建立HHcy动物模型及肝损伤评估
验证HHcy诱导的肝损伤及内质网应激和凋亡的特征
cbs+/−和cbs+/+小鼠喂食高蛋氨酸饮食12周,检测血清Hcy、ALT、AST水平,H&E染色观察肝组织病理,TEM观察内质网形态,Western blot检测内质网应激相关蛋白。
Homocysteine facilitates endoplasmic reticulum stress and apoptosis of hepatocytes by suppressing ERO1α expression via cooperation between DNMT1 and G9a.
包含动物模型(cbs+/−小鼠)、细胞实验(HL-7702)、功能验证(siRNA/过表达)及机制验证(甲基化、ChIP)。
cbs+/−小鼠高蛋氨酸饮食诱导HHcy模型 HL-7702人肝细胞系 HEK293T细胞(用于启动子活性分析)
Hcy浓度:0, 50, 100, 200, 500 μM 处理时间:24, 48, 72 h ERO1α启动子区域(−1/−600, −1/−900, −1/−1100, −1/−1700) DNMT1抑制剂DC-05、G9a抑制剂Bix01294 siRNA敲低和过表达质粒
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证HHcy诱导的肝损伤及内质网应激和凋亡的特征
cbs+/−和cbs+/+小鼠喂食高蛋氨酸饮食12周,检测血清Hcy、ALT、AST水平,H&E染色观察肝组织病理,TEM观察内质网形态,Western blot检测内质网应激相关蛋白。
证实Hcy诱导肝细胞损伤、内质网应激和凋亡
用不同浓度Hcy处理HL-7702细胞,MTT检测细胞活力,流式检测凋亡,Western blot检测内质网应激蛋白。
确定ERO1α在Hcy诱导的内质网应激和凋亡中的作用
在肝细胞中敲低或过表达ERO1α,检测内质网应激蛋白表达和凋亡率。
检测Hcy对ERO1α启动子DNA甲基化的影响
使用nMS-PCR和MassARRAY分析ERO1α启动子甲基化水平,并使用DNMT抑制剂筛选参与调控的DNMT。
检测Hcy对ERO1α启动子H3K9me2的影响
Western blot检测H3K9me2和G9a水平,ChIP检测H3K9me2在ERO1α启动子的富集。
验证DNMT1和G9a在调控ERO1α表达中的协同作用
敲低DNMT1和G9a或使用抑制剂DC-05和Bix01294,检测DNA甲基化、H3K9me2水平及ERO1α表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | Cobas e411全自动生化分析仪 | Roche Diagnostics | -- |
| 透射电镜 | JME-1220透射电子显微镜 | JEOL | -- |
| MTT检测 | MTT(3-(4,5-二甲基-2-噻唑基)-2,5-二苯基-2H-四唑溴化物) | Sigma-Aldrich | -- |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 微孔板检测仪 | BioTek | -- | |
| 流式凋亡检测 | PE Annexin V凋亡检测试剂盒I | BD Pharmingen | -- |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| Revert Aid第一链cDNA合成试剂盒 | Fermentas | -- | |
| FTC3000实时荧光定量PCR检测系统 | Funglyn Biotech Inc. | -- | |
| Western blot | 裂解缓冲液 | Keygene | -- |
| 抗ERO1α抗体 | Abcam | ab172954 | |
| 抗GRP78抗体 | Abcam | ab21685 | |
| 抗PERK抗体 | Abcam | ab156919 | |
| 抗ATF6抗体 | Abcam | ab203119 | |
| 抗XBP-1抗体 | Abcam | ab37152 | |
| 抗DNMT1抗体 | Abcam | ab13537 | |
| 抗G9a抗体 | Cell Signaling Technology | #3306 | |
| 抗H3K9me2抗体 | Abcam | ab176882 | |
| 抗H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| 抗β-actin抗体 | BIOSS | bsm-33036M | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | ZSGB-BIO | ZB-2306 | |
| 增强化学发光液 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| 凝胶成像系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 启动子活性分析 | pGL3-basic载体 | Promega | -- |
| nMS-PCR | Wizard基因组DNA纯化试剂盒 | Promega | -- |
| EZ DNA甲基化金试剂盒 | ZYMO RESEARCH | -- | |
| 细胞培养 | 同型半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | -- |
| 抑制剂处理 | DC-05 | -- | -- |
| Bix01294 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系:cbs+/−和cbs+/+;饮食:含2.0%蛋氨酸;时间:12周;样本量:n=6 阅读提示:Materials and Methods 2.1 Animals; Figure 1 legend |
| 细胞培养与处理 | 细胞系:HL-7702;Hcy浓度:0, 50, 100, 200, 500 μM;处理时间:24-72h;Hcy每12h补充一次 阅读提示:Materials and Methods 2.2 Cell culture; Figure 1f-g legend |
| ERO1α功能验证 | siRNA序列:si-ERO1α-1/2/3;过表达质粒:pERO1α 阅读提示:Materials and Methods 2.9 RNA interference; Figure 2c-f legend |
| 启动子甲基化检测 | 甲基化检测方法:nMS-PCR和MassARRAY;DNMT抑制剂:DC-05, TF-3, NA 阅读提示:Materials and Methods 2.12 nMS-PCR, 2.13 MassARRAY; Figure 3c-e legend |
| 组蛋白甲基化检测 | ChIP抗体:anti-H3K9me2;检测区域:ERO1α启动子 阅读提示:Materials and Methods 2.14 ChIP; Figure 4c legend |
| 协同调控验证 | siRNA:si-DNMT1, si-G9a;抑制剂:DC-05, Bix01294 阅读提示:Materials and Methods 2.9, 2.14; Figure 5a-f legend |