研究设计与样本收集
收集健康对照、早期和晚期鼻咽癌患者的血清样本,以进行生物标志物发现和验证。
从中山大学肿瘤防治中心纳入150例NPC患者和39例健康对照,采集血液样本分离血清,并按AJCC第8版分期分为早期(I-II期)和晚期(III-IV期)。
A novel serum protein biomarker for the late-stage diagnosis of nasopharyngeal carcinoma.
研究包含发现阶段(蛋白质组学)和验证阶段(ELISA),并有功能验证(诊断效能评估),但未进行机制验证或动物实验。
健康对照血清样本 早期鼻咽癌患者血清样本 晚期鼻咽癌患者血清样本
样本分组:HC、ENPC、LNPC,共189例(150例NPC患者,39例健康对照) FN1 ELISA检测:使用FineTest试剂盒(Cat No.EH0134) FN1诊断阈值:区分HC和LNPC时>147,695 ng/ml;区分ENPC和LNPC时>216,689 ng/ml 诊断性能:区分LNPC与HC时AUC=0.71;区分LNPC与ENPC时AUC=0.72 联合诊断:FN1与VCA-IgA或EBV DNA联合可提高晚期NPC诊断敏感性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集健康对照、早期和晚期鼻咽癌患者的血清样本,以进行生物标志物发现和验证。
从中山大学肿瘤防治中心纳入150例NPC患者和39例健康对照,采集血液样本分离血清,并按AJCC第8版分期分为早期(I-II期)和晚期(III-IV期)。
通过无标记定量蛋白质组学筛选在晚期NPC中差异表达的血清蛋白。
对15例样本(HC、ENPC、LNPC各5例)进行血清蛋白质组学分析,去除高丰度蛋白,酶解后进行LC-MS/MS检测,使用Proteome Discoverer进行数据库搜索,定量1364种蛋白质。
识别在早期与晚期NPC之间表达显著变化的蛋白。
对差异蛋白进行聚类分析,选择cluster 2和cluster 3中表达差异显著的蛋白,结合亚细胞定位和差异倍数标准,筛选出13个候选蛋白。
验证候选蛋白在晚期NPC患者和健康对照中的表达差异。
使用商业ELISA试剂盒检测34例HC和34例LNPC患者血清中候选蛋白水平,发现FN1在LNPC中显著降低。
评估FN1单独及联合现有标志物(VCA-IgA、EBV DNA)对晚期NPC的诊断价值。
在34例HC和34例LNPC样本中,根据ROC曲线确定FN1最佳截断值,计算AUC、敏感性、特异性;进一步在31例ENPC和75例LNPC样本中验证FN1的诊断效能,并在VCA-IgA或EBV DNA阴性的患者中分析FN1的补充诊断能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本处理 | Pierce™ Top 14高丰度蛋白去除离心柱试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| BCA试剂盒 | -- | -- | |
| 蛋白质组学 | EASY-nLC 1200超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ELISA验证 | PGR4 ELISA试剂盒 | FineTest | EH1094 |
| PCYOX1 ELISA试剂盒 | FineTest | EH10957 | |
| IGFBP3 ELISA试剂盒 | FineTest | EH0169 | |
| APOM ELISA试剂盒 | FineTest | EH2134 | |
| CSF1R ELISA试剂盒 | FineTest | EH3341 | |
| FN1 ELISA试剂盒 | FineTest | EH0134 | |
| ZG16 ELISA试剂盒 | FineTest | EH2154 | |
| FETUB ELISA试剂盒 | FineTest | EH3055 | |
| MANF ELISA试剂盒 | FineTest | EH3322 | |
| LY6D ELISA试剂盒 | FineTest | EH9883 | |
| F9 ELISA试剂盒 | FineTest | EH3031 | |
| SVEP1 ELISA试剂盒 | ABclonal Technology | RK12086 | |
| ADAMTSL1 ELISA试剂盒 | Signalway Antibody | EK7713 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与处理 | 血液样本离心条件(1500×g,室温10分钟);血清保存温度(-80°C);去除高丰度蛋白试剂盒;BCA定量方法 阅读提示:Methods: Patients and HCs, Sample preparation |
| 蛋白质组学分析 | LC-MS/MS仪器型号和参数;色谱梯度;质谱扫描参数;数据库搜索参数(FDR<1%) 阅读提示:Methods: LC-MS/MS analysis, Database search |
| ELISA验证 | ELISA试剂盒品牌和货号;样本稀释倍数(文中未明确说明);标准曲线计算方法 阅读提示:Methods: ELISA |
| 诊断效能评估 | 样本分组和样本量;FN1截断值;统计检验方法(Student's t test, Welch's t test);ROC分析 阅读提示:Results: Diagnostic potential of FN1 in LNPC, FN1 complemented VCA-IgA and EBV DNA in late-stage diagnosis |