筛选铁死亡相关差异基因
识别与糖尿病肾病相关的铁死亡相关关键基因
对DN患者和正常对照肾组织进行RNA-seq,并与FerrDb数据库中的铁死亡基因取交集,发现ACSF2在DN中上调。
ACSF2-PGK1 interaction promotes ferroptosis in renal tubular epithelial cells of diabetic nephropathy by regulating Keap1/Nrf2 signaling.
包含体外细胞模型、体内动物模型、患者样本分析,以及功能验证(siRNA沉默)和机制验证(Co-IP、LC-MS/MS、磷酸化及泛素化检测)。
db/db小鼠 高糖诱导的HK-2细胞 DN患者肾组织样本
ACSF2在DN患者和db/db小鼠肾小管中的表达 ACSF2沉默对高糖诱导的HK-2细胞铁死亡的影响 ACSF2与PGK1的相互作用及PGK1 S203磷酸化 PGK1对ACSF2蛋白稳定性的调节(泛素化)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与糖尿病肾病相关的铁死亡相关关键基因
对DN患者和正常对照肾组织进行RNA-seq,并与FerrDb数据库中的铁死亡基因取交集,发现ACSF2在DN中上调。
验证ACSF2在DN中表达上调,并评估其与肾小管损伤和铁死亡的相关性
通过免疫组化、免疫荧光和Western blot检测DN患者和db/db小鼠肾组织中ACSF2表达,并进行相关性分析。
探究ACSF2在体内对铁死亡和肾小管损伤的作用
使用AAV9-shACSF2在db/db小鼠肾小管中敲低ACSF2,检测尿白蛋白、肾小管损伤标志物、氧化应激和铁死亡指标。
探究ACSF2在体外对铁死亡的作用
在高糖刺激的HK-2细胞中敲低ACSF2,检测细胞损伤、氧化应激和铁死亡指标。
阐明ACSF2调控铁死亡的分子机制
通过Co-IP、LC-MS/MS、分子对接、Western blot等分析ACSF2与PGK1的相互作用,及对PGK1磷酸化和Keap1/Nrf2信号的影响。
探究PGK1如何调节ACSF2表达
通过过表达或敲低PGK1,检测ACSF2蛋白水平、半衰期和泛素化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Western blot | 抗ACSF2抗体 (16140-1-AP) | Proteintech | 16140-1-AP |
| 抗APQ1抗体 (sc-25287) | Santa Cruz Biotechnology | sc-25287 | |
| 抗CD28K抗体 (14479-1-AP) | Proteintech | 14479-1-AP | |
| 抗APQ3抗体 (sc-518001) | Santa Cruz Biotechnology | sc-518001 | |
| 抗CD31抗体 (11265-1-AP) | Proteintech | 11265-1-AP | |
| 抗synaptopodin抗体 (sc-515842) | Santa Cruz Biotechnology | sc-515842 | |
| 抗PDGFR-β抗体 (sc-374573) | Santa Cruz Biotechnology | sc-374573 | |
| 抗NGAL抗体 (ab125075) | Abcam | ab125075 | |
| 抗KIM-1抗体 (ab78494) | Abcam | ab78494 | |
| 抗GPX4抗体 (ab125066) | Abcam | ab125066 | |
| 抗4-HNE抗体 (ab48506) | Abcam | ab48506 | |
| 抗PGK1抗体 (17811-1-AP) | Proteintech | 17811-1-AP | |
| 抗泛素抗体 (20326) | Cell Signaling Technology | 20326 | |
| 抗PGK1 pS203抗体 (SAB487P) | Signalway Antibody | SAB487P | |
| 抗Keap1抗体 (ab139729) | Abcam | ab139729 | |
| 抗Nrf2抗体 (16396-1-AP) | Proteintech | 16396-1-AP | |
| 抗HO-1抗体 (10701-1-AP) | Proteintech | 10701-1-AP | |
| 组织染色 | PAS染色试剂盒 | Solarbio | G1281 |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Abcam | ab207620 |
| 铁含量检测 | 铁含量检测试剂盒 | LeaGene | -- |
| 氧化应激检测 | GSH检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| MDA检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- | |
| SOD检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- | |
| LPO检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Hyclone | SH30023.FS |
| 胎牛血清 | Gibco | 10100147C | |
| 细胞转染 | 脂质体转染试剂2000 | Invitrogen | -- |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1检测试剂盒 | Beyotime | C2006 |
| 活性氧检测 | 二氢乙啶 | Beyotime | S0063 |
| 二氯二氢荧光素二乙酸酯 | Beyotime | S0033M | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | -- | -- |
| 免疫组化 | DAB显色试剂盒 | Beyotime | P0202 |
| 免疫荧光 | DAPI | Beyotime | P0131 |
| Western blot | ECL化学发光检测系统 | Yeasen | 36222ES76 |
| 显微成像 | 荧光显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| 影像分析 | Amersham Imager 600成像系统 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内敲低ACSF2 | ACSF2敲低效率,使用AAV9-shACSF2,注射剂量和滴度,db/db小鼠周龄 阅读提示:参见Methods中Animals部分 |
| 体外高糖诱导 | 高糖浓度(30 mM),处理时间,细胞系(HK-2)来源 阅读提示:参见Methods中Cell culture部分和Results中Figure 4 |
| 铁死亡评估 | GPX4、4-HNE、MDA、LPO、SOD、铁含量、GSH水平的检测方法 阅读提示:参见Methods中Measurement of ...部分和Results中Figure 3和4 |
| 机制研究 | LC-MS/MS结果,Co-IP抗体,PGK1 S203磷酸化检测,泛素化检测 阅读提示:参见Methods中Co-IP and mass spectrometry部分和Results中Figure 5和6 |