临床样本相关性分析
评估MHC-I与pSer616 DRP-1表达水平及其与患者预后的关联
对HNSCC、NSCLC和黑色素瘤患者的肿瘤样本进行MHC-I和pSer616 DRP-1的免疫荧光和免疫组化染色,并进行Spearman相关分析和Kaplan-Meier生存分析。
Mitochondrial fission induces immunoescape in solid tumors through decreasing MHC-I surface expression.
包含临床样本相关性分析、体外细胞实验、同基因小鼠模型、PDX模型及机制验证(ChIP、荧光素酶报告基因)等至少两个独立证据层级,并明确功能验证。
头颈鳞癌(HNSCC)、非小细胞肺癌(NSCLC)和黑色素瘤患者肿瘤样本 舌鳞状细胞癌细胞系SCC-9和CAL-27 B16F10黑色素瘤同基因小鼠模型 HNSCC和NSCLC患者来源异种移植瘤(PDX)模型
患者肿瘤样本中MHC-I与pSer616 DRP-1的表达相关性及生存分析(HNSCC 127例、NSCLC 62例、黑色素瘤59例) Mdivi-1处理剂量(2.5 mg/kg,尾静脉注射,每日一次,5天/7天周期)对B16F10同基因肿瘤模型的影响 PDX模型中ACT与Mdivi-1联合治疗对肿瘤生长和MHC-I表达的影响 Mdivi-1或DRP-1 siRNA处理对SCC-9和CAL-27细胞MHC-I表面表达及IRE1α-XBP-1s通路的影响 XBP-1s直接结合TPP2启动子并通过ChIP和荧光素酶报告基因验证的机制
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估MHC-I与pSer616 DRP-1表达水平及其与患者预后的关联
对HNSCC、NSCLC和黑色素瘤患者的肿瘤样本进行MHC-I和pSer616 DRP-1的免疫荧光和免疫组化染色,并进行Spearman相关分析和Kaplan-Meier生存分析。
验证抑制线粒体分裂对MHC-I表达和抗肿瘤免疫的影响
使用B16F10-OVA细胞皮下或尾静脉注射C57BL/6小鼠,给予Mdivi-1或DMSO处理,检测肿瘤生长、转移、MHC-I表达、T细胞浸润和生存期,并在Rag1-/-小鼠中验证免疫依赖性。
评估Mdivi-1联合过继T细胞治疗在患者来源异种移植瘤中的疗效
将HNSCC和NSCLC PDX植入NOD/SCID小鼠,给予ACT和Mdivi-1或DMSO,监测肿瘤生长、MHC-I表达、T细胞浸润和凋亡。
验证Mdivi-1对MHC-I表达和T细胞杀伤功能的影响
用Mdivi-1处理原代癌细胞,与自体T细胞共培养,检测癌细胞凋亡、Th1细胞因子和残余E/T比,并使用抗MHC-I抗体阻断和FO-1细胞系验证MHC-I依赖性。
阐明线粒体分裂调控MHC-I表达的分子机制
通过DRP-1敲低/过表达、UPR分支干扰、转录组分析、ChIP和荧光素酶报告基因等方法,鉴定XBP-1s直接靶向TPP2,并验证TPP2对MHC-I表达的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | Mdivi-1 | MedChemExpress | HY-15886 |
| 细胞培养 | OVA慢病毒 | Addgene | 113030 |
| 细胞分离 | EasySep™人T细胞分离试剂盒 | Stemcell | 17951 |
| EpCAM+磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-061-101 | |
| SepMate™管 | Stemcell | 86450 | |
| 细胞因子处理 | 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | -- |
| 白细胞介素-4 | PeproTech | -- | |
| 脂多糖 | Sigma | -- | |
| 干扰素-γ | PeproTech | -- | |
| 白细胞介素-2 | PeproTech | -- | |
| 功能检测 | IFN-γ中和抗体 | Thermo Fisher Scientific | 86450 |
| 凋亡检测 | 原位细胞死亡检测试剂盒 | Roche | 11684817910 |
| 免疫荧光 | 抗人EpCAM抗体 | Abcam | ab213500 |
| Alexa Fluor 594偶联二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11012 | |
| 显微镜成像 | Axio Imager A2显微镜 | ZEISS | -- |
| ELISpot | IFN-γ ELISpot试剂盒 | Dakewe | 2210001 and 211001 |
| 凋亡检测 | Annexin V和PI凋亡检测试剂盒 | eBioscience | 88-8007-74 |
| ELISA | IFN-γ ELISA试剂盒 | Raybiotech | ELH-IFNg-1 |
| IL-2 ELISA试剂盒 | Raybiotech | ELH-IL-2-1 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Raybiotech | ELH-TNFa-1 | |
| 阻断实验 | 抗MHC-I单克隆抗体W6/32 | Santa Cruz | sc-32235 |
| 线粒体染色 | MitoTracker Red CMXRos线粒体染料 | Thermo Fisher | M7512 |
| 氧化应激检测 | 10-N-壬基吖啶橙 | Thermo Fisher | A1372 |
| 2',7'-二氯荧光素二乙酸酯 | Beyotime Biotechnology | S0033 | |
| 线粒体膜电位检测 | MitoScreen(JC-1)试剂盒 | BD Pharmingen | 551302 |
| 药物处理 | BAY-87-2243 | Bayer Pharma AG | -- |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma | A7250 | |
| mitoTEMPO | Sigma | SML0737 | |
| T细胞分离 | CD8a+T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-104-075 |
| T细胞激活 | 抗CD3/CD28磁珠 | Thermo Fisher | 11452D |
| 转染 | shTpp2 | Genechem | -- |
| OVA质粒 | Generay | -- | |
| SIINFEKL质粒 | Addgene | 102944 | |
| ELISA | 小鼠IFN-γ ELISA试剂盒 | Raybiotech | ELM-IFNg-1 |
| ChIP | 蛋白A琼脂糖 | Roche | -- |
| QIAquick PCR纯化试剂盒 | Qiagen | -- | |
| 抗XBP-1抗体 | Santa Cruz | sc-8015 | |
| 抗RNA聚合酶II抗体 | Abcam | ab5131 | |
| 荧光素酶报告基因 | pGL4.20-Basic载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | -- | |
| 流式分析 | H-2Kb-FITC抗体 | JPT | MHC2163 |
| SIINFEKL-H-2Kb-FITC抗体 | Invitrogen | MA5-17999 | |
| 抗小鼠CD8a-APC抗体 | BD Pharmingen | 553035 | |
| 抗OVA-H-2Kb四聚体-BV421 | MBL | TB-5001-4 | |
| HLA-ABC-PE抗体 | BD Pharmingen | 560168 | |
| 穿孔素-BV421抗体 | BD Pharmingen | 563393 | |
| 颗粒酶B-FITC抗体 | BD Pharmingen | 560211 | |
| CD8-PE-CF594抗体 | BD Pharmingen | 562282 | |
| EpCAM-BV510抗体 | BD Pharmingen | 563181 | |
| ITGB1-PE抗体 | BD Pharmingen | 555443 | |
| TfR1-APC抗体 | BD Pharmingen | 561940 | |
| E-钙黏蛋白-BV421抗体 | BD Pharmingen | 743712 | |
| CD80-PE抗体 | BD Pharmingen | 560925 | |
| CD83-BV421抗体 | BD Pharmingen | 562630 | |
| CD86-FITC抗体 | BD Pharmingen | 560958 | |
| Annexin V-APC和7-AAD | BioLegend | 640930 | |
| FACSVerse流式细胞仪 | BD | -- | |
| FlowJo v10.4.0软件 | -- | -- | |
| qRT-PCR | SYBR Green实时PCR预混液 | Toyobo | -- |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 免疫印迹 | 抗MHC-I抗体 | Santa Cruz | sc-32235 |
| 抗IRE1α抗体 | Cell Signaling Technology | 3294 | |
| 抗磷酸化IRE1α抗体 | Novus Biologicals | NB100-2323 | |
| 抗XBP-1抗体 | Abcam | ab37151 | |
| 抗XBP-1s抗体 | BioLegend | 619502 | |
| 抗GRP78抗体 | Cell Signaling Technology | 3177 | |
| 抗CHOP抗体 | Cell Signaling Technology | 2895 | |
| 抗DRP-1抗体 | Cell Signaling Technology | 14647 | |
| 抗TPP2抗体 | Proteintech | 66017-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| 过氧化物酶偶联二抗 | Proteintech | SA00001-1, SA00001-2 | |
| 免疫荧光/免疫组化 | 抗pSer616 DRP-1抗体 | Bioss | bs-12702R-HRP |
| 免疫荧光 | 抗pSer616 DRP-1抗体 | Cell Signaling Technology | 4494 |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab93278 | |
| 免疫组化 | 抗CD4抗体 | Cell Signaling Technology | 25229s |
| 抗NK1.1抗体 | Wanleibio | WLH4257 | |
| 抗CD25抗体 | Affinity | AF7675 | |
| 抗CD206抗体 | Proteintech | 60143-1-Ig | |
| 抗CD20抗体 | Bioss | bs-0080R | |
| mRNA谱分析 | 安捷伦-026652全人基因组微阵列 | Agilent | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 患者肿瘤样本类型(HNSCC、NSCLC、黑色素瘤)及数量(127例、62例、59例);MHC-I和pSer616 DRP-1的检测方法(IF、IHC);评分标准;生存分析方法(Kaplan-Meier, log-rank) 阅读提示:Methods: Patients and tissue samples; Figure 1 |
| 同基因小鼠模型 | 小鼠品系(C57BL/6)和性别(雌性);周龄(5-6周);细胞数量(2×10^5);注射途径(皮下/尾静脉);Mdivi-1剂量(2.5 mg/kg)和给药方案(尾静脉注射,每日一次,5天/7天周期);对照组(DMSO);肿瘤体积测量时间点;终点(直径15mm) 阅读提示:Methods: Syngeneic models; Figure 2 |
| PDX模型与ACT | PDX建立成功率(HNSCC 11/63, NSCLC 6/32);小鼠品系(NOD/SCID)和周龄(4周);T细胞和DC数量(2.5×10^6 T细胞,0.5×10^6 DCs);ACT途径(尾静脉);Mdivi-1剂量(2.5 mg/kg)和给药时间(与ACT同一天开始) 阅读提示:Methods: Patient-derived xenograft (PDX) implantation; Adoptive cell therapy (ACT); Figure 3 |
| 体外共培养实验 | 癌细胞处理(Mdivi-1 50 μM, 72小时);E/T比(5:1等);共培养时间(12小时凋亡检测,24小时细胞因子检测,3天残余E/T比检测);抗MHC-I阻断抗体W6/32浓度(10 μg/mL)和孵育时间(2小时) 阅读提示:Methods: Cytotoxic and coculture assays; Figure 4 |
| 机制研究 | 细胞系(SCC-9, CAL-27);DRP-1 siRNA或Mdivi-1处理条件;UPR分支干扰(DN IRE1α, XBP-1s siRNA/过表达);ROS调节剂(NAC 5 mM, mitoTEMPO 10 μM, BAY-87-2243 10 nM)浓度和处理时间;微阵列分析条件(CAL-27 shXBP-1s vs 对照);ChIP实验条件(抗体、qPCR引物);荧光素酶报告基因实验(TPP2启动子片段) 阅读提示:Methods: Cell lines; Measurements of oxidative stress; Bioinformatic analysis; Chromatin immunoprecipitation assays; Luciferase reporter assay; Figure 5-7 |