识别差异表达坏死性凋亡相关基因
从TCGA数据中筛选KIRC肿瘤与正常组织中差异表达的坏死性凋亡相关基因。
基于TCGA的539例KIRC样本和72例正常组织RNA-seq数据,使用limma包进行差异表达分析,筛选出53个差异表达坏死性凋亡相关基因,并通过单变量Cox回归和Venn图进一步筛选出25个具有预后价值的基因。
Identification of a Necroptosis-Related Prognostic Index and Associated Regulatory Axis in Kidney Renal Clear Cell Carcinoma.
包括基于TCGA等数据库的生物信息学分析、免疫组化验证蛋白表达和生存分析,但缺乏功能性实验验证机制。
TCGA KIRC队列(539例肿瘤样本,72例癌旁组织) E-MTAB-1980外部验证队列 5对KIRC及癌旁组织样本(来自佛山市第二人民医院)
TCGA KIRC队列中539例肿瘤样本和72例癌旁组织的RNA-seq数据 Lasso Cox回归构建的NRPI(由PLK1、TERT、KLF9组成) 中位数作为NRPI高低分组临界值 免疫组化使用5对KIRC及癌旁组织样本 单变量和多变量Cox回归分析确定独立预后因素
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从TCGA数据中筛选KIRC肿瘤与正常组织中差异表达的坏死性凋亡相关基因。
基于TCGA的539例KIRC样本和72例正常组织RNA-seq数据,使用limma包进行差异表达分析,筛选出53个差异表达坏死性凋亡相关基因,并通过单变量Cox回归和Venn图进一步筛选出25个具有预后价值的基因。
基于预后相关坏死性凋亡基因构建预后指数并验证其预测价值。
对25个基因进行Lasso Cox回归分析,构建由PLK1、TERT、KLF9组成的NRPI。根据中位数将患者分为NRPI高低组,通过Kaplan-Meier分析、ROC曲线、单变量和多变量Cox回归在训练集、内部验证集、整个数据集及外部验证集(E-MTAB-1980)中验证NRPI的预后价值。
探索NRPI相关的生物学功能、通路及免疫细胞浸润差异。
通过GO、KEGG和GSEA富集分析,以及ESTIMATE、ssGSEA等多种算法评估NRPI高低组的肿瘤微环境和免疫细胞浸润差异。
预测NRPI高低组对免疫治疗和靶向治疗的敏感性差异。
使用TIDE算法评估免疫治疗反应,通过pRRophetic包预测靶向药物(sunitinib、pazopanib、rapamycin、temsirolimus)的IC50值。
验证NRPI构成基因在临床样本中的蛋白表达差异。
对5对KIRC及癌旁组织进行免疫组化染色,评估PLK1、TERT和KLF9的蛋白表达,计算免疫反应评分(IRS),并与TCGA mRNA水平进行一致性分析。
基于生物信息学方法构建KLF9相关的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。
基于StarBase数据库,筛选与KLF9相关的miRNA,最终确定hsa-miR-21-5p,并进一步筛选与其相关的上游lncRNA(OTUD6B-AS1、AL162377.1、AC108449.2、AF111167.2),构建调控轴。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学染色 | UltraSensitive™ SP 免疫组化试剂盒 | MX Biotechnologies | KIT-9730 |
| PLK1抗体 | Wanleibio | WL04381 | |
| TERT抗体 | Wanleibio | WL02685 | |
| KLF9抗体 | Bioss | bs-3644R | |
| 徕卡APERIO CS2扫描仪 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA数据获取日期(2022年1月20日),样本量(539例肿瘤,72例正常),外部验证集(E-MTAB-1980),差异表达分析P值阈值(<0.05),Lasso回归10倍交叉验证,分组临界值(中位数) 阅读提示:Materials and Methods部分:Databases and Preprocessing, Identification of Differentially Expressed Necroptosis-Related Genes, Development and Evaluation of the Necroptosis-Related Prognostic Index |
| 免疫组化实验 | 样本量(5对KIRC及癌旁组织),抗体信息(PLK1: WL04381, TERT: WL02685, KLF9: bs-3644R),IHC试剂盒(KIT-9730),染色评分标准,放大倍数(x100, x400) 阅读提示:Materials and Methods部分:Immunohistochemical Staining |
| 生存分析 | 分组依据(NRPI中位数),生存分析统计方法(Kaplan-Meier),ROC曲线时间点(1年、2年、3年),单变量和多变量Cox回归的协变量 阅读提示:Results部分:Construction and Validation of NRPI 和 Figure 3、4 |