AUNIP表达分析
评估AUNIP在多种癌症类型中的表达水平。
利用TCGA、HCCDB和GEO数据库分析AUNIP在泛癌、HCC和LUAD中的mRNA表达,并通过免疫组化验证蛋白表达。
AUNIP Expression Is Correlated With Immune Infiltration and Is a Candidate Diagnostic and Prognostic Biomarker for Hepatocellular Carcinoma and Lung Adenocarcinoma.
基于多数据库生信分析、免疫组化验证、功能富集分析和免疫浸润相关性分析,但缺乏体外或体内功能实验验证。
肝细胞癌组织样本 肺腺癌组织样本
AUNIP表达水平(mRNA和蛋白) HCC和LUAD组织样本 肿瘤与正常组织的比较 生存分析(OS, DSS, PFI) 免疫细胞浸润程度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估AUNIP在多种癌症类型中的表达水平。
利用TCGA、HCCDB和GEO数据库分析AUNIP在泛癌、HCC和LUAD中的mRNA表达,并通过免疫组化验证蛋白表达。
探讨AUNIP表达上调的遗传机制。
分析cBioPortal中AUNIP表达(z-scores)与拷贝数数据之间的相关性。
评价AUNIP作为HCC和LUAD诊断生物标志物的性能。
使用ROC曲线分析AUNIP表达区分肿瘤与正常组织的能力。
评估AUNIP表达与HCC和LUAD患者生存预后的关系。
使用Kaplan-Meier生存分析、单因素和多因素Cox回归分析,评估AUNIP表达与OS、DSS、PFI的关系。
探索AUNIP在HCC和LUAD中的生物学功能和相关通路。
通过共表达分析、GO/KEGG富集分析及GSVA分析。
评估AUNIP表达与肿瘤免疫浸润的关系。
使用TIMER和TIMER2.0分析AUNIP表达与六种免疫细胞浸润程度及相关基因标记的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫组织化学 | 组织微阵列芯片;一抗稀释度1:200;孵育条件4°C过夜 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry Staining |
| 数据获取 | 数据集来源:TCGA、GEO、ICGC、HCCDB、cBioPortal;数据标准化方法:TCGA数据log2(fpkm+1),GEO数据RMA算法 阅读提示:Materials and Methods: Data Acquisition and Preprocessing |
| 共表达分析 | 共表达阈值:|相关系数|>0.6,P<0.05 阅读提示:Materials and Methods: Co-Expression Analysis |
| 生存分析 | 最佳分离截断值;使用log-rank检验 阅读提示:Materials and Methods: Statistical Analysis |