体外细胞模型建立
验证CNTNAP4敲低或过表达对DA神经元样细胞的影响
使用MN9D细胞,通过siRNA敲低或质粒过表达CNTNAP4,检测α-突触核蛋白、突触蛋白和自噬相关蛋白表达。
CNTNAP4 deficiency in dopaminergic neurons initiates parkinsonian phenotypes.
包含体外细胞实验(MN9D敲低/过表达、线粒体自噬验证)、体内动物模型(AAV-shRNA敲低、基因敲除小鼠、MPTP模型)以及临床样本检测(CSF和血浆ELISA)
MN9D细胞系 CNTNAP4 AAV-shRNA注射小鼠 Cntnap4基因敲除小鼠 PD患者血浆和CSF样本
CNTNAP4 siRNAs序列及敲低效率(siRNA-3最有效) CNTNAP4 AAV-shRNA注射立体定位坐标(Bregma AP -3.0 mm, ML ±1.3 mm, DV -4.7 mm) MPTP亚急性模型(30 mg/kg,每天一次,共5天)和慢性模型(25 mg/kg,每周两次,共5周) JC-1染色评估线粒体膜电位 TEM观察自噬体和突触囊泡
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证CNTNAP4敲低或过表达对DA神经元样细胞的影响
使用MN9D细胞,通过siRNA敲低或质粒过表达CNTNAP4,检测α-突触核蛋白、突触蛋白和自噬相关蛋白表达。
鉴定CNTNAP4敲低后的差异表达基因和富集通路
对CNTNAP4 siRNA转染后的MN9D细胞进行RNA-seq,并进行KEGG和GO富集分析。
验证CNTNAP4敲低是否诱导线粒体自噬
使用LC3-GFP和Mito-RFP lentivirus共转染、JC-1染色、TEM观察自噬体。
验证SN-DA神经元中CNTNAP4敲低是否引发帕金森样表型
立体定位注射AAV-TH-CNTNAP4 shRNA至SNpc,联合MPTP处理,进行行为学、免疫组化、Western blot和TEM分析。
确认CNTNAP4基因敲除是否产生类似表型
使用Cntnap4基因敲除小鼠,进行行为学、组织学和生化分析。
检测PD患者CSF和血浆中CNTNAP4水平
通过ELISA测定PD患者和对照组CSF和血浆CNTNAP4浓度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | MPTP | Sigma-Aldrich | -- |
| MPP+ | Sigma-Aldrich | -- | |
| Western blotting | 抗TH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-25269 |
| 抗DAT抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32258 | |
| 抗α-突触核蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-69977 | |
| 抗GABAARβ3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-376252 | |
| 抗MAP-2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-74422 | |
| 抗PDH-E1α抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-377092 | |
| 抗突触蛋白I抗体 | Cell Signaling Technology | 5297 | |
| 抗α-突触核蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4179 | |
| 抗突触结合蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 14558 | |
| 抗突触融合蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 18572 | |
| 抗GABARAP抗体 | Cell Signaling Technology | 13733 | |
| 抗PSD-95抗体 | Cell Signaling Technology | 3450 | |
| 抗SNAP-25抗体 | Cell Signaling Technology | 5308 | |
| 抗LC3抗体 | Abcam | ab48394 | |
| 抗p62抗体 | Abcam | ab5416 | |
| 抗GABAARα2抗体 | Abcam | ab193311 | |
| 抗泛素抗体 | Abcam | ab7780 | |
| 抗CNTNAP4抗体 | Bioss | bs-11076R-2 | |
| 抗CNTNAP4抗体 | Biorbyt LLC | orb544737 | |
| 抗GABAARα1抗体 | Millipore | 3108661 | |
| 抗NDP52抗体 | Proteintech Group | 12229-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech Group | 60004-1 | |
| 免疫荧光 | DyLight 488山羊抗小鼠IgG | Multi Sciences | 70-GAM4882 |
| DyLight 594山羊抗兔IgG | Multi Sciences | 70-GAR5942 | |
| Western blotting | HRP标记的山羊抗兔IgG | Beyotime Biotechnology | -- |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 过表达 | EGFP载体 | Dongze Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| EGFP-CNTNAP4质粒 | Dongze Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 线粒体膜电位检测 | 线粒体膜电位检测试剂盒(JC-1) | Beyotime Biotechnology | -- |
| siRNA转染 | riboFECT CP转染试剂 | RioBio | -- |
| 质粒转染 | Lipofectamine™ 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Opti-MEM™培养基 | Invitrogen | -- | |
| RNA-seq | Trizol试剂 | Life Technologies | -- |
| NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- | |
| Qubit® 2.0荧光计 | Life Technologies | -- | |
| Agilent 2200 TapeStation系统 | Agilent Technologies | -- | |
| Agilent Bioanalyzer 2100系统 | Agilent Technologies | -- | |
| cBot簇生成系统 | Illumina | -- | |
| TruSeq PE簇试剂盒 | Illumina | -- | |
| Illumina HiSeq Xten测序平台 | Illumina | -- | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 青霉素 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 链霉素 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 原代神经元培养 | 多聚赖氨酸 | 文中未明确说明 | -- |
| DMEM/F12培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| B27添加剂 | 文中未明确说明 | -- | |
| 胞嘧啶 | 文中未明确说明 | -- | |
| 细胞活力测定 | 细胞计数试剂盒-8 | 文中未明确说明 | -- |
| Western blotting | BeyoECL化学发光液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| GeneGnome XRQ化学发光成像系统 | Gene Company | -- | |
| 免疫组织化学 | 生物素标记的二抗 | 文中未明确说明 | -- |
| 免疫荧光 | DAPI | 文中未明确说明 | -- |
| 行为学测试 | 小鼠转棒仪 | Ugo basile SRL | -- |
| 抓力计 | Ugo basile SRL | -- | |
| EthoVision XT软件 | 文中未明确说明 | -- | |
| 立体定位注射 | AAV2/9-TH-3Flag-miR30-GFP-polyA shRNA载体 | 文中未明确说明 | -- |
| CNTNAP4 AAV-shRNA病毒 | Sunbio Medical Biotechnology | -- | |
| 对照AAV-shRNA病毒 | Sunbio Medical Biotechnology | -- | |
| 基因敲除小鼠构建 | mMESSAGE mMACHINE T7 Ultra试剂盒 | Ambion | -- |
| MEGAshortscript试剂盒 | ThermoFisher | -- | |
| 透射电子显微镜 | SPI-Pon 812环氧树脂单体 | SPI | -- |
| 超薄切片机 | Leica | -- | |
| 显微镜 | 共聚焦激光扫描显微镜(SP8) | Leica | -- |
| 透射电子显微镜 | 透射电子显微镜(HT7700) | Hitachi | HT7700 |
| 免疫荧光定量 | Image-Pro Plus 6.0图像分析系统 | Media Cybernetics | -- |
| ELISA | 人CNTNAP4 ELISA试剂盒 | AndyGene Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞实验 | MN9D细胞培养条件(RPMI 1640, 8% FBS, 37°C, 5% CO2);siRNA浓度100 nM,转染时间72小时;质粒转染2天;MPP+处理浓度50-500 μM,24小时 阅读提示:Materials and Methods: Dopaminergic MN9D cell cultures, Knockdown and overexpression in MN9D cells, Drug treatments |
| 动物模型 | 小鼠品系C57BL/6,8周龄,雄性;AAV-shRNA注射立体定位坐标(AP -3.0 mm, ML ±1.3 mm, DV -4.7 mm);注射体积0.5 μL;行为学测试时间点(注射后3周和MPTP处理5周后) 阅读提示:Materials and Methods: Animals, Stereotaxic injection, Behavioral tests |
| MPTP模型 | MPTP给药剂量和方案(亚急性:30 mg/kg每天一次共5天;慢性:25 mg/kg每周两次共5周);采样时间点 阅读提示:Materials and Methods: Drug treatments |
| 分子检测 | Western blotting抗体列表及稀释比例(原文未明确浓度);免疫组化和免疫荧光切片厚度15 μm;TEM样品制备条件 阅读提示:Materials and Methods: Western blotting, Immunohistochemistry, Transmission electron microscopy |
| 临床样本 | PD患者诊断标准(UK Parkinson's Disease Society Brain Bank);CSF和血浆样本收集与处理;ELISA操作步骤(20 μL样本,孵育条件等) 阅读提示:Materials and Methods: Patient characteristics, Enzyme-linked immunosorbent assay |