AUNIP表达与免疫浸润相关,是肝细胞癌和肺腺癌的候选诊断及预后生物标志物

AUNIP Expression Is Correlated With Immune Infiltration and Is a Candidate Diagnostic and Prognostic Biomarker for Hepatocellular Carcinoma and Lung Adenocarcinoma.

作者信息Chenxi Ma, Wenyan Kang, Lu Yu, Zongcheng Yang, Tian Ding
PMID33363020
发布时间2020-12-09
DOI10.3389/fonc.2020.590006

实验完整度

中

基于多数据库生信分析、免疫组化验证、功能富集分析和免疫浸润相关性分析,但缺乏体外或体内功能实验验证。

主要模型

肝细胞癌组织样本 肺腺癌组织样本

重点核对

AUNIP表达水平(mRNA和蛋白) HCC和LUAD组织样本 肿瘤与正常组织的比较 生存分析(OS, DSS, PFI) 免疫细胞浸润程度

摘要

AUNIP是一种新型预后生物标志物,已被证明与口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的基质和免疫评分相关。然而,其在其他癌症类型中的作用尚不清楚。本研究根据癌症基因组图谱(TCGA)数据库、肝细胞癌综合分子数据库(HCCDB)和基因表达综合数据库(GEO)数据库(GSE45436、GSE102079、GSE10072、GSE31210和GSE43458)的数据,AUNIP在肝细胞癌(HCC)和肺腺癌(LUAD)中的表达增加。此外,根据拷贝数变异分析,AUNIP上调可能与拷贝数变异有关。免疫组织化学显示,与正常组织相比,HCC和LUAD中AUNIP表达更高。受试者工作特征(ROC)曲线分析表明,AUNIP是HCC和LUAD的候选诊断生物标志物。接下来,TCGA、国际癌症基因组联盟(ICGC)和GEO(GSE31210和GSE50081)数据显示,AUNIP表达增加明显预测HCC和LUAD的不良总生存期(OS)、疾病特异性生存期(DSS)和无进展间隔(PFI)。此外,涉及各种临床因素的多变量Cox回归分析表明,AUNIP是HCC和LUAD的独立预后生物标志物。接下来,通过共表达分析、基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析以及基因集变异分析(GSVA)探讨了AUNIP在HCC和LUAD中的作用。HCC和LUAD表现出几乎相同的富集结果。更具体地说,高AUNIP表达与DNA复制、细胞周期、卵母细胞减数分裂、同源重组、错配修复、p53信号转导通路和孕酮介导的卵母细胞成熟有关。最后,使用肿瘤免疫估计资源(TIMER)工具确定AUNIP表达与肿瘤免疫浸润的相关性。在HCC中,AUNIP表达与B细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞的浸润程度呈正相关。然而,在LUAD中,AUNIP表达与B细胞、CD4+ T细胞和巨噬细胞的浸润程度呈负相关。此外,AUNIP表达与其他多种肿瘤的免疫浸润相关。总之,AUNIP与肿瘤免疫浸润相关,是HCC和LUAD的候选诊断和预后生物标志物。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
AUNIP在肝细胞癌(HCC)和肺腺癌(LUAD)中的表达、预后价值、诊断价值及其与免疫浸润的关系尚不清楚。
核心机制
AUNIP可能通过拷贝数扩增导致表达上调,并与细胞周期、DNA复制、同源重组等通路相关,可能影响肿瘤免疫浸润。
主要证据
TCGA、HCCDB、GEO、ICGC等数据库分析显示AUNIP在HCC和LUAD中高表达,且与不良预后相关;免疫组化验证蛋白水平;ROC曲线显示诊断价值;TIMER分析显示与免疫浸润相关。
研究意义
AUNIP可作为HCC和LUAD的候选诊断和预后生物标志物,为探索基于免疫的癌症新疗法提供参考。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

AUNIP表达分析

评估AUNIP在多种癌症类型中的表达水平。

利用TCGA、HCCDB和GEO数据库分析AUNIP在泛癌、HCC和LUAD中的mRNA表达,并通过免疫组化验证蛋白表达。

2

拷贝数变异分析

探讨AUNIP表达上调的遗传机制。

分析cBioPortal中AUNIP表达(z-scores)与拷贝数数据之间的相关性。

3

诊断价值评估

评价AUNIP作为HCC和LUAD诊断生物标志物的性能。

使用ROC曲线分析AUNIP表达区分肿瘤与正常组织的能力。

4

预后价值评估

评估AUNIP表达与HCC和LUAD患者生存预后的关系。

使用Kaplan-Meier生存分析、单因素和多因素Cox回归分析,评估AUNIP表达与OS、DSS、PFI的关系。

5

功能富集分析

探索AUNIP在HCC和LUAD中的生物学功能和相关通路。

通过共表达分析、GO/KEGG富集分析及GSVA分析。

6

免疫浸润分析

评估AUNIP表达与肿瘤免疫浸润的关系。

使用TIMER和TIMER2.0分析AUNIP表达与六种免疫细胞浸润程度及相关基因标记的相关性。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
抗人AUNIP抗体Biossbs-15019R
DAB染色试剂盒Vector Laboratories--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
免疫组织化学
组织微阵列芯片;一抗稀释度1:200;孵育条件4°C过夜
阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry Staining
数据获取
数据集来源:TCGA、GEO、ICGC、HCCDB、cBioPortal;数据标准化方法:TCGA数据log2(fpkm+1),GEO数据RMA算法
阅读提示:Materials and Methods: Data Acquisition and Preprocessing
共表达分析
共表达阈值:|相关系数|>0.6,P<0.05
阅读提示:Materials and Methods: Co-Expression Analysis
生存分析
最佳分离截断值;使用log-rank检验
阅读提示:Materials and Methods: Statistical Analysis