数据库表达分析
评估TLRs在KIRC中的表达水平
通过ONCOMINE、UALCAN和GEPIA数据库分析TLRs在KIRC与正常组织中的表达差异。
Toll-Like Receptors Serve as Biomarkers for Early Diagnosis and Prognosis Assessment of Kidney Renal Clear Cell Carcinoma by Influencing the Immune Microenvironment: Comprehensive Bioinformatics Analysis Combined With Experimental Validation.
包含生物信息学分析(ONCOMINE、UALCAN等)和临床样本验证(RT-qPCR、FC、IHC),涉及表达和部分功能验证,但缺乏机制和体内实验。
KIRC临床组织样本 肾透明细胞癌细胞系(基于数据库)
TLR3和TLR4在早期KIRC(T1N0M0)中的表达验证 RT-qPCR使用GAPDH作为内参,2^-ΔΔCt法分析 流式细胞术使用TLR3和TLR4抗体(Bioss) 免疫组化使用TLR3和TLR4抗体(1:200) 统计使用t检验,p<0.05为显著
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TLRs在KIRC中的表达水平
通过ONCOMINE、UALCAN和GEPIA数据库分析TLRs在KIRC与正常组织中的表达差异。
评估TLRs表达对KIRC患者预后的影响
使用GEPIA的Survival模块分析TLRs表达与OS和DFS的关系。
分析TLRs的遗传改变、共表达和蛋白质互作网络
使用cBioPortal分析遗传改变和共表达,GeneMANIA分析PPI网络,FunRich鉴定关键基因。
探索TLRs相关的功能和通路
使用LinkedOmics进行GO和KEGG通路富集分析。
评估TLRs表达与免疫细胞浸润的关系
使用TIMER分析TLRs表达与六种免疫细胞浸润水平的相关性,并建立Cox比例风险模型。
验证TLR3和TLR4在早期KIRC中的表达
使用RT-qPCR、流式细胞术和免疫组化检测临床样本中TLR3和TLR4的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | 总RNA提取试剂盒I | Omega | R6834 |
| 逆转录 | PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR036a |
| RT-qPCR | FastStart Essential DNA Green Master | Roche | 06924204001 |
| LightCycler 96仪器 | Roche | -- | |
| 流式细胞术 | D-PBS | Wisent | 311-425-CL |
| 胶原酶I | Roche | 10103578001 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | 10104159001 | |
| Hank's平衡盐溶液 | Gibco | 14025092 | |
| 胎牛血清 | HyClone | SH30070.03 | |
| 100 μm细胞筛网 | Falcon | 352350 | |
| 红细胞裂解液 | BioLegend | 420301 | |
| 40 μm细胞筛网 | Falcon | 352340 | |
| 固定缓冲液 | BioLegend | 420801 | |
| 胞内染色透化洗涤缓冲液 | BioLegend | 421002 | |
| TLR3抗体 | Bioss | bs-1444R | |
| TLR4抗体 | Bioss | bs-20594R | |
| Alexa Fluor 488偶联驴抗兔IgG | Abcam | ab150061 | |
| BD C6 Plus流式细胞仪 | BD | -- | |
| 免疫组化 | EDTA | Solarbio | C1034 |
| 内源性过氧化物酶抑制剂 | ZSGB-BIO | SP-9001 | |
| 正常山羊血清封闭液 | ZSGB-BIO | SP-9001 | |
| 生物素化二抗 | ZSGB-BIO | SP-9001 | |
| 链霉亲和素-酶缀合物 | ZSGB-BIO | SP-9001 | |
| DAB显色液 | ZSGB-BIO | ZLI-9018 | |
| 显微镜 (Olympus, CX23) | Olympus | CX23 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 7 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | KIRC和癌旁组织样本的数量、分期(RT-qPCR和FC为T1N0M0,IHC未明确分期)、患者特征(性别、年龄等) 阅读提示:Materials and Methods的Tissue Collection部分,以及Table 4和Table 5 |
| RT-qPCR | 引物序列、内参基因(GAPDH)、循环条件(文中未明确说明)、重复次数(3次)、相对定量方法(2^-ΔΔCt) 阅读提示:Materials and Methods的Real-Time Fluorescence Quantitative Polymerase Chain Reaction部分,以及图10 |
| 流式细胞术 | 组织消化条件(胶原酶I和DNase I浓度、时间)、细胞染色流程(抗体稀释度、孵育时间)、抗体Clone和稀释度(TLR3和TLR4 antibody稀释度未明确) 阅读提示:Materials and Methods的Flow Cytometry部分,以及图10 |
| 免疫组化 | 抗原修复条件(EDTA pH 8.5)、抗体稀释度(TLR3和TLR4均为1:200)、显色时间(DAB 5分钟) 阅读提示:Materials and Methods的Immunohistochemistry部分,以及图10 |