FOXO1抑制实验 | AS1842856剂量、给药途径和时间 阅读提示:见'In vivo tumor xenograft model'部分,体外浓度见Figure 5A-C,体内100 mg/kg每日两次隔日一次共10天。 |
| 患者样本分析 | 样本量、分组标准和染色条件 阅读提示:见'Human tissue samples'部分,33例样本,BCL-2≥5%定义为高表达。 |