FKBP10表达分析
评估FKBP10在胃癌中的mRNA和蛋白表达水平。
利用TCGA和GEO数据库分析FKBP10 mRNA表达;利用免疫组化验证蛋白表达。
Comprehensive evaluation of FKBP10 expression and its prognostic potential in gastric cancer.
研究包含数据库分析、生存分析、免疫组化验证及生物信息学功能预测,但缺乏体外和体内功能实验,机制验证不足。
胃癌组织样本(40对癌及癌旁组织) TCGA胃癌队列 GEO胃癌微阵列数据集
FKBP10在TCGA和GEO中的mRNA表达数据(TCGA: n=408癌 vs n=36正常;GEO: 19个微阵列) 免疫组化验证:40对胃癌及癌旁组织,FKBP10抗体(bs-13175R, 1:700, BIOSS) 生存分析:高表达组 vs 低表达组,OS和DFS(TCGA: HR=1.5/1.6;GEO: HR=1.36/1.27) 多变量Cox回归:调整年龄、性别、TNM分期、分级等(FKBP10 HR=1.159, 95%CI: 1.042-1.289)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估FKBP10在胃癌中的mRNA和蛋白表达水平。
利用TCGA和GEO数据库分析FKBP10 mRNA表达;利用免疫组化验证蛋白表达。
评估FKBP10表达与胃癌患者预后的关系。
使用Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析评估OS和DFS。
探索FKBP10的潜在功能机制。
进行蛋白-蛋白相互作用分析、共表达网络分析以及GO和KEGG通路富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 兔抗FKBP10多克隆抗体 | BIOSS | bs-13175R |
| 偶联二抗 | Shanghai Long Island Biotec, Co., Ltd. | D-3004-15 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫组织化学 | 组织样本:40例胃癌及配对癌旁组织;抗原修复条件:柠檬酸钠缓冲液(pH 6.0),100-120°C,5分钟;一抗浓度:1:700;孵育条件:4°C过夜;二抗孵育:室温30分钟;显色:DAB室温5分钟;评分:IRS评分(强度×百分比) 阅读提示:Materials and methods 部分 'Detection of FKBP10 protein expression by immunohistochemistry' |
| 数据库分析 | 数据来源:TCGA和GEO;样本量:TCGA(408癌,36正常),GEO(19个微阵列,957癌,536正常);批次效应去除:'sva'包;统计方法:SMD,随机效应模型(I2>50%) 阅读提示:Materials and methods 部分 'Data extraction of FKBP10 expression from GEO and TCGA databases' 和 'Detection of FKBP10 mRNA expression levels in gastric cancer' |
| 预后分析 | 生存分析工具:GEPIA和Kaplan-Meier Plotter;OS和DFS数据;分组:高表达 vs 低表达;多变量Cox调整因素:年龄、性别、TNM分期、分级等 阅读提示:Materials and methods 部分 'Prognosis analysis of FKBP10 in GC' |