临床样本相关性分析
探索Slug与ERα在人乳腺癌组织中的表达相关性及预后意义
通过IHC检测50例乳腺癌组织中Slug和ERα表达,分析TCGA数据库中825例乳腺癌样本的mRNA和蛋白质表达数据,利用KM plot数据库分析Slug mRNA水平与RFS的关系
The zinc-finger transcriptional factor Slug transcriptionally downregulates ERα by recruiting lysine-specific demethylase 1 in human breast cancer.
包含患者样本IHC与TCGA数据库分析、多细胞系体外实验、双荧光素酶报告基因、ChIP-qPCR、Co-IP、功能实验(增殖、迁移、侵袭、克隆形成)等多个独立证据层级,并包含功能验证与机制验证。
MDA-MB-231细胞(ERα阴性) MCF-7细胞(ERα阳性) T47D细胞(ERα阳性) BT549细胞(ERα阴性)
Slug与ERα表达在人乳腺癌组织和细胞系中呈负相关 Slug通过结合ESR1启动子E-box(位点1、3、4、6)抑制其转录 Slug通过SNAG结构域招募LSD1,介导H3K4me2去甲基化 敲低Slug或LSD1均显著抑制细胞增殖、迁移、侵袭和克隆形成
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索Slug与ERα在人乳腺癌组织中的表达相关性及预后意义
通过IHC检测50例乳腺癌组织中Slug和ERα表达,分析TCGA数据库中825例乳腺癌样本的mRNA和蛋白质表达数据,利用KM plot数据库分析Slug mRNA水平与RFS的关系
验证Slug与ERα在乳腺癌细胞系中的表达关系
Western blot和RT-PCR检测5种乳腺癌细胞系(MCF-7、T47D、MDA-MB-231、SKBR3、BT549)中Slug和ERα的表达水平
确定Slug是否直接调控ERα表达
在MCF-7细胞中过表达Slug(2、4、8 μg),在MDA-MB-231细胞中敲低Slug(40 nm siRNA),检测ERα蛋白和mRNA表达水平
验证Slug是否直接结合ESR1启动子并抑制其转录活性
构建三个ESR1启动子荧光素酶报告载体,进行双荧光素酶报告基因实验和ChIP实验,确定Slug结合位点
验证Slug是否通过招募LSD1抑制ERα表达
在MDA-MB-231细胞中进行Co-IP实验验证Slug与LSD1相互作用,检测LSD1敲低对ERα表达、H3K4me2水平及ESR1启动子活性的影响
评估Slug/LSD1复合物对乳腺癌细胞增殖、迁移、侵袭和克隆形成能力的影响
在MDA-MB-231细胞中单独或同时敲低Slug和LSD1,进行伤口愈合实验、Transwell迁移和侵袭实验、细胞增殖实验和克隆形成实验
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | Slug抗体 | Bioss Inc. | bs-1382R |
| ERα抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-543 | |
| Western blot; 免疫荧光; ChIP | Slug抗体 | Cell Signaling Technologies | 9585S |
| 免疫荧光 | ERα抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8005 |
| Western blot; ChIP | LSD1抗体 | Cell Signaling Technologies | 2184S |
| H3K4me2抗体 | Cell Signaling Technologies | 9725S | |
| Western blot | H3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-10809 |
| IP; Western blot | HA抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-805 |
| Western blot | Flag抗体 | Sigma-Aldrich | F3165 |
| β-肌动蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| 山羊抗小鼠IgG-HRP | Santa Cruz Biotechnology | sc-2005 | |
| Western blot; IHC | 山羊抗兔IgG-HRP | Santa Cruz Biotechnology | sc-2301 |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 595山羊抗兔IgG (H+L) | Thermo Fisher Scientific | A11012 |
| Alexa Fluor 488山羊抗小鼠IgG (H+L) | Thermo Fisher Scientific | A11001 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 慢病毒包装 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | -- |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | -- |
| 稳定细胞系筛选 | 嘌呤霉素 | Invitrogen Corp. | -- |
| G418 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen Corp. | -- |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶检测试剂盒 | Promega Corp. | -- |
| pRL-SV40载体 | Promega Corp. | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | Invitrogen Corp. | -- |
| 免疫沉淀 | Protein A+G琼脂糖珠 | -- | -- |
| ChIP | Pierce Protein A/G磁珠 | Invitrogen Corp. | -- |
| 细胞增殖实验 | CCK-8细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 酶标仪ELX800 | Bio-Tek | -- | |
| 克隆形成实验 | 龙胆紫 | -- | -- |
| BX51显微镜 | Olympus | -- | |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | Corning Life Sciences | -- |
| 基质胶 | Corning Life Sciences | -- | |
| 显微观察 | 蔡司Observer A1倒置显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| 免疫荧光 | Millicell EZ SLIDE 8孔玻璃载玻片 | Merck Millipore | -- |
| 细胞裂解 | Western blot和IP细胞裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| PMSF蛋白酶抑制剂 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| ChIP | Milli-Q纯水系统 | Millipore | -- |
| siRNA合成 | 小干扰RNA | Genepharma Biotech | -- |
| siRNA | LSD1小干扰RNA | Santa Cruz Biotechnology | -- |
| 质粒构建 | pGL3-enhancer载体 | Promega Corp. | -- |
| pcDNA3.1-Flag载体 | Promega Corp. | -- | |
| siSlug3质粒 | Addgene | 10905 | |
| pHAGE-CMV-Flag-HA-LSD1质粒 | Addgene | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本相关性分析 | 患者队列规模、ERα阳性/阴性比例、Slug和ERα的IHC评分标准 阅读提示:Materials and methods - Tissue specimens and immunohistochemistry |
| 细胞系表达验证 | 细胞系来源、培养条件、Slug和ERα表达检测方法 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and transfection |
| Slug对ERα表达的调控 | Slug过表达浓度(2、4、8 μg)、siRNA敲低浓度(40 nm)、检测时间点(48 h) 阅读提示:Results - Slug expression negatively correlates with ERα in breast cancer cells |
| 启动子结合与转录调控 | ESR1启动子构建区域、siSlug浓度(20、40、80 nm)、ChIP抗体及结合位点 阅读提示:Materials and methods - Luciferase reporter assay, Co-IP and ChIP |
| Slug/LSD1复合物形成与功能 | Co-IP条件(共转染质粒、抗体)、LSD1敲低对H3K4me2的影响、ChIP-qPCR引物 阅读提示:Materials and methods - Co-IP and ChIP; Figure 4 legend |
| 功能实验 | 细胞密度、饥饿时间、观察时间点、迁移/侵袭时间(48/72 h)、细胞数(2×10^4)、克隆形成时间(2周) 阅读提示:Materials and methods - Cell proliferation assay, Colony formation assay, Wound healing assay, Cell migration and invasion assay |