TCGA数据库相关分析
筛选与PDGFR表达正相关的RTKs,识别候选耐药相关基因
分析TCGA_GBMLGG和TCGA_GBM数据库,评估PDGFRA/PDGFRB与多个RTKs的mRNA表达相关性
ERBB3, IGF1R, and TGFBR2 expression correlate with PDGFR expression in glioblastoma and participate in PDGFR inhibitor resistance of glioblastoma cells.
包含TCGA数据库分析、66例患者样本验证、体外细胞功能实验(增殖、迁移、侵袭)、免疫共沉淀及Western blot机制验证等独立证据层级,并进行了联合用药验证。
LN229胶质母细胞瘤细胞系 原代GBM细胞(GBM-1) TCGA_GBMLGG和TCGA_GBM数据库 66例人GBM组织样本队列
TCGA数据库中PDGFRA与ERBB3、IGF1R,PDGFRB与TGFBR2的mRNA表达相关性 GBM细胞中PDGFRA与ERBB3/IGF1R,PDGFRB与TGFBR2的蛋白相互作用 Imatinib处理下PDGFR与RTK共表达细胞的相对生长率(RGR) Imatinib处理下AKT和S6磷酸化水平的维持 66例GBM组织中PDGFR与RTK蛋白表达的相关性及生存分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与PDGFR表达正相关的RTKs,识别候选耐药相关基因
分析TCGA_GBMLGG和TCGA_GBM数据库,评估PDGFRA/PDGFRB与多个RTKs的mRNA表达相关性
验证候选RTKs与PDGFR是否存在物理相互作用
在LN229和GBM-1细胞中过表达Flag/Myc/HA标签的PDGFR和候选RTKs,通过Co-IP检测相互作用
检测候选RTKs共表达是否影响GBM细胞对PDGFR抑制剂Imatinib的敏感性
通过CCK-8测定IC50,并用IC50附近浓度处理细胞,计算相对生长率
评估候选RTKs共表达是否在PDGFRi存在下维持下游信号激活
Western blot检测AKT和S6的磷酸化水平
检测候选RTKs共表达对GBM细胞迁移和侵袭的影响
使用Transwell小室(含或不含Matrigel)进行迁移和侵袭实验
验证PDGFRi与ERBB3或IGF1R抑制剂联合使用的效果
使用Imatinib联合AZD3463(IGF1R抑制剂)或Sapitinib(ERBB3抑制剂)处理细胞,检测生长和AKT激活
在人GBM组织中验证PDGFR与候选RTKs表达的相关性及预后价值
对66例GBM组织进行IHC染色,定量IOD值,进行相关性分析和Kaplan-Meier生存分析
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270-106 | |
| 青霉素-链霉素 | HyClone | SV30010 | |
| 质粒构建 | NheI限制酶 | New ENGLAND BIOLABS | 6387681 |
| NotI限制酶 | New ENGLAND BIOLABS | 6387681 | |
| 慢病毒生产 | Lipofectamine-2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Sigma | -- |
| 稳定细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Invivogen | -- |
| G418硫酸盐 | Sangon Biotech | A100859 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | DOJINDO | -- |
| 迁移和侵袭实验 | 基质胶 | CORNING | 354234 |
| Millicell 8.0 μm PET小室 | -- | -- | |
| 细胞裂解 | NP40裂解液 | Beyotime | P0013F |
| 蛋白酶/磷酸酶抑制剂混合物 | CST | 5872S | |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G磁珠 | GE Healthcare | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| 抗Flag抗体 | Sigma | -- | |
| 抗Myc抗体 | CST | 2276S | |
| 抗HA抗体 | CST | 3724S | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Beyotime | AF0003 | |
| 抗IGF1R抗体 | CST | 14534S | |
| 抗ERBB3抗体 | CST | 12708S | |
| 抗TGFBR2抗体 | Bioss | bs-0117R | |
| 抗FGFR1抗体 | CST | 9740S | |
| 抗PDGFRα抗体 | CST | 3174S | |
| 抗磷酸化PDGFRα (Tyr754)抗体 | CST | 2292S | |
| 抗PDGFRβ抗体 | CST | 3169S | |
| 抗磷酸化PDGFRβ (Tyr751)抗体 | CST | 4549S | |
| 抗AKT1抗体 | CST | 2938S | |
| 抗磷酸化AKT1 (Ser473)抗体 | CST | 9018S | |
| 抗S6核糖体蛋白抗体 | CST | 2217S | |
| 抗磷酸化S6核糖体蛋白 (Ser235/236)抗体 | CST | 4858S | |
| 抗小鼠IgG HRP标记二抗 | CST | 7076S | |
| 抗兔IgG HRP标记二抗 | CST | 7074S | |
| 免疫组织化学 | 抗TGFBR2抗体 | Abcam | 78419 |
| Dako REAL™ EnVision HRP兔/鼠二抗系统 | DAKO | 20039641 | |
| 药物处理 | 伊马替尼 | -- | -- |
| 萨匹替尼 | -- | -- | |
| AZD3463 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TCGA数据库分析 | 使用的TCGA数据库版本和样本量;PDGFRA与ERBB3、IGF1R,PDGFRB与TGFBR2的Pearson相关系数及P值 阅读提示:Materials and methods中的TCGA glioma database部分及Results中Figure 1和Table 2 |
| 细胞培养 | LN229和GBM-1细胞的来源;培养基成分和培养条件 阅读提示:Materials and methods中的Cell culture部分 |
| 质粒构建和转染 | 表达载体的选择和标签;转染试剂和筛选浓度 阅读提示:Materials and methods中的Plasmid constructs, lentivirus production, and transient transfection部分 |
| 共免疫沉淀 | 裂解缓冲液成分;抗体和磁珠的类型;洗涤和洗脱条件 阅读提示:Materials and methods中的Co-immunoprecipitation部分及Figure 2图注 |
| 药物处理 | Imatinib、AZD3463、Sapitinib的浓度和处理时间;单药与联合用药剂量 阅读提示:Materials and methods中的Cell proliferation and IC50 measurement部分及Results中Figure 3、6、7图注 |
| 细胞增殖和活力检测 | 细胞接种密度;CCK-8检测时间和波长;IC50计算方法 阅读提示:Materials and methods中的Cell proliferation and IC50 measurement部分 |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室规格;Matrigel浓度和包被量;细胞种数;孵育时间;染色和计数方法 阅读提示:Materials and methods中的Cell migration and invasion部分及Figure 5图注 |
| Western blot | 裂解方法;上样量;一抗和二抗的稀释比例;检测的磷酸化蛋白位点 阅读提示:Materials and methods中的Western blotting部分及Figure 4图注 |
| 免疫组织化学 | 组织切片厚度;抗体浓度;IOD测量方法和样本数;高/低表达定义的cutoff 阅读提示:Materials and methods中的Immunohistochemistry部分及Figure 8图注 |
| 生存分析 | 患者队列特征;高/低表达分组标准;生存分析方法和P值 阅读提示:Materials and methods中的Statistical analysis部分及Figure 9图注 |