构建Fbxo38基因敲除小鼠
研究FBXO38在发育中的功能
利用CRISPR/Cas9技术靶向Fbxo38基因外显子4,产生敲除小鼠,并通过Western blot验证蛋白缺失及底物ZXDB的稳定化。
FBXO38 Ubiquitin Ligase Controls Sertoli Cell Maturation.
研究包含转基因小鼠模型、组织学分析、免疫荧光、Western blot、RNA-seq转录组分析及体外细胞实验等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
Fbxo38基因敲除小鼠 支持细胞 小鼠胚胎成纤维细胞 TM4细胞系
Fbxo38基因敲除小鼠模型(C57BL/6N背景,CRISPR/Cas9敲除exon 4) 支持细胞分离和RNA-seq(8周龄小鼠,FACS分选FSHR阳性细胞) 视黄酸代谢相关基因表达(Cyp26b1等) 着丝粒染色质信号分析(ACA染色,tubule squash方法) 精子计数(附睾尾精子计数)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
研究FBXO38在发育中的功能
利用CRISPR/Cas9技术靶向Fbxo38基因外显子4,产生敲除小鼠,并通过Western blot验证蛋白缺失及底物ZXDB的稳定化。
确定FBXO38缺失对整体生长和器官发育的影响
比较野生型与敲除小鼠的出生频率、体重、体长及各器官重量。
确定FBXO38缺乏对精子发生和生育能力的影响
进行交配实验、精子计数、睾丸组织学检查,以及免疫荧光染色分析生殖细胞标记物。
确定FBXO38缺失对支持细胞基因表达和蛋白水平的影响
从8周龄小鼠分离支持细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因;通过Western blot和免疫荧光检测ZXDB和相关蛋白。
确定FBXO38缺失是否导致支持细胞成熟缺陷
将差异表达基因与公开的支持细胞成熟过程中的基因表达数据进行比较,分析成熟标记物和视黄酸代谢基因的表达。
确定FBXO38缺失对着丝粒染色质和核糖体活性的影响
使用ACA染色分析着丝粒信号强度,并检测B23(核磷蛋白)信号以间接评估核糖体活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因编辑 | Cas9蛋白 | Integrated DNA Technologies | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 庆大霉素 | -- | -- | |
| Ham's F12培养基 | -- | -- | |
| 马血清 | -- | -- | |
| 胰蛋白酶/EDTA | -- | -- | |
| 聚凝胺 | Sigma Aldrich | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 细胞处理 | MLN4924 | -- | -- |
| 蛋白提取 | Benzonase核酸酶 | Santa Cruz | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MedChem Express | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | MedChem Express | -- | |
| 蛋白定量 | BCA法 | ThermoFisher | -- |
| 蛋白印迹 | Bolt™ LDS样品缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| β-巯基乙醇 | Sigma Aldrich | -- | |
| NuPAGE™ 4-12%梯度Bis-Tris凝胶 | Invitrogen | -- | |
| PVDF膜 | Amersham | -- | |
| 牛奶 | ChemCruz | -- | |
| 牛血清白蛋白 | PanReac Applichem | -- | |
| HRP偶联二抗 | Cell Signaling | -- | |
| WesternBright ECL试剂 | Advansta | -- | |
| SuperSignal™ West Femto最大灵敏度底物 | Thermo Scientific | -- | |
| 免疫沉淀 | Pierce™ 抗HA磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 亲和纯化 | Strep-Tactin® Sepharose树脂 | IBA Lifesciences | -- |
| 脱硫生物素 | -- | -- | |
| 组织切片 | 柠檬酸盐缓冲液 | -- | -- |
| Triton X-100 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | AlexaFluor偶联二抗 | Abcam | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| ProLong Gold防淬灭封片剂 | Invitrogen | -- | |
| 显微镜 | 蔡司Axio Imager 2显微镜 | Zeiss | -- |
| ZEN2.3软件 | Zeiss | -- | |
| 图像分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
| 扫描 | 蔡司Axio Scan. Z1玻片扫描仪 | Zeiss | -- |
| 显微镜 | 倒置显微镜DMi8 | Leica | -- |
| 凋亡检测 | TACS 2 TdT-DAB原位细胞凋亡检测试剂盒 | Trevigen | -- |
| 细胞分离 | 胶原酶 | -- | -- |
| FSHR抗体偶联藻红蛋白 | Bioss | BS-20658R-PE | |
| 细胞分选 | Influx流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| RNA提取 | RNeasy Micro试剂盒 | Qiagen | -- |
| RNA-seq | Qubit荧光计 | ThermoFisher Scientific | -- |
| 安捷伦2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| Takara Smarter链特异性总RNA-seq试剂盒v2 Pico Input哺乳动物 | Takara | PN 634413 | |
| Illumina NextSeq® 500测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | Fbxo38基因敲除小鼠(C57BL/6N背景,靶向exon 4)的繁殖和基因型鉴定 阅读提示:Materials and Methods: Mouse Model; Figure 1A |
| 支持细胞分离和RNA-seq | 支持细胞分离(8周龄小鼠,FACS分选FSHR阳性细胞)和RNA-seq条件(RNA质量、文库制备、测序平台) 阅读提示:Materials and Methods: Sertoli Cell RNA Isolation; RNA-seq |
| 视黄酸代谢基因表达 | Cyp26b1和其他视黄酸代谢基因的表达变化(RNA-seq和qPCR验证) 阅读提示:Results: FBXO38-Deficient Sertoli Cells Exhibit a Maturation Defect; Figure 5D-G |
| 着丝粒信号分析 | ACA染色和tubule squash方法,信号强度的定量分析 阅读提示:Materials and Methods: Seminiferous Tubule Squash; Results: FBXO38 Controls ZXDB Protein and the Centromeric Chromatin in Adult Sertoli Cells; Figure 4 |
| 精子计数 | 附睾尾精子计数方法(Bürker chamber)和样本量 阅读提示:Materials and Methods: Sperm Count; Results: Reproduction and Spermatogenesis Are Impaired in FBXO38-Deficient Animals; Figure 2C |