临床样本分析
检测Klf5和eIF5a在正常主动脉、未破裂及破裂AAA中的表达差异
收集正常主动脉(8例)、未破裂AAA(22例)和破裂AAA(4例)标本,通过Western blot、免疫荧光和qRT-PCR检测Klf5和eIF5a表达,并分析其与AAA大小的相关性。
Klf5 down-regulation induces vascular senescence through eIF5a depletion and mitochondrial fission.
包含人类AAA标本分析、VSMC特异性Klf5敲除小鼠模型、细胞水平过表达/敲低功能验证、机制研究(ChIP、RNA-seq、Co-IP)及体内药理抑制实验。
人VSMC 小鼠原代VSMC ApoE−/−小鼠Ang II诱导AAA模型 VSMC特异性Klf5敲除小鼠(smcKlf5−/−)
Klf5表达在破裂AAA中显著降低(Western blot) VSMC特异性Klf5敲除加剧Ang II诱导的AAA并增加ROS(DHE/mitoSOX) Klf5过表达或敲低对eIF5a表达和线粒体形态的影响 eIF5a与Mfn1相互作用维持线粒体完整性 Mdivi-1抑制线粒体分裂减少ROS和AAA
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测Klf5和eIF5a在正常主动脉、未破裂及破裂AAA中的表达差异
收集正常主动脉(8例)、未破裂AAA(22例)和破裂AAA(4例)标本,通过Western blot、免疫荧光和qRT-PCR检测Klf5和eIF5a表达,并分析其与AAA大小的相关性。
评估VSMC特异性Klf5敲除对Ang II诱导AAA的影响
对年轻(3个月)和年老(18个月)WT及smcKlf5−/−小鼠持续灌注Ang II建立AAA模型,测量主动脉直径、生存率,通过HE/Masson染色、SA-β-gal染色、DHE/mitoSOX染色等分析。
验证慢性Ang II刺激诱导VSMC衰老及Klf5的作用
人VSMC用Ang II(100 nmol/L)处理0、1、3、5天,检测SA-β-gal阳性细胞、Ki67和Klf5表达;并感染Ad-Klf5或Ad-shKlf5进行功能实验。
鉴定Klf5调控的基因,特别是线粒体动力学相关基因
对Ang II灌注28天的WT和smcKlf5−/−小鼠主动脉进行microarray分析;对Ad-Klf5或Ad-Ctl感染的小鼠VSMC进行RNA-Seq,并通过qRT-PCR和Western blot验证候选基因。
验证Klf5直接结合eIF5a启动子并激活其转录
通过JASPAR预测Klf5结合位点,构建eIF5a启动子截短报告基因,进行双荧光素酶实验;通过ChIP和寡核苷酸pull-down验证Klf5与启动子的结合。
验证eIF5a与Mfn1相互作用及其对线粒体形态的影响
通过免疫共沉淀、邻位连接技术(PLA)和共聚焦免疫荧光检测eIF5a和Mfn1的相互作用及线粒体共定位;通过MitoTracker染色和透射电镜评估线粒体形态。
验证抑制线粒体分裂是否减少ROS产生和AAA形成
在细胞水平使用si-Drp1或Mdivi-1(Drp1抑制剂)处理,检测线粒体形态和mtROS;在体内对ApoE−/−和ApoE−/− smcKlf5−/−小鼠腹腔注射Mdivi-1,分析AAA表型和线粒体形态。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 血管紧张素II | -- | -- |
| ML264 | MedChemExpress | 1550008-55-3 | |
| Mdivi-1 | Enzo Life Sciences | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco Life Technologies | -- |
| 胎牛血清 | GEMINI | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 人主动脉血管平滑肌细胞 | ScienCell | 6110 | |
| 细胞衰老检测 | 衰老细胞染色试剂盒 | Sigma | CS0030 |
| 分子克隆 | pcDNA3.1载体 | Invitrogen | -- |
| pGL3-basic载体 | Promega | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Invitrogen | -- |
| 实时定量PCR | SYBR Green实时定量PCR试剂盒 | Invitrogen | -- |
| 线粒体DNA定量 | 线粒体DNA拷贝数检测试剂盒 | Detroit R&D | MCN3 |
| DNA提取 | DNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| DNA定量 | NanoDrop 1000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA提取 | NucleoSpin RNA II提取试剂盒 | Macherey Nagel | -- |
| Western blot | Immobilon-P PVDF膜 | Millipore | -- |
| Western Lightning plus-ECL化学发光底物 | PerkinElmer | -- | |
| Klf5抗体 | GeneTex | GTX103289 | |
| eIF5a抗体 | Proteintech | 17069-1-AP | |
| Fis1抗体 | Proteintech | 10956-1-AP | |
| Mfn1抗体 | Proteintech | 13798-1-AP | |
| Drp1抗体 | Proteintech | 12957-1-AP | |
| Mtfr1抗体 | Proteintech | bs-7632R | |
| MMP2抗体 | Proteintech | 10373-2-AP | |
| MCP-1抗体 | Proteintech | 66272-1-Ig | |
| NOX1抗体 | Proteintech | 17772-1-AP | |
| Mff抗体 | Proteintech | 17090-1-AP | |
| Mid51抗体 | Proteintech | 20164-1-AP | |
| Mid49抗体 | Proteintech | 16413-1-AP | |
| Mfn2抗体 | Proteintech | 12186-1-AP | |
| OPA抗体 | Proteintech | 27733-1-AP | |
| PGC-1α抗体 | Abcam | ab54481 | |
| mtTFA抗体 | Abcam | ab131607 | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab8226 | |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶检测试剂盒 | Promega | -- |
| 免疫荧光 | eIF5a抗体 | Santa Cruz | sc-390062 |
| MitoTracker Green染料 | Invitrogen | -- | |
| ROS检测 | 二氢乙啶 | Invitrogen | -- |
| MitoSOX染料 | Invitrogen | -- | |
| ATP检测 | ATP生物发光检测试剂盒 | Sigma | -- |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1探针 | Beyotime | -- |
| 线粒体复合物活性检测 | 线粒体分离试剂盒 | Solarbio | -- |
| MitoProfile快速微孔板检测试剂盒 | Abcam | -- | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| 凋亡检测 | TUNEL凋亡检测试剂盒 | Abcam | ab66108 |
| Annexin V-FITC | -- | -- | |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | CD45抗体 | Abcam | ab10558 |
| 显微镜 | Leica DM6000B显微镜 | Leica | -- |
| 共聚焦显微镜 | Leica DM6000 CFS共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 透射电镜 | Hitachi JEM-1400透射电镜 | Hitachi | -- |
| 流式细胞仪 | 流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| FC500 MPL Beckman流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 超声成像 | Vevo2100小动物超声成像系统 | VisualSonics | -- |
| 血压测量 | MC 4000血压分析系统 | Hatteras Instruments | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件 | NIH | -- |
| 数据分析 | Agilent GeneSpring GX软件 | Agilent | -- |
| FlowJo软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人组织样本 | 样本类型(正常主动脉、未破裂AAA、破裂AAA)及例数;Klf5和eIF5a的检测方法(Western blot、qRT-PCR、免疫荧光) 阅读提示:Methods: Human tissue harvest; Figure legends 1 and 8 |
| 动物模型 | 小鼠品系(ApoE−/−、smcKlf5−/−、ApoE−/− smcKlf5−/−);年龄(3个月或18个月);Ang II剂量(1000 ng/kg/min)和灌注时间(28或42天);ML264剂量(15 mg/kg,隔天腹腔注射);Mdivi-1剂量(25 mg/kg,隔天腹腔注射) 阅读提示:Methods: Animal study; Figure legends 1, 2, 7 |
| 细胞培养和处理 | VSMC来源(人主动脉VSMC、小鼠原代VSMC);培养条件(DMEM低糖、10% FBS);Ang II浓度(100 nmol/L)和处理时间(0、1、3、5天);腺病毒感染滴度和时间(5 × 10^9 pfu/mL,36小时);siRNA转染(Lipofectamine 2000) 阅读提示:Methods: Generation of primary cells and cell culture; Adenovirus expression vector and plasmid constructs; siRNA transfection; Figure legends 3-7 |
| 线粒体功能检测 | ROS检测(DHE、MitoSOX浓度5 μM,孵育30分钟);ATP检测试剂盒;JC-1探针;线粒体复合物活性检测试剂盒;MitoTracker Green/Red浓度和处理时间 阅读提示:Methods: Measurement of total and mtROS levels; ATP assay; Measurement of Δψm; Measurement of mitochondrial respiratory chain complex activities; Cell immunofluorescence |
| 分子机制实验 | 报告基因构建(eIF5a启动子截短片段);ChIP实验(甲醛交联、超声片段大小400-600 bp、anti-Klf5抗体);oligo pull-down探针序列;Co-IP抗体(anti-eIF5a、anti-Mfn1等);PLA试剂盒(Duolink) 阅读提示:Methods: Luciferase assay; ChIP assay; Oligonucleotide pull-down assay; Co-immunoprecipitation assay; Proximity ligation assay |