中性粒细胞分离与纯度验证
获得高纯度的人循环中性粒细胞以进行后续蛋白质组学分析。
使用密度梯度离心从健康供体血液中分离中性粒细胞,通过流式细胞术验证CD45+CD66b+细胞纯度>95%,并通过核形态评估成熟度。
Proteomic Portrait of Degranulation Program in Human Circulating Neutrophils Upon Multi-Inflammatory and Infectious Activation.
研究包含体外细胞模型、多重刺激时间过程蛋白质组学、整合细胞与分泌蛋白质组分析,以及通过抑制剂和流式细胞术的机制验证。
人循环中性粒细胞(体外分离) LPS、PMA、Poly(I:C)、TNF-α刺激模型
中性粒细胞分离纯度(CD45+CD66b+ >95%) 刺激条件:LPS(100 ng/ml)、PMA(10 ng/ml)、Poly(I:C)(50 μg/ml)、TNF-α(20 ng/ml) 时间点:0, 15, 30 min, 1, 2, 4 h(细胞); 0, 5, 15, 30 min, 1, 2 h(分泌组) 生物学重复:细胞蛋白质组3个重复,分泌组1个重复 GM6001(2 μM)抑制MMP/ADAM介导的脱落
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得高纯度的人循环中性粒细胞以进行后续蛋白质组学分析。
使用密度梯度离心从健康供体血液中分离中性粒细胞,通过流式细胞术验证CD45+CD66b+细胞纯度>95%,并通过核形态评估成熟度。
模拟多种炎症状态,观察中性粒细胞在不同时间点的蛋白质组变化。
用LPS、PMA、Poly(I:C)、TNF-α刺激中性粒细胞,在多个时间点收集细胞样品。
表征不同刺激条件下中性粒细胞蛋白质组的变化。
制备细胞裂解液,进行LC-MS/MS分析,通过DIA-NN进行蛋白质鉴定和定量。
鉴定炎症刺激下中性粒细胞释放的蛋白质。
在无血清培养基中刺激中性粒细胞,收集条件培养基,进行LC-MS/MS分析。
整合细胞和分泌蛋白质组数据,描绘脱颗粒模式。
计算每个蛋白质的细胞相对百分比和分泌FC值,拟合曲线,鉴定释放蛋白。
验证颗粒膜蛋白是否通过MMP/ADAM介导的蛋白水解脱落释放。
使用广谱抑制剂GM6001处理细胞,比较膜蛋白在培养基中的水平变化。
验证蛋白质释放和脱落现象。
通过流式细胞术检测细胞表面蛋白水平,通过免疫荧光染色验证蛋白共定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 中性粒细胞分离 | Polymorphprep | Serumwerk Bernburg | -- |
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc | -- |
| 细胞刺激 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | -- |
| 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | InvivoGen | -- | |
| 聚肌胞苷酸 | InvivoGen | -- | |
| 肿瘤坏死因子α | Beyotime | -- | |
| 细胞裂解 | HEPES缓冲液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific, Inc | -- |
| 蛋白消化 | 胰蛋白酶 | Enzyme & Spectrum | -- |
| 三(2-羧乙基)膦 | Sangon Biotech | -- | |
| 蛋白纯化 | Sep-Pak固相萃取柱 | Thermo Fisher | -- |
| 分泌蛋白质组学 | 蛋白A | GenScript | -- |
| LC-MS/MS | Ultimate 3000高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Thermo Orbitrap Fusion质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| C-18 ReproSil色谱填料 | Dr Maisch GmbH | -- | |
| 甲酸 | CNW | -- | |
| 流式细胞术 | 抗CD45-FITC抗体 | BioLegend | #304006 |
| 抗CD66b-APC抗体 | BioLegend | #305118 | |
| 抗CD16-PE抗体 | BioLegend | #360703 | |
| 抗CD11b-PerCP/Cy5.5抗体 | BioLegend | #301327 | |
| 抗OLR1-PE抗体 | BioLegend | #358603 | |
| LSR Fortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Sangon Biotech | -- |
| 牛血清白蛋白 | Share Bio | -- | |
| 小鼠抗LTF抗体 | Signalway antibody | #44072 | |
| 小鼠抗MMP9抗体 | Signalway antibody | #49188 | |
| 兔抗QSOX1抗体 | Proteintech | #12713-1-AP | |
| 兔抗TIMP-2抗体 | Beyotime | #AF8166 | |
| Alexa 488标记的山羊抗兔IgG | Beyotime | #A0428 | |
| Alexa 647标记的山羊抗小鼠IgG | Beyotime | #A0468 | |
| DAPI核染色液 | Sangon Biotech | -- | |
| 共聚焦激光显微镜 | Nikon | A1Si | |
| 脱落抑制实验 | GM6001 | Bide Pharm | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 中性粒细胞分离 | 血液处理时间(<1 h)、Polymorphprep离心条件、洗涤液成分、红细胞裂解时间 阅读提示:Experimental Procedures, Neutrophil Isolation |
| 时间过程刺激 | 细胞密度(1×10^6 cells/ml)、刺激物种类和浓度、时间点(0-4 h)、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Experimental Procedures, Cell Culture and Time-Course Stimulation |
| 分泌组分析 | 无血清培养基使用、细胞密度、刺激物浓度、时间点(0-2 h)、收集和离心步骤、外标蛋白A添加量 阅读提示:Experimental Procedures, Conditioned Media Sample Preparation |
| 质谱分析 | 色谱梯度、MS参数(分辨率、扫描范围)、DIA窗口设置、进样量(细胞1 μg,分泌组1/3体积) 阅读提示:Experimental Procedures, MS Data Acquisition |
| MMP/ADAM抑制实验 | GM6001浓度(2 μM)、预处理时间(30 min)、刺激时间和条件、统计阈值(p<0.05, |log2 FC|>0.6) 阅读提示:Experimental Procedures, Metalloproteinases/ADAM-Mediated Shedding Identification |