验证Smurf1对整合素激活的影响
确定Smurf1是否调控整合素激活。
在CHO-αIIbβ3细胞中过表达Smurf1,检测整合素激活水平及Kindlin-2、Talin蛋白水平;敲低Smurf1观察整合素激活变化。
Smurf1 inhibits integrin activation by controlling Kindlin-2 ubiquitination and degradation.
包含体外泛素化、细胞功能实验、敲除小鼠模型及患者样本,并进行功能验证和机制验证。
CHO-αIIbβ3细胞 NIH3T3成纤维细胞 Smurf1敲除小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs) 结肠癌患者组织
Smurf1是否通过泛素化降解Kindlin-2 Smurf1对Talin-H降解无影响 Smurf1对细胞铺展、黏附和黏着斑形成的影响 Smurf1和Kindlin-2在结肠癌组织中的表达相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Smurf1是否调控整合素激活。
在CHO-αIIbβ3细胞中过表达Smurf1,检测整合素激活水平及Kindlin-2、Talin蛋白水平;敲低Smurf1观察整合素激活变化。
验证Smurf1是否介导Kindlin-2的蛋白酶体降解。
在HEK293T细胞中共表达Smurf1和Kindlin-2,观察Kindlin-2蛋白水平变化;用MG132处理抑制蛋白酶体;CHX追踪实验检测蛋白半衰期。
确定Smurf1是否促进Kindlin-2的多聚泛素化及泛素链类型。
体内泛素化实验使用HA-Ub和Smurf1共转染;体外泛素化实验使用纯化的GST-Smurf1;通过泛素突变体实验确定连接类型。
验证Smurf1与Kindlin-2是否直接相互作用并定位结合域。
免疫共沉淀检测内源和外源相互作用;体外GST pull-down;免疫荧光共定位;通过截短突变体确定结合区域。
验证Smurf1是否通过降解Kindlin-2影响细胞铺展、黏附和黏着斑形成。
细胞铺展、黏附及黏着斑实验在HeLa和MEFs中进行。
验证Smurf1与Kindlin-2在体内表达是否呈负相关。
检测Smurf1敲除小鼠各器官组织的Kindlin-2蛋白水平;比较结肠癌患者肿瘤组织和正常组织的蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| 青霉素/链霉素 | 文中未明确说明 | -- | |
| L-谷氨酰胺 | 文中未明确说明 | -- | |
| MEM培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| RPMI 1640培养基 | Hyclone | -- | |
| 转染 | Sage LipoPlusT转染试剂 | Beijing Sage Creation Science | -- |
| 聚乙烯亚胺 | Polyscience | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 药物处理 | MG132 | Sigma-Aldrich | SML1135 |
| 免疫沉淀 | 抗Flag M2磁珠 | Sigma-Aldrich | -- |
| 蛋白A琼脂糖 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 蛋白G琼脂糖 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | 文中未明确说明 | -- |
| Super Signal化学发光试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 体外结合 | 谷胱甘肽-琼脂糖4B磁珠 | Pharmacia Biotech | -- |
| His-Select HF镍亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| MBP亲和基质 | New England Biolabs | -- | |
| 体外泛素化 | E1酶 | Boston Biochem | -- |
| UbcH5c | Boston Biochem | -- | |
| HA-泛素 | Boston Biochem | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | 文中未明确说明 | -- |
| 流式细胞术 | FACSCalibur流式细胞仪 | BD | -- |
| 共聚焦显微镜 | LSM 780激光共聚焦显微镜 | ZEISS | -- |
| Axiocam MRm相机 | ZEISS | -- | |
| 免疫组化 | BX51显微镜 | Olympus | -- |
| 细胞黏附 | CKX41显微镜 | Olympus | -- |
| 抗体 | 抗Smurf1抗体 (1D7) | Abcam | ab117552 |
| 抗Talin抗体 (8D4) | Santa Cruz Biotechnology | sc-59881 | |
| 抗Paxillin抗体 (Y113) | Abcam | ab32084 | |
| 抗β1整合素抗体 (EPR1040Y) | Abcam | ab134179 | |
| 抗β1整合素抗体 (KMI6) | Abcam | ab95623 | |
| 抗β3整合素抗体 (VI-PL2) | Abcam | ab110131 | |
| 抗Kindlin-2抗体 | Sigma-Aldrich | K3269 | |
| 抗Flag抗体 (M2) | Sigma-Aldrich | -- | |
| 抗GFP抗体 (GSN149) | Sigma-Aldrich | G1546 | |
| 抗Myc抗体 | Sigma-Aldrich | SAB4301136 | |
| 抗HA抗体 (HA-7) | Sigma-Aldrich | H9658 | |
| 抗Kindlin-2抗体 (3A3) | EMD Millipore | Mab2617 | |
| 抗Kindlin-2抗体 (Y-15) | Santa Cruz Biotechnology | sc-30854 | |
| 抗泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 3933 | |
| 抗活化整合素β1 9EG7抗体 | BD | 553715 | |
| PAC-1抗体 | BD | 340507 | |
| 抗Actin抗体 (2Q1055) | Santa Cruz Biotechnology | sc-58673 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件,包括培养基、血清浓度、添加物等 阅读提示:Materials and methods中的Cell culture and transfection |
| 质粒转染 | 转染试剂、质粒用量和转染时间 阅读提示:Materials and methods中的Cell culture and transfection |
| 药物处理 | MG132浓度和处理时间,CHX浓度和时间 阅读提示:Materials and methods中的Cell culture and transfection及结果部分 |
| 整合素激活检测 | PAC1结合检测的具体步骤,包括缓冲液、抗体浓度和孵育时间 阅读提示:Materials and methods中的Integrin αIIbβ3 activation assay |
| 细胞功能实验 | 铺展和黏附实验的包被蛋白浓度、时间点、细胞密度和计数标准 阅读提示:Materials and methods中的Cell spreading and FA formation analyses和Cell adhesion assay |