转录组筛选与ER-phagy鉴定
鉴定apelin-13诱导的自噬类型和关键受体蛋白
对apelin-13处理的HUVECs进行RNA-seq分析,检测自噬相关基因和ER-phagy受体蛋白转录水平;使用TEM观察ER-phagy形态。
SEC62-dependent ER-phagy contributes to apelin-13/APJ-induced monocyte-vascular endothelial cell adhesion in atherosclerosis pathogenesis.
包含体外细胞实验(HUVECs、THP-1)、转录组分析、蛋白表达检测、内质网自噬形态观察、体内小鼠模型(APOE−/−小鼠)及人动脉粥样硬化样本免疫组化,涵盖功能验证与机制验证。
人脐静脉内皮细胞(HUVECs) THP-1单核细胞系 APOE−/−小鼠动脉粥样硬化模型 人动脉粥样硬化动脉样本
Apelin-13处理浓度(0.001–1 μM)和时间(24 h) SEC62敲低(siRNA-SEC62)或内皮特异性敲除(CRISPR-Cas9) 自噬抑制剂3MA(10 mM)和内质网应激抑制剂salubrinal(10 μM)处理 ALDH1L1 812位赖氨酸突变(ALDH1L1Mut812K) 小鼠分组及给药方案:Apelin-13(5 mg·kg−1·d−1)和F13A(5 mg·kg−1·d−1)腹腔注射,持续12周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定apelin-13诱导的自噬类型和关键受体蛋白
对apelin-13处理的HUVECs进行RNA-seq分析,检测自噬相关基因和ER-phagy受体蛋白转录水平;使用TEM观察ER-phagy形态。
验证apelin-13对SEC62表达和ER-phagy的诱导作用及其依赖性
Western blot检测SEC62、LC3 II/I、Bip、Beclin1表达;免疫荧光检测SEC62与LC3共定位;使用APJ抑制剂F13A、自噬抑制剂3MA、ER应激抑制剂salubrinal处理。
评估SEC62在人类动脉粥样硬化中的表达水平
对正常和动脉粥样硬化患者动脉样本进行免疫组化检测SEC62。
验证SEC62在apelin-13诱导的单核细胞-内皮细胞黏附中的作用
HUVECs转染siRNA-SEC62,检测ICAM1、VCAM1表达和THP-1细胞黏附。
验证内皮细胞SEC62在动脉粥样硬化发展中的作用
APOE−/−小鼠高脂饮食,分为对照组、apelin-13组和apelin-13+F13A组;建立内皮特异性SEC62敲除小鼠,检测斑块面积、胶原沉积、巨噬细胞和黏附分子表达。
探讨ALDH1L1是否参与SEC62依赖性ER-phagy及其修饰方式
检测apelin-13对ALDH1L1表达和定位的影响;敲低ALDH1L1或突变812赖氨酸位点,检测SEC62、LC3等表达和ER-phagy形态。
阐明UBL4A和ASNA1在ALDH1L1修饰和ER-phagy中的作用
检测apelin-13对UBL4A和ASNA1表达的影响;敲低UBL4A或ASNA1,检测ALDH1L1、SEC62、LC3等表达和ER-phagy形态。
验证ALDH1L1泛素样修饰及UBL4A/ASNA1在黏附中的功能
检测ALDH1L1敲低或突变、UBL4A或ASNA1敲低对ICAM1、VCAM1表达和THP-1黏附的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | BasalMedia | -- |
| RPMI-1640培养基 | BasalMedia | -- | |
| 胎牛血清 | HAKATA | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | BasalMedia | -- | |
| 药物处理 | Apelin-13 | QYAOBIO | -- |
| F13A | QYAOBIO | -- | |
| 内质网应激抑制 | Salubrinal | -- | -- |
| 自噬抑制 | 3-甲基腺嘌呤 | -- | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Solarbio | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Vazyme | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| SEC62抗体 | Signalway | 57144-2 | |
| LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 2775S | |
| BIP抗体 | Abcam | ab21685 | |
| CHOP抗体 | Cell Signaling Technology | 5554 | |
| Beclin1抗体 | Proteintech | 11306-1-AP | |
| ICAM1抗体 | Proteintech | 10831-1-AP | |
| VCAM1抗体 | Proteintech | 11444-1-AP | |
| ALDH1L1抗体 | Proteintech | 17390-1-AP | |
| UBL4A抗体 | Proteintech | 14253-1-AP | |
| ASNA1抗体 | Proteintech | 15450-1-AP | |
| ECL Plus试剂盒 | -- | -- | |
| Tanon Imager 6200成像仪 | Tanon | -- | |
| 细胞黏附实验 | 钙黄绿素-乙酰氧基甲酯 | Invitrogen | C3099 |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| 免疫组化 | 柠檬酸盐缓冲液 | -- | -- |
| 牛血清白蛋白 | ZSGB-BIO | -- | |
| 二抗 | ZSGB-BIO | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo | -- |
| 慢病毒包装 | LV5-EF1α-GFP+PURO慢病毒载体 | GenePharma | T66120-2 |
| 动物实验 | CRISPR-Cas9腺病毒 | Vector Builder | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HUVECs和THP-1细胞系来源、培养基成分(DMEM/RPMI-1640, 10% FBS, 1%双抗)、培养环境(5% CO2, 37°C) 阅读提示:Materials and Methods, Cell culture |
| 药物处理 | Apelin-13浓度(0.001–1 μM)和处理时间(24 h);F13A处理浓度 阅读提示:Figure 1 legend, Figure 2 legend, Materials and Methods |
| 抑制实验 | 自噬抑制剂3MA浓度(10 mM)和处理时间;内质网应激抑制剂salubrinal浓度(10 μM)和处理时间 阅读提示:Figure 1 legend, Materials and Methods |
| 基因敲低 | siRNA序列(SEC62, ALDH1L1, UBL4A, ASNA1)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、转染时间(24–48 h) 阅读提示:Materials and Methods, Cell transfection of small interfering RNA (siRNA), Table 1 |
| 动物模型 | 小鼠品系(APOE−/−, C57BL/6, 8周龄, 雄性)、高脂饮食成分和持续时间(12周)、给药方案(apelin-13和F13A剂量5 mg·kg−1·d−1腹腔注射)、样本量(n=6/组) 阅读提示:Materials and Methods, Animals |
| 内皮特异性SEC62敲除 | CRISPR-Cas9腺病毒载体、注射剂量(3×10^11颗粒)、注射方式(尾静脉) 阅读提示:Materials and Methods, CRISPR-mediated sec62-vascular endothelial cells specifically KO model |
| 蛋白检测 | 抗体信息(SEC62, LC3, BIP, CHOP, Beclin1, ICAM1, VCAM1, ALDH1L1, UBL4A, ASNA1)、蛋白上样量(40 µg)、SDS-PAGE浓度(10%–12%) 阅读提示:Materials and Methods, Western blot analysis |