定量蛋白质组学分析宿主-病毒相互作用揭示高尔基体布雷菲德菌素A抗性因子1（GBF1）在登革热感染中的作用

登革热病毒被认为是全球最重要的蚊媒病毒，给许多热带和亚热带国家带来了巨大的经济和医疗负担。登革热感染诱导宿主内质网膜剧烈重排，形成复杂的膜结构，其中包含复制复合体；宿主蛋白和通路在这一过程中的贡献尚不清楚，但很可能由蛋白质-蛋白质相互作用介导。我们开发了一种方法，通过在病毒感染背景下使用亲和标签和定量蛋白质组学，随后进行稳健的统计分析，来获得高置信度的蛋白质-蛋白质相互作用数据。使用这种方法，我们鉴定了病毒聚合酶NS5和解旋酶/蛋白酶NS3的高置信度相互作用蛋白。定量蛋白质组学使我们能够从数据集中排除大量可能非特异性的相互作用蛋白，并赋予所得数据集高水平的置信度。我们鉴定了53个与NS5可重复相关的宿主蛋白和41个与NS3相关的宿主蛋白，其中13个候选蛋白出现在两个数据集中。鉴定出的宿主因子具有多种功能，包括高尔基体到内质网的逆行运输、长链脂肪酰辅酶A的生物合成以及未折叠蛋白反应。我们从NS5数据集中选择了GBF1（一种负责ARF激活的鸟嘌呤核苷酸交换因子）进行后续研究和功能验证。我们证明GBF1在登革热感染早期起关键作用，且该作用独立于其在维持高尔基体结构中的功能。重要的是，本文描述的方法可以应用于几乎任何生物体/系统，作为更好地理解其分子相互作用的工具。