数据获取与处理
获取并处理TCGA、GTEx、CGGA等数据库的RNA-seq和微阵列数据,以分析HOXB5表达。
从UCSC Xena和CGGA数据库下载基因表达数据,进行标准化处理,并合并正常样本作为对照。
Increased Expression of Homeobox 5 Predicts Poor Prognosis: A Potential Prognostic Biomarker for Glioma.
包含基于多数据库的转录组分析、Western blot验证、生存分析及列线图构建,但缺乏功能实验和体内验证,Western blot样本量较小。
胶质瘤细胞系U251、LN229、U87、HS683 神经母细胞瘤细胞系Sh-SY5Y 胶质瘤临床样本(含不同WHO分级) TCGA、GTEx、CGGA等数据库队列
HOXB5表达水平与WHO分级的关系(TCGA、GTEx及CGGA队列) Western blot验证:胶质瘤细胞系及临床样本(7例)中HOXB5蛋白表达 Kaplan-Meier生存分析:高HOXB5表达与总生存期的关系(4个队列) 多变量Cox回归:HOXB5是否为独立预后因素(HR=1.12, p=0.014) 列线图模型:C-index=0.827,校准曲线
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取并处理TCGA、GTEx、CGGA等数据库的RNA-seq和微阵列数据,以分析HOXB5表达。
从UCSC Xena和CGGA数据库下载基因表达数据,进行标准化处理,并合并正常样本作为对照。
验证HOXB5蛋白在胶质瘤细胞系和临床样本中的表达水平。
使用Western blot检测HOXB5蛋白在胶质瘤细胞系(U251、LN229、U87、HS683)和临床样本中的表达。
评估HOXB5对胶质瘤患者预后的预测价值,并构建预测生存概率的列线图。
使用Kaplan-Meier生存分析和多变量Cox回归分析HOXB5表达与总生存期的关系,并基于独立预后因素构建列线图。
探索HOXB5相关基因富集的功能和信号通路。
使用GO、KEGG和GSEA分析HOXB5相关基因的功能富集。
评估HOXB5表达与胶质瘤微环境(如免疫细胞浸润和血管生成)的关系。
使用ESTIMATE、MCP-counter和EPIC算法计算免疫浸润和肿瘤纯度,并分析与血管生成相关基因的表达相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取与处理 | TCGA、GTEx、CGGA等数据库的版本,样本纳入标准,数据标准化方法,HOXB5表达分组阈值(中位数) 阅读提示:Materials and Methods中的RNA-Sequencing Data and Processing部分 |
| Western blot | 细胞系来源和批次,抗体稀释比例和货号,蛋白上样量,电泳和转膜条件,内参选择 阅读提示:Materials and Methods中的Protein Extraction and Western Blotting部分以及Figure 2图注 |
| 生存分析和列线图 | 数据集、随访时间截点、分组定义、多变量模型的协变量、列线图包含的变量及其赋值 阅读提示:Materials and Methods中的Survival Analyses and Model Construction部分及Figure 3图注 |
| 功能富集分析 | 相关基因筛选阈值(Pearson |r|≥0.4)、GSEA设置的参数(NES、p值、FDR)、使用的参考基因集版本 阅读提示:Materials and Methods中的Bioinformatics Analysis部分及Figure 4图注 |
| 免疫浸润分析 | ESTIMATE、MCP-counter、EPIC算法的版本和参数,使用的基因集,相关性分析的具体指标 阅读提示:Materials and Methods中的Bioinformatics Analysis部分及Figure 5图注 |