数据库表达分析
评估PLOD2在CESC与正常组织中的表达差异。
使用Oncomine和GEPIA数据库分析PLOD2的mRNA表达水平,并进行荟萃分析验证。
PLOD2 Is a Potent Prognostic Marker and Associates with Immune Infiltration in Cervical Cancer.
包含数据库分析、免疫组化和Western blot验证,但主要依赖生物信息学,缺乏体内外功能实验。
宫颈癌细胞系(HeLa) 正常宫颈细胞系(HUCEC) 宫颈癌组织样本(15例CESC和19例正常宫颈组织)
PLOD2在CESC中的表达水平(mRNA和蛋白) PLOD2表达与患者预后的关系(OS、DFS或RFS) PLOD2相关功能通路富集(如胶原纤维组织) PLOD2与免疫细胞浸润的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PLOD2在CESC与正常组织中的表达差异。
使用Oncomine和GEPIA数据库分析PLOD2的mRNA表达水平,并进行荟萃分析验证。
验证PLOD2蛋白在宫颈癌组织和细胞系中的表达。
通过免疫组化(IHC)检测19例正常宫颈组织和15例CESC组织中的PLOD2表达,并通过Western blot检测HeLa和HUCEC细胞中的表达。
评估PLOD2表达与CESC患者预后的相关性。
使用Kaplan-Meier Plotter和GEPIA数据库进行生存分析,包括OS、RFS和DFS。
探索PLOD2及相互作用基因的生物学功能和信号通路。
使用STRING构建蛋白质相互作用网络,使用DAVID进行GO和KEGG富集分析。
分析PLOD2表达与肿瘤免疫浸润的相关性。
使用TIMER和TISIDB数据库分析PLOD2与多种免疫细胞(B细胞、CD4+ T细胞、Th2细胞等)浸润的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 兔抗PLOD2抗体 | BIOSS | bs-12731R |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| Pierce™ BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 抗体 | Solarbio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫组化实验 | 组织样本来源、抗体稀释度、染色评分标准 阅读提示:Methods 2.3 IHC Staining and Evaluation |
| Western blot实验 | 细胞系、蛋白提取方法、抗体信息 阅读提示:Methods 2.7 Western Blot |
| 预后分析 | 数据库版本、截断值、统计方法 阅读提示:Methods 2.2 GEPIA Database Analysis, 2.4 Kaplan-Meier Plotter Database, Results 3.4 |
| 功能富集分析 | 基因列表来源、软件参数 阅读提示:Methods 2.5 Bioinformatic Analysis and Functional Enrichment |
| 免疫浸润分析 | 数据库版本、免疫细胞类型定义 阅读提示:Methods 2.6 Immune Infiltration Analysis |