EMC6亚细胞定位分析
确定EMC6在细胞内的定位,为后续功能研究提供基础。
将GFP-EMC6与DsRed-ER、DsRed-Golgi、DsRed-Mito共转染U2OS细胞,通过共聚焦显微镜观察其共定位情况。
A novel ER-localized transmembrane protein, EMC6, interacts with RAB5A and regulates cell autophagy.
包含体外细胞模型(U2OS、HCT116)、功能验证(LC3斑点、LC3-II、TEM)、机制验证(Co-IP、GST pull-down、突变体)及自噬底物降解分析,多层级相互印证。
U2OS细胞 HCT116细胞
EMC6过表达或敲低处理 巴弗洛霉素A1(10 nM)处理4小时 EBSS饥饿处理 3-MA(10 mM)处理 LC3斑点计数和LC3-II水平检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定EMC6在细胞内的定位,为后续功能研究提供基础。
将GFP-EMC6与DsRed-ER、DsRed-Golgi、DsRed-Mito共转染U2OS细胞,通过共聚焦显微镜观察其共定位情况。
验证EMC6是否影响自噬过程,并确定其作用环节。
过表达或敲低EMC6,结合巴弗洛霉素A1和3-MA处理,检测LC3斑点形成、LC3-II水平及自噬体结构。
揭示EMC6是否与RAB5A和BECN1形成复合物,以及其相互作用的方式。
通过共定位分析、免疫共沉淀和GST pull-down实验,验证EMC6与RAB5A和BECN1的相互作用。
探究EMC6是否调节RAB5A和EEA1向内质网的募集,以提供自噬发生的平台。
在过表达或敲低EMC6的细胞中,观察GFP-RAB5A和EEA1与内质网标记物的共定位情况。
确定EMC6跨膜结构域对其定位和功能的重要性。
构建缺失C端跨膜结构域的EMC6ΔTM突变体,检测其定位和自噬调控功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗体 | 抗LC3B抗体 | Sigma Aldrich | L7543 |
| 抗EEA1抗体 | Cell Signaling Technology | 3288 | |
| 抗ATG5抗体 | Cell Signaling Technology | 8540 | |
| 抗FLAG抗体 | Sigma Aldrich | F3165 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma Aldrich | A5316 | |
| 抗RAB5A抗体 | Santa Cruz | sc-309 | |
| 抗GST抗体 | Santa Cruz | sc-459 | |
| 试剂 | 鸟苷5'-3-O-(硫)三磷酸 | Sigma | G8634 |
| 巴弗洛霉素A1 | Sigma Aldrich | B1793 | |
| 渥曼青霉素 | Sigma Aldrich | W1628 | |
| Hoechst 33342 | Sigma Aldrich | 14533 | |
| 皂素 | Sigma Aldrich | S7900 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | Sigma Aldrich | M9281 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | 12800-017 |
| Earle平衡盐溶液 | Sigma Aldrich | E7510 | |
| 转染 | MegaTran 1.0转染试剂 | ORIGEN | TT200004 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596-026 |
| RT-PCR | ThermoScript RT-PCR系统 | Invitrogen | 11146-024 |
| 检测 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| Odyssey红外成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| 显微镜 | 奥林巴斯FV1000共聚焦显微镜 | Olympus | -- |
| JEM-1230透射电子显微镜 | JEOL | -- | |
| 流式分析 | FACS Calibur流式细胞仪 | Becton Dickinson | -- |
| 蛋白纯化 | 谷胱甘肽-琼脂糖凝胶4B | GE Healthcare | 17-0756-01 |
| 免疫沉淀 | 蛋白G琼脂糖凝胶快流速 | GE Healthcare | 17-0618-01 |
| 抗体纯化 | CNBr活化琼脂糖凝胶4快流速 | GE Healthcare | 17-0981-01 |
| 质粒构建 | pcDNA.3.1/myc-His (-) B载体 | Invitrogen | V85520 |
| 基因干扰 | EMC6短发夹RNA | ORIGEN | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | U2OS和HCT116细胞系培养于含10% FBS的DMEM培养基中,对数期细胞用于实验 阅读提示:Materials and Methods - Cell culture, transfections and treatments |
| 自噬诱导 | EBSS饥饿处理2-4小时 阅读提示:Materials and Methods - Cell culture, transfections and treatments |
| 自噬抑制 | 巴弗洛霉素A1浓度10 nM,处理4小时 阅读提示:Figure legends 3A, 4A |
| PtdIns3K抑制 | 3-MA浓度10 mM,处理6小时 阅读提示:Figure legends 3A |
| 转染 | 使用MegaTran 1.0转染试剂,转染比例见各实验 阅读提示:Materials and Methods - Cell culture, transfections and treatments |
| 自噬通量检测 | mTagRFP-mWasabi-LC3质粒共转染,流式细胞术分析mTagRFPhighmWasabilow细胞比例 阅读提示:Materials and Methods - Flow cytometry |
| 自噬底物降解 | PolyQ80-luciferase和polyQ19-luciferase共转染,测定荧光素酶活性 阅读提示:Materials and Methods - Poly Q degradation assay |
| 机制验证 | 免疫共沉淀和GST pull-down实验条件,如裂解缓冲液成分、孵育时间 阅读提示:Materials and Methods - IP and western blot analysis, GST pull-down assay |