鉴定人类CEP128纯合错义变异
确定两名不育兄弟的遗传病因
通过全外显子测序(WES)对近亲家族的两个不育兄弟进行遗传分析,并使用Sanger测序验证候选变异。
CEP128 is involved in spermatogenesis in humans and mice.
包含人类样本(不育兄弟精液分析、WES)、体外细胞实验、两种小鼠模型(KO和KI)的功能验证,以及蛋白质组、磷酸化组和RNA-seq等多组学机制验证。
人类不育兄弟(隐精子症患者)精液样本 hRPE-1细胞(初级纤毛模型) Cep128敲除(KO)小鼠 Cep128R222Q敲入(KI)小鼠
患者精子形态和超微结构缺陷(光镜、SEM、TEM) CEP128纯合错义变异(c.665G>A)的鉴定和验证 Cep128 KO和KI小鼠模型的建立和验证 Cep128 KO和KI小鼠的精子参数(CASA)和生育力测试 蛋白质组、RNA-seq和磷酸化蛋白质组分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定两名不育兄弟的遗传病因
通过全外显子测序(WES)对近亲家族的两个不育兄弟进行遗传分析,并使用Sanger测序验证候选变异。
评估CEP128变异对精子形态和超微结构的影响
使用光学显微镜、扫描电子显微镜(SEM)和透射电子显微镜(TEM)分析患者精子形态和超微结构。
探究CEP128R222Q变异对初级纤毛生长和中心体蛋白表达的影响
在293T和hRPE-1细胞中过表达野生型或R222Q突变型CEP128,通过Western blot和免疫荧光检测蛋白表达和纤毛形态。
确定Cep128在雄性生殖中的作用
使用CRISPR-Cas9技术生成Cep128 KO和KI小鼠,通过Sanger测序、qPCR和Western blot验证基因型,并进行生育力测试和精子分析。
表征Cep128 KO和KI小鼠的精子形态和超微结构异常
使用光学显微镜和TEM分析精子形态和超微结构,特别是鞭毛和连接段。
确定CEP128影响精子发生和受精的分子机制
通过蛋白质组学、RNA-seq和磷酸化蛋白质组学分析小鼠睾丸,鉴定差异表达蛋白和基因,以及差异磷酸化位点,并通过免疫荧光、qPCR、Co-IP和泛素化实验验证关键分子。
评估CEP128变异对ICSI治疗结果的影响
对患者和Cep128突变小鼠进行ICSI,观察受精率和胚胎发育情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 全外显子测序 | QIAamp DNA血液迷你试剂盒 | QIAGEN | 51104 |
| Agilent SureSelect人类全外显子V6试剂盒 | Agilent Technologies | G9706K | |
| Illumina HiSeq X系统 | Illumina | -- | |
| 蛋白质组学 | LTQ Orbitrap XL质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 磷酸化蛋白质组学 | Q Exactive HF-X质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA测序 | Dynabeads mRNA纯化试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 61006 |
| Ribo-Zero rRNA去除试剂盒 | Illumina | MRZPL1224 | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| TruSeq RNA文库制备试剂盒v2 | Illumina | RS-122-2001 | |
| Illumina HiSeq 4000测序系统 | Illumina | -- | |
| 动物模型构建 | pX260质粒 | Addgene | -- |
| KOD-Plus-Neo高保真酶 | TOYOBO | KOD-401 | |
| 通用DNA纯化试剂盒 | TIANGEN | DP214 | |
| mMESSAGE mMACHINE T7 ULTRA试剂盒 | Life Technologies | AM1345 | |
| pX330质粒 | Addgene | -- | |
| MEGAshortscript T7试剂盒 | Life Technologies | AM1354 | |
| MEGAclear试剂盒 | Life Technologies | AM1908 | |
| KSOM培养基 | Millipore | MR-106-D | |
| RNA提取和qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| SuperScript IV逆转录酶 | Thermo Fisher Scientific | 18090010 | |
| KiCqStart SYBR Green qPCR预混液 | Sigma-Aldrich | KCQS00 | |
| qPCR | iCycler RT-PCR检测系统 | Bio-Rad Laboratories | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | F8318 | |
| DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11320033 | |
| pENTER-Flag-WT-CEP128质粒 | Vigene Biosciences | -- | |
| KOD-Plus-诱变试剂盒 | Toyobo | SMK-101 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| Western blot/免疫共沉淀 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| Halt蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | 78425 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P5726 | |
| SDS上样缓冲液 | Beyotime | P0015 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 88802 |
| 免疫荧光染色 | Alexa Fluor 488荧光染料 | Thermo Fisher Scientific | A21206 |
| Alexa Fluor 594荧光染料 | Thermo Fisher Scientific | A11005 | |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Sigma-Aldrich | 28718-90-3 | |
| 奥林巴斯FV3000共聚焦显微镜 | Olympus | -- | |
| 精子染色 | 多聚赖氨酸 | Beyotime | ST509 |
| Sigmacote试剂 | Sigma-Aldrich | SL2 | |
| 组织切片染色 | 蔡司Axio Imager 2显微镜 | Zeiss | -- |
| 电子显微镜 | 日立S3400扫描电镜 | Hitachi | -- |
| Em UC6超薄切片机 | Leica | -- | |
| TECNAI G2 F20透射电镜 | Philips | -- | |
| ICSI | 马绒毛膜促性腺激素 | ProSpec | HOR-272 |
| 人绒毛膜促性腺激素 | Easycheck | M2530 | |
| Chatot-Ziomek-Bavister培养基 | Easycheck | M2750 | |
| HTF培养基 | Easycheck | M1150 | |
| Whitten's-Hepes培养基 | Gibco | 12360-038 | |
| 细胞松弛素B | Sigma-Aldrich | C-6762 | |
| G1-Plus培养基 | Vitrolife | 10132 | |
| Western blot | 抗CEP128抗体 | Sigma-Aldrich | HPA001116 |
| 免疫荧光 | 抗乙酰化微管蛋白抗体 | Abcam | ab24610 |
| Western blot | 抗NIN抗体 | ABclonal | A8215 |
| 抗CEP170抗体 | Proteintech | 27325-1-AP | |
| 抗YY1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7341 | |
| 抗GR-β抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-393232 | |
| 免疫荧光 | 抗SEPT4抗体 | ABclonal | A10238 |
| Western blot/免疫荧光 | 抗RCBTB2抗体 | Proteintech | 13225-1-AP |
| 抗WBP2NL抗体 | Proteintech | 22587-1-AP | |
| 抗CRISP1抗体 | R&D Systems | MAB4675 | |
| 抗PRSS55抗体 | Bioss | bs-19443R | |
| 免疫共沉淀 | 抗泛素抗体 | Abcam | ab7780 |
| Western blot | 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 |
| 抗CEBPβ抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7962 | |
| 抗centriolin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-365521 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本分析 | 精液样本离心条件(3000×g,15分钟);精子形态和超微结构分析(光镜、SEM、TEM) 阅读提示:Methods: 未明确说明;Results: 图1及正文 |
| 全外显子测序 | DNA提取试剂盒、外显子捕获试剂盒、测序平台、平均测序深度 阅读提示:Methods: Whole-exome sequencing and Sanger sequencing |
| 细胞实验 | 细胞系(293T、hRPE-1)、质粒构建、转染试剂、血清饥饿时间 阅读提示:Methods: Cell culture and plasmid construction; Results: 图3 |
| 动物模型构建 | 小鼠品系、CRISPR-Cas9注射方法、供体模板设计 阅读提示:Methods: Generation of animal models; Supplementary Table 5 |
| 精子分析 | 精子采集部位(附睾和输精管)、CASA参数 阅读提示:Methods: 未明确说明;Results: Table 1 |
| 蛋白质组学和转录组学 | 睾丸组织来源(8周龄C57BL/6小鼠)、TMT标记、LC-MS/MS仪器 阅读提示:Methods: Proteomic analysis, RNA-sequencing analysis |
| 磷酸化蛋白质组学 | 睾丸组织来源、磷酸化富集方法、质谱仪器 阅读提示:Methods: Phosphoproteomics analysis |
| ICSI | 卵母细胞来源、精子处理、注射方法 阅读提示:Methods: Intracytoplasmic sperm injection (ICSI) |
| 统计 | 统计方法(双尾学生t检验)、显著性阈值(p<0.05) 阅读提示:Methods: Statistical analysis |