序列比对与磷酸化位点预测
验证大鼠eIF4G1与人eIF4G1的磷酸化位点同源性。
使用EMBOSS Needle和ESPript3.0进行序列比对,分析eIF4G1的IDL区域,确定Ser1147、Ser1185、Ser1231在大鼠中的对应位点。
Phosphorylation of Eukaryotic Initiation Factor 4G1 (eIF4G1) at Ser1147 Is Specific for eIF4G1 Bound to eIF4E in Delayed Neuronal Death after Ischemia.
包含动物模型(4VO)、Western blot、m7GTP pull-down、免疫共沉淀、免疫荧光共定位等多个独立证据层级,且有功能验证。
成年雄性Wistar大鼠(四血管闭塞模型) 脑缺血再灌注模型(短暂性前脑缺血) 海马CA1区域 脑皮质
四血管闭塞(4VO)模型,缺血15分钟,再灌注3天(R3d) 对照组为假手术(SHC3d) 动物周龄10-12周,体重~300g 共20只大鼠,每个SHC3d和R3d组10只 Western blot检测eIF4G1及磷酸化位点,β-tubulin作为内参
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证大鼠eIF4G1与人eIF4G1的磷酸化位点同源性。
使用EMBOSS Needle和ESPript3.0进行序列比对,分析eIF4G1的IDL区域,确定Ser1147、Ser1185、Ser1231在大鼠中的对应位点。
建立脑缺血再灌注模型,获取脑组织样本。
成年雄性Wistar大鼠行4VO手术,缺血15分钟后再灌注3天,取皮质和海马CA1区域。
检测eIF4G1总蛋白和三个磷酸化位点的表达水平。
用Western blot检测SHC3d和R3d样本中eIF4G1和p-Ser1147、p-Ser1185、p-Ser1231的表达。
分析eIF4E结合的eIF4G1的磷酸化状态。
使用m7GTP-Sepharose进行pull-down,检测与eIF4E结合的eIF4G1磷酸化形式。
验证eIF4G1与eIF4E的相互作用及磷酸化状态。
用anti-eIF4G1抗体免疫沉淀eIF4G1,检测共沉淀的eIF4E和磷酸化eIF4G1。
检测eIF4G1磷酸化与eIF4E在组织中的共定位。
用免疫荧光双标,共聚焦显微镜观察皮质和海马CA1区。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 麻醉 | 异氟烷 | -- | -- |
| 电泳试剂 | SDS-PAGE试剂 | Bio-Rad | -- |
| SDS-PAGE试剂 | Cytiva | -- | |
| 抗体 | 抗磷酸化eIF4G1 (Ser1108)抗体 | Cell Signalling Technology | 2441 |
| 抗磷酸化eIF4G1 (Ser1185)抗体 | Bioss | bs-4003R | |
| 抗磷酸化eIF4G1 (Ser1231)抗体 | GeneTex | GTX79087 | |
| 抗eIF4E抗体 | BD Transduction Laboratories | 610269 | |
| 抗eIF4G1 (H-2)抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-373892 | |
| 抗eIF4G1 (N-20)抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-9601 | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | T5201 | |
| 二抗 | 抗小鼠IgG过氧化物酶标记二抗 | Cytiva | NA931 |
| 抗兔IgG过氧化物酶标记二抗 | Cytiva | NA934 | |
| 抗山羊IgG过氧化物酶标记二抗 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2020 | |
| 免疫组化二抗 | 驴抗兔IgG (H+L) Alexa Fluor 488偶联二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-21441 |
| 山羊抗小鼠IgG (H+L) Alexa Fluor 568偶联二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11031 | |
| 序列分析 | EMBOSS Needle | -- | -- |
| ESPript3.0 | -- | -- | |
| SMART程序 | -- | -- | |
| 蛋白定量 | Bradford法 | Bio-Rad | -- |
| 组织处理 | Tissue-Tek O.C.T.包埋剂 | Sakura Finetek | -- |
| 下拉实验 | m7GTP-Sepharose | Cytiva | -- |
| 免疫沉淀 | Protein G-琼脂糖4 | ABT | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Cytiva | -- |
| 封闭剂 | Cytiva | -- | |
| Clarity Western ECL底物试剂 | Bio-Rad | -- | |
| ECL-Prime试剂 | Cytiva | -- | |
| ECL-Select试剂 | Cytiva | -- | |
| 免疫组化 | Hoechst 33342 | -- | -- |
| Real Capillary Gap显微镜载玻片 | Dako | -- | |
| 共聚焦激光扫描显微镜MRC-1024 | Bio-Rad | -- | |
| 统计 | Prism软件 | GraphPad Software | -- |
| 免疫组化 | LaserSharp软件 | Bio-Rad | -- |
| Western blot | Quantity One软件 | Bio-Rad | -- |
| 电泳 | 蛋白质标准品 | Cytiva | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 动物品系、性别、年龄、体重、麻醉方案、缺血时间、再灌注时间、手术细节 阅读提示:详见Materials and Methods 4.3 Animal Model of Cerebral Ischemia and Reperfusion |
| 样本制备 | 裂解缓冲液成分、匀浆比例、离心条件、蛋白定量方法 阅读提示:详见Materials and Methods 4.4 Sample Preparation |
| eIF4E/eIF4G1结合分析 | m7GTP-Sepharose用量、孵育时间、洗涤条件、洗脱缓冲液 阅读提示:详见Materials and Methods 4.5 eIF4G and eIF4E Binding Assay |
| 免疫共沉淀 | PMS用量、抗体用量、孵育时间、Protein G-Agarose用量、洗涤次数 阅读提示:详见Materials and Methods 4.6 Immunoprecipitation |
| Western blot | 上样量、凝胶浓度、转膜条件、封闭条件、抗体稀释、显色试剂 阅读提示:详见Materials and Methods 4.7 Western Blot Analysis |
| 免疫荧光共定位 | 切片厚度、抗原修复条件、封闭液、一抗和二抗浓度、核染色、采集设置 阅读提示:详见Materials and Methods 4.8 Immunohistochemistry |
| 统计分析 | 统计方法、多重比较校正、显著性水平 阅读提示:详见Materials and Methods 4.9 Statistical Analysis |