评估AD中脂滴积累与PKM2/SREBP1表达的相关性
验证AD脑中脂滴积累与PKM2和SREBP1表达上调是否在微胶质细胞中相关。
分析公开蛋白质组数据和RNA-seq数据,对人脑组织进行PKM2/SREBP1与Iba-1共染,对3xTg小鼠脑进行BODIPY、Plin2与Iba-1共染及Western blot检测PKM2和SREBP1表达。
The TRPV1-PKM2-SREBP1 axis maintains microglial lipid homeostasis in Alzheimer's disease.
研究包含体外细胞实验(BV2细胞、siRNA、药物处理)、体内动物实验(3xTg小鼠模型、行为学、组织学)、患者样本(人脑组织免疫荧光)及组学分析(RNA-seq、蛋白质组),并进行功能验证和机制验证。
3xTg小鼠 BV2小胶质细胞系
3xTg小鼠(8月龄,雌雄各半,与WT C57BL/6对照) 辣椒素给药剂量(1 mg/kg,腹腔注射,每日一次,持续1个月) BV2细胞Aβ1-42刺激浓度(2 μM)及处理时间(24小时) 辣椒素预处理浓度(10 μM)及预处理时间(0.5小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证AD脑中脂滴积累与PKM2和SREBP1表达上调是否在微胶质细胞中相关。
分析公开蛋白质组数据和RNA-seq数据,对人脑组织进行PKM2/SREBP1与Iba-1共染,对3xTg小鼠脑进行BODIPY、Plin2与Iba-1共染及Western blot检测PKM2和SREBP1表达。
明确3xTg小鼠小胶质细胞在脂质代谢、免疫和突触功能方面的转录组改变。
对8月龄WT和3xTg小鼠分离的小胶质细胞进行RNA-seq,并进行GSEA、GO、KEGG分析。
在BV2细胞中探究TRPV1激活或PKM2抑制对Aβ1-42诱导的脂滴积累和吞噬功能障碍的影响。
用Aβ1-42刺激BV2细胞,并用辣椒素、shikonin、siRNA PKM2处理,检测PKM2构象、SREBP1激活、脂滴积累、SREBP1靶基因表达及细胞吞噬Aβ能力。
探究TRPV1激活是否减轻Aβ1-42引起的线粒体损伤和自噬/线粒体自噬障碍。
使用JC-1、MitoSOX、MitoTracker Red/Picogreen检测线粒体膜电位、ROS和mtDNA泄漏;使用mRFP-GFP-LC3和mt-Keima评估自噬流和线粒体自噬;免疫染色检测PARKIN、CD68和TOMM20共定位。
测试辣椒素处理是否改善3xTg小鼠的行为缺陷和tau病理。
对7月龄3xTg小鼠腹腔注射辣椒素(1 mg/kg)1个月,进行Morris水迷宫、牵引、Y迷宫测试,并进行AT8和4G8免疫荧光染色。
验证辣椒素处理是否减少3xTg小鼠脑内脂滴积累并抑制PKM2/SREBP1轴。
对WT、3xTg和3xTg+CAP小鼠脑进行BODIPY和Plin2共染、Western blot检测nSREBP1和PKM2构象、免疫荧光检测PKM2/SREBP1与Iba-1共定位,并进行相关性分析。
评估TRPV1激活对小胶质细胞形态和转录组异常的影响。
使用Imaris软件分析小胶质细胞三维形态,对3xTg和3xTg+CAP小鼠分离的小胶质细胞进行RNA-seq分析差异表达基因和通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | BasalMedia | L110KJ |
| 胎牛血清 | Lonsera | S711-001S | |
| L-谷氨酰胺 | Beyotime | C0212 | |
| 青霉素和链霉素 | Beyotime | C0222 | |
| 多聚赖氨酸 | -- | -- | |
| 药物处理 | 辣椒素 | TargetMol | T1062 |
| NADA | TargetMol | T62530 | |
| MSP-3 | TargetMol | T28118 | |
| 紫草素 | TargetMol | T1125 | |
| GW3965 | TargetMol | T6310L | |
| 细胞处理 | β-淀粉样蛋白1-42 | Genicbio | A-42-T-1 |
| 细胞转染 | Lipo8000™转染试剂 | Beyotime | C0533-1.5ml |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Beyotime | R0016 |
| 逆转录 | PrimeScript™ II 第一链cDNA合成试剂盒 | TAKARA | 6210A |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | ST505 | |
| 核蛋白提取 | 核蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0027 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 免疫沉淀 | NP-40 | Beyotime | P0013F |
| 增强型BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010S | |
| 蛋白A/G PLUS-琼脂糖凝胶 | Santa Cruz | sc-2003 | |
| 免疫球蛋白G | Beyotime | A7028 | |
| 2×上样缓冲液 | Beyotime | P0015B | |
| 交联反应 | 双琥珀酰亚胺辛二酸酯 | Sango Biotech | C100015 |
| 线粒体功能检测 | JC-1 | Beyotime | C2005 |
| 线粒体ROS检测 | 线粒体超氧化物检测试剂盒 | Beyotime | S0061S |
| 脂质过氧化检测 | 脂质过氧化检测试剂盒 | Beyotime | S0043S |
| 线粒体DNA检测 | MitoTracker Red | Yeasen Biotechnology | 40741ES50 |
| Picogreen | Yeasen Biotechnology | 12641ES01 | |
| 免疫荧光 | BODIPY 493/503 | Invitrogen | D3922 |
| DAPI | Beyotime | C1002 | |
| 山羊抗小鼠Alexa Fluor 488 | Invitrogen | A32723 | |
| 山羊抗兔Alexa Fluor 555 | Invitrogen | A32732 | |
| 山羊抗兔Alexa Fluor 647 | Invitrogen | A32733 | |
| 山羊抗小鼠Alexa Fluor 647 | Invitrogen | A32728 | |
| 山羊抗大鼠Alexa Fluor 647 | Abcam | 150159 | |
| 抗体 | IBA抗体 (ab178846) | Abcam | ab178846 |
| IBA抗体 (ab283346) | Abcam | ab283346 | |
| IBA抗体 (GB12105) | Servicebio | GB12105 | |
| CD68抗体 (ab53444) | Abcam | ab53444 | |
| Plin2抗体 (ab108323) | Abcam | ab108323 | |
| PKM2抗体 (D78A4) | Cell Signaling Technology | D78A4 | |
| PKM2抗体 (GB11392) | Servicebio | GB11392 | |
| PKM2抗体 (sc-365684) | Santa Cruz | sc-365684 | |
| GFAP抗体 (BD12096) | Servicebio | BD12096 | |
| AT8抗体 (GB113883) | Servicebio | GB113883 | |
| NeuN抗体 (ab279296) | Abcam | ab279296 | |
| NeuN抗体 (AF1072) | Beyotime | AF1072 | |
| 4G8抗体 (800701) | BioLegend | 800701 | |
| SREBP1抗体 (AF8055) | Beyotime | AF8055 | |
| SREBP1抗体 (sc-365513) | Santa Cruz | sc-365513 | |
| PARKIN抗体 (AF7680) | Beyotime | AF7680 | |
| TOMM20抗体 (AF1717) | Beyotime | AF1717 | |
| p-PKM2抗体 (11456) | Signalway Antibody | 11456 | |
| H4K12la抗体 (PTM-1411RM) | PTM-Bio | PTM-1411RM | |
| β-actin抗体 (AA128) | Beyotime | AA128 | |
| H4抗体 (AF7107) | Beyotime | AF7107 | |
| 载体构建 | 携带COX8-mt-mkeima的腺病毒 | Obio Technology | -- |
| 质粒转染 | mRFP-GFP标记LC3质粒 | Addgene | -- |
| 设备 | Leica TCS SP8共聚焦激光扫描系统 | Leica | -- |
| Nikon显微镜 | Nikon | -- | |
| Light Cycler 480 II 实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| Cellomics KineticScan读取器 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞模型处理 | BV2细胞培养条件(DMEM+10%FBS)、Aβ1-42刺激浓度(2 μM)和处理时间(24小时)、辣椒素预处理浓度(10 μM)、shikonin浓度(1 μM)、siRNA PKM2转染效率 阅读提示:见Methods中'BV2 cell culture'、'Transfection of BV2 cells with siRNA'及图3图注 |
| 动物模型与给药 | 3xTg小鼠品系(JAX no. 003378)、月龄(7个月开始给药)、性别比例(大致相等)、辣椒素剂量(1 mg/kg)和给药方式(腹腔注射、每日一次、持续1个月) 阅读提示:见Methods中'Mice'和'Capsaicin Treatment' |
| 行为学测试 | Morris水迷宫测试参数(平台直径10 cm、训练次数每天4次、持续5天、探针试验移除平台)、牵引试验评分标准、Y迷宫测试时间(5分钟) 阅读提示:见Methods中'Morris water maze'、'Traction test'、'Y-Maze test' |
| 分子检测 | Western blot检测PKM2构象(单体、二聚体、四聚体)和nSREBP1的抗体、免疫沉淀使用PKM2抗体、BODIPY染色浓度(1 μg/mL) 阅读提示:见Methods中'Western blotting'、'Immunoprecipitation'和'BODIPY in vitro staining' |