建立猪模型
建立睾酮缺乏和高脂高胆固醇饮食诱导的肝脂肪变性猪模型,并设置睾酮替代组。
将18只中国五指山小型猪随机分为三组:完整雄性(IM)、去势雄性(CM)、去势后睾酮替代(CMT),均喂食HFC饮食12周。
Transcriptomic analysis of hepatic responses to testosterone deficiency in miniature pigs fed a high-cholesterol diet.
包含动物模型(去势+睾酮替代)、血清生化与组织学检测、RNA-Seq转录组、qRT-PCR、免疫组化和Western blot等多个独立证据层级,并进行了功能验证。
中国五指山小型猪(去势+高脂高胆固醇饮食诱导肝脂肪变性模型) HFC饮食喂养的完整雄性猪(IM)、去势雄性猪(CM)、去势后睾酮替代猪(CMT)
去势手术及睾酮替代(10 mg/kg体重,丙酸睾酮,肌注,每周一次,处理时间12周) 高脂高胆固醇饮食组成(73%正常猪饲料、15%猪油、10%蛋黄粉、1.5%胆固醇、0.5%胆酸钠) 每组动物数(n=6) RNA-Seq文库构建使用每组等量混合RNA样本 DEG筛选阈值(FPKM≥1, 倍数变化≥1.5, FDR<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立睾酮缺乏和高脂高胆固醇饮食诱导的肝脂肪变性猪模型,并设置睾酮替代组。
将18只中国五指山小型猪随机分为三组:完整雄性(IM)、去势雄性(CM)、去势后睾酮替代(CMT),均喂食HFC饮食12周。
评估睾酮缺乏对肝功能、血脂、氧化应激指标及肝脏组织病理变化的影响。
检测血清睾酮、ALT、AST、血脂(TC、LDL-C、HDL-C、TG)、SOD、MDA等;肝组织H&E染色和油红O染色评估脂肪变性和炎症;测定肝脏TG和TC含量。
全面分析睾酮缺乏对肝脏基因表达的影响,识别差异表达基因及相关通路。
提取各组肝脏总RNA,构建cDNA文库,利用Illumina HiSeq 2000测序,通过DEGSeq筛选DEGs,进行GO和KEGG通路富集分析。
验证RNA-Seq结果中关键差异表达基因的mRNA和蛋白表达水平。
对免疫炎症相关基因(IRF7、CXCL9等)和脂肪酸氧化相关基因(CPT1A、PPARD等)进行qRT-PCR验证,并用Western blot检测CPT1A和PPARD蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 玉米油 | -- | -- |
| 血清生化检测 | 放射免疫分析试剂盒 | Beijing North Institute of Biological Technology | -- |
| 全自动生化分析仪 | Hitachi 7020 | -- | |
| 游离脂肪酸试剂盒 | Nanjing Jiancheng Biotech, Inc. | -- | |
| 超氧化物歧化酶试剂盒 | Nanjing Jiancheng Biotech, Inc. | -- | |
| 谷胱甘肽过氧化物酶试剂盒 | Nanjing Jiancheng Biotech, Inc. | -- | |
| 丙二醛试剂盒 | Nanjing Jiancheng Biotech, Inc. | -- | |
| 肝脏脂质测定 | 甘油三酯试剂盒 | Rongsheng Biotech, Inc. | -- |
| 总胆固醇试剂盒 | Rongsheng Biotech, Inc. | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce | -- | |
| 组织学 | 切片机 | Leica | -- |
| OCT包埋剂 | Sakura Finetek | -- | |
| 冷冻切片机 | Leica | -- | |
| 油红O | Sigma-Aldrich | -- | |
| 光学显微镜 | Nikon Eclipse 80i | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNeasy小型试剂盒 | Qiagen | -- | |
| RNA质检 | 2100生物分析仪 | Agilent Technologies, Inc. | -- |
| RNA测序 | TruSeq RNA样本制备试剂盒 | Illumina | -- |
| Illumina HiSeq 2000测序仪 | Illumina | -- | |
| qRT-PCR | MMLV逆转录试剂盒 | Promega | -- |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems, Inc. | -- | |
| SYBR Premix Ex Taq | TaKaRa | -- | |
| 免疫组化 | 抗CCL2抗体 | Abcam | ab7814 |
| 抗CXCL9抗体 | Bioss | bs-2551R | |
| 抗IRF7抗体 | Bioss | bs-2994R | |
| DAB显色试剂盒 | Vector Laboratories | -- | |
| 荧光显微镜 | Nikon | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore Corp. | -- |
| 抗CPT1A抗体 | Sigma-Aldrich | SAB2100476 | |
| 抗PPARD抗体 | Sigma-Aldrich | AV32878 | |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-16654 | |
| Odyssey红外标记二抗 | LI-COR Biosciences | -- | |
| Odyssey红外成像系统 | LI-COR Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 猪的品种、年龄、数量、去势方法、睾酮替代剂量和途径、饮食组成和喂养时间 阅读提示:Methods - Experimental animals;图1、图2图注 |
| 血清生化检测 | 采血时间点、离心条件、检测试剂盒和仪器 阅读提示:Methods - Serum measurements;表1 |
| 肝脏脂质和组织学 | 肝脏样本处理、染色方法、切片厚度、图像采集系统 阅读提示:Methods - Liver histology;图3图注 |
| RNA-Seq | RNA提取、质量指标、混合策略、文库构建试剂盒、测序平台、参考基因组版本、DEG筛选阈值 阅读提示:Methods - cDNA library preparation and Illumina sequencing, Analysis of DEGs;表2 |
| qRT-PCR验证 | 引物序列、内参基因、反应条件、数据分析方法 阅读提示:Methods - qRT-PCR analyses;Additional file 14 |