生物信息学筛选差异表达SLC转运蛋白
利用公共数据库筛选与PTC相关的差异表达SLC转运蛋白。
通过GEO四个数据集(GSE3678, GSE29265, GSE50901, GSE33630)筛选差异表达基因,与TCGA数据结合进行表达和生存分析,最终选择SLC34A2、SLC4A4和SLC25A15进行后续验证。
SLC34A2 Up-regulation And SLC4A4 Down-regulation Correlates With Invasion, Metastasis, And The MAPK Signaling Pathway In Papillary Thyroid Carcinomas.
基于临床样本进行多种分子实验(RT-PCR、Western blot、IHC)验证表达,并利用公共数据库进行生物信息学分析,但缺乏功能获得/丧失实验及动物模型验证。
甲状腺乳头状癌患者肿瘤组织 相邻正常甲状腺组织 GEO和TCGA数据库队列
样本来源:48例PTC患者肿瘤及相邻正常甲状腺组织 蛋白表达判定:Western blotting,以肿瘤/正常比值>1.0为高表达,<1.0为低表达 尿碘浓度分组:<100 μg/L(碘缺乏),100-299 μg/L(碘适宜),≥300 μg/L(碘过量) MAPK蛋白检测:p-ERK、p-JNK、p-P38等抗体及稀释度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
利用公共数据库筛选与PTC相关的差异表达SLC转运蛋白。
通过GEO四个数据集(GSE3678, GSE29265, GSE50901, GSE33630)筛选差异表达基因,与TCGA数据结合进行表达和生存分析,最终选择SLC34A2、SLC4A4和SLC25A15进行后续验证。
验证生物信息学筛选结果在临床样本中的准确性。
使用RT-PCR和Western blotting检测8对配对样本中SLC34A2、SLC4A4和SLC25A15的mRNA和蛋白表达。
评估SLC34A2和SLC4A4蛋白表达与PTC患者临床病理特征的关系。
对48例PTC患者的肿瘤组织进行Western blotting检测,并分析蛋白表达与包膜侵犯、甲状腺外转移、淋巴结转移、尿碘浓度等特征的相关性。
确定SLC34A2和SLC4A4蛋白在PTC组织中的亚细胞定位。
使用免疫组织化学染色观察SLC34A2和SLC4A4在有包膜侵犯和甲状腺外转移的PTC组织中的表达定位。
评估MAPK信号通路(ERK、JNK、P38)的磷酸化状态与PTC侵袭和转移的关系。
通过Western blotting检测p-ERK、p-JNK、p-P38在侵袭性和转移性肿瘤中的表达,并与相邻正常组织比较。
分析SLC34A2和SLC4A4表达与MAPK通路磷酸化蛋白的相关性。
使用Spearman相关分析计算SLC34A2、SLC4A4与p-ERK、p-JNK、p-P38之间的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取和RT-PCR | RNA提取试剂盒 | Servicebio | G3013 |
| RT-PCR | 反转录合成试剂盒 | Servicebio | G3330 |
| LightCycler 480 系统 | Roche Diagnostics | -- | |
| Western blotting | SLC34A2一抗 | CST | D6W2G |
| SLC4A4一抗 | Abcam | ab187511 | |
| SLC25A5一抗 | Abcam | ab228604 | |
| ERK一抗 | Bioss | bsm-33337M | |
| p-ERK一抗 | Bioss | bs-1522R | |
| JNK一抗 | Elabscience | E-AB-60070 | |
| p-JNK一抗 | Boster | BM4380 | |
| P38一抗 | Elabscience | E-AB-32459 | |
| p-P38一抗 | Elabscience | E-AB-21027 | |
| β-actin一抗 | Zhongshan Golden Bridge | 17AV0412 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Zhongshan Golden Bridge | ZB-2301 | |
| 化学发光试剂 | Millipore | WBKLSO100 | |
| AlphaView SA软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与伦理 | 样本来源:山东大学第二医院甲状腺外科,2019年7月至12月,48例PTC患者;纳入标准包括初治、未接受术前治疗、无肝肾功能障碍等 阅读提示:Materials and Methods, Study population selected |
| RT-PCR | 使用RNA试剂盒提取总RNA,反转录试剂盒合成cDNA,RT-PCR在LightCycler 480系统进行,引物序列已提供,GAPDH为内参,2^-ΔΔCt法计算相对表达 阅读提示:Materials and Methods, Tissue RNA isolation and real-time PCR |
| Western blotting | 蛋白提取使用含磷酸酶抑制剂的RIPA缓冲液,BCA法测定浓度,SDS-PAGE电泳,PVDF膜转膜,5%脱脂牛奶封闭,一抗稀释度如SLC34A2(1:1000)等 阅读提示:Materials and Methods, Tissue protein extraction and western blotting |
| 免疫组化 | 组织固定于4%多聚甲醛,石蜡包埋,脱蜡水化,3%过氧化氢阻断内源性过氧化物酶,一抗稀释度1:10000,DAB显色,苏木素复染 阅读提示:Materials and Methods, Immunohistochemical staining |
| 尿碘浓度评估 | UIC检测方法参考文献,按WHO标准分组:<100 μg/L(缺乏),100-299 μg/L(适宜),≥300 μg/L(过量) 阅读提示:Materials and Methods, Iodine nutrition status evaluation |