细胞系选择和培养
在可控条件下建立2D和3D培养模型,用于比较代谢差异。
选择四种细胞系(HCT116、SW948、Panc-1、MIA-Pa-Ca-2),在含有5 mM葡萄糖的DMEM培养基中培养。3D球体通过悬滴法或U型底板形成,每球体5000细胞,培养3-4天。
Metabolic flux analysis of 3D spheroids reveals significant differences in glucose metabolism from matched 2D cultures of colorectal cancer and pancreatic ductal adenocarcinoma cell lines.
研究包含详细的体外细胞培养(2D与3D)、代谢流分析(Seahorse)、蛋白质表达检测(流式)以及代谢物浓度测定等多个独立实验层级,并进行了功能验证和机制探讨。
结直肠癌细胞系HCT116和SW948 胰腺导管腺癌细胞系Panc-1和MIA-Pa-Ca-2 3D球体培养模型
细胞系:HCT116、SW948、Panc-1、MIA-Pa-Ca-2 培养条件:DMEM培养基,5 mM葡萄糖,2 mM L-谷氨酰胺,10% FBS 球体形成:5000细胞/40μl,培养3天(CRC)或4天(PDAC) 代谢流分析:Seahorse XFe96和XFp,CCCP浓度每细胞系和培养方法不同(表S2) 蛋白质表达:流式细胞术检测MCT1、MCT4、GLUT1、UCP2、TOMM20
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在可控条件下建立2D和3D培养模型,用于比较代谢差异。
选择四种细胞系(HCT116、SW948、Panc-1、MIA-Pa-Ca-2),在含有5 mM葡萄糖的DMEM培养基中培养。3D球体通过悬滴法或U型底板形成,每球体5000细胞,培养3-4天。
测量2D和3D培养下的细胞生长速率和球体大小。
2D倍增时间通过Hoechst染色和共聚焦显微镜直接计数。球体生长通过透射光图像分析横截面积。
测量线粒体呼吸和糖酵解的实时代谢流,比较2D和3D培养的差异。
使用Seahorse XFe96和XFp进行线粒体压力测试(MST)和糖酵解压力测试(GST)。MST依次注射寡霉素、CCCP、鱼藤酮和抗霉素A;GST注射葡萄糖、寡霉素和2-脱氧-D-葡萄糖。
计算糖酵解和氧化磷酸化对ATP产生的贡献,量化代谢表型。
根据Seahorse数据,使用Mookerjee等人的方法,计算糖酵解指数(GI)、Crabtree指数(CI)和Pasteur指数(PI)。
测定2D和3D培养中的葡萄糖、乳酸和谷氨酰胺消耗量。
收集培养液,使用GlucCell系统测葡萄糖,L-乳酸检测试剂盒测乳酸,谷氨酰胺/谷氨酸检测试剂盒测谷氨酰胺。
检测代谢相关蛋白的表达水平,以支持代谢流结果。
通过流式细胞术分析MCT1、MCT4、GLUT1、UCP2、TOMM20的表达。球体解离成单细胞后染色,使用Bio-Rad S3e或CytoFlex分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Corning | -- |
| 胎牛血清 | BioWest | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Corning | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | Merck Millipore Corporation | -- | |
| 球体形成 | CELLSTAR细胞排斥U型底板 | Greiner Bio-One | -- |
| 细胞计数 | Hoechst染料 | -- | -- |
| 显微成像 | Leica SP8共聚焦显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| 代谢流分析 | Seahorse XFe96分析仪 | Agilent | -- |
| Seahorse XFp分析仪 | Agilent | -- | |
| 寡霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 鱼藤酮 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 2-脱氧-D-葡萄糖 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 蛋白质标准化 | BCA蛋白定量试剂盒 | PanReac AppliChem | -- |
| 3D培养 | CellTak细胞粘附剂 | Corning | -- |
| 代谢物测定 | GlucCell葡萄糖监测系统 | Cesco Bioengineering | -- |
| L-乳酸检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | MAK329 | |
| 谷氨酰胺/谷氨酸检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | GLN1 | |
| 蛋白质表达分析 | Accutase酶 | Innovative Cell Technologies, Inc. | -- |
| 小鼠抗MCT1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-365501 | |
| 小鼠抗MCT4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-376140 | |
| 兔抗GLUT1抗体 | Abcam | EPR3915 | |
| 兔抗UCP2抗体 | Bioss Antibodies Inc. | -- | |
| 羊驼抗兔IgG多克隆抗体,CF™ 488A | Biotium | -- | |
| 抗小鼠IgG多克隆抗体,CF™ 488A | Biotium | -- | |
| Bio-Rad S3e流式细胞仪 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| CytoFlex流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| Muse细胞分析仪 | Luminex | -- | |
| Muse计数与活力检测试剂盒 | Luminex | -- | |
| 数据分析 | FCS Express软件 | De Novo Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 培养基组成(DMEM,5 mM葡萄糖,2 mM L-谷氨酰胺,10% FBS),细胞系来源 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 球体形成 | 细胞数量(5000细胞/40μl),培养时间(CRC 3天,PDAC 4天),底板类型(CELLSTAR U-bottom板) 阅读提示:Methods: Spheroid formation |
| 代谢流分析 | Seahorse仪器型号(XFe96或XFp),CCCP浓度(表S2),注射顺序和浓度(寡霉素3μM,CCCP细胞系依赖,鱼藤酮1μM,抗霉素A 1μM) 阅读提示:Methods: Metabolic flux assays |
| 蛋白质表达分析 | 抗体信息(克隆号,稀释度未明确),解离方法(Accutase),固定和染色条件 阅读提示:Methods: Protein expression |