RPT6的磷酸化控制其在雄性大鼠海马记忆形成过程中结合DNA并调节基因表达的能力

Phosphorylation of RPT6 Controls Its Ability to Bind DNA and Regulate Gene Expression in the Hippocampus of Male Rats during Memory Formation.

作者信息Kayla Farrell, Aubrey Auerbach, Madeline Musaus, Shaghayegh Navabpour, Catherine Liu, Yu Lin, Hehuang Xie, Timothy J Jarome
PMID38124005
发布时间2024-01
DOI10.1523/JNEUROSCI.1453-23.2023

实验完整度

包含体外细胞验证、体内行为学实验、RNA-seq、ChIP、蛋白免疫沉淀及蛋白酶体活性检测等多层级验证,明确功能验证和机制验证。

主要模型

雄性Sprague Dawley大鼠背侧海马CA1区 大鼠B35神经母细胞瘤细胞

重点核对

Psmc5 siRNA敲低效率 CRISPR-dCas13介导的S120编辑效率 dCas9-RPT6-FLAG质粒表达和定位 恐惧条件化训练参数(电流强度、时间、间隔)

摘要

记忆形成需要基因表达、蛋白质合成和泛素-蛋白酶体系统(UPS)介导的蛋白质降解的协同控制。UPS的催化组分26S蛋白酶体包含一个20S催化核心和两个19S调节帽,19S帽调节亚基RPT6在丝氨酸120位点的磷酸化(pRPT6-S120)已被广泛认为在控制活性依赖性蛋白酶体活性增加中发挥作用。最近,RPT6也被证明在蛋白酶体之外发挥作用,在海马记忆形成过程中具有类似转录因子的功能。然而,关于“游离”RPT6在大脑中或记忆形成过程中的非蛋白酶体功能,以及S120磷酸化是否为这一转录控制功能所必需,目前知之甚少。在这里,我们使用RNA测序以及新的遗传方法和生化、分子及行为学实验来检验pRPT6-S120独立于蛋白酶体结合DNA并在记忆形成过程中调节基因表达的假设。在雄性大鼠背侧海马中,siRNA介导的游离RPT6敲低后的RNA测序揭示了恐惧条件化后的46个基因靶标,其中RPT6参与转录激活和抑制。通过CRISPR-dCas9介导的RPT6在靶基因的人工定位,我们发现RPT6单独结合DNA可能对学习后的基因表达改变很重要。此外,通过CRISPR-dCas13将RPT6上的S120转化为甘氨酸,揭示了S120的磷酸化是RPT6在记忆形成过程中结合DNA并正确调节转录所必需的。总之,我们揭示了RPT6磷酸化在记忆形成过程中控制基因转录的新功能。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
RPT6的S120磷酸化是否独立于蛋白酶体,在记忆形成过程中结合DNA并调节基因表达?
核心机制
RPT6在S120位点的磷酸化是其结合DNA并调节记忆形成相关基因表达所必需的。
主要证据
RNA-seq鉴定RPT6调控的基因;CRISPR-dCas9人工定位RPT6至Egr2启动子影响基因表达;CRISPR-dCas13改变S120后RPT6无法结合DNA且Egr2表达异常。
研究意义
揭示了RPT6在记忆形成中独立于蛋白酶体的转录调控功能,为理解UPS相关药物影响提供新视角。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

Psmc5敲低与RNA-seq

鉴定RPT6在记忆形成过程中的基因靶标

向雄性大鼠背侧海马CA1区注入Psmc5 siRNA或对照,训练后进行RNA-seq,分析差异表达基因。

2

验证RPT6靶基因Egr2

确认RPT6调控Egr2表达及其结合位点

通过qRT-PCR验证Egr2表达,ChIP检测RPT6在Egr2各个区域的结合。

3

dCas9-RPT6人工定位

测试RPT6单独结合DNA是否足以改变基因表达

构建dCas9-RPT6-FLAG质粒,注入海马,进行弱训练,检测Egr2表达和RPT6结合。

4

dCas13介导的S120编辑

确定S120磷酸化对RPT6 DNA结合和基因表达的必需性

设计针对Psmc5 S120的gRNA,体外验证后注入海马,训练后检测RPT6结合和Egr2表达。

5

行为学测试与蛋白酶体活性

评估pRPT6-S120对记忆形成和蛋白酶体活性的必要性

测试S120编辑对记忆形成的影响,并检测蛋白酶体活性。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

验证样本或模型特征
验证分子表达变化
评估体内效果

产品清单

实验环节名称品牌货号
Accell SMARTpool siRNADharmaconE-096860-00-0005
乱序对照siRNADharmaconD-001910-10-05
BbsI限制酶New England BiolabsR0539S
T4连接酶Thermo Fisher ScientificBP80995
One Shot TOP10化学感受态大肠杆菌InvitrogenC404003
DMEM培养基ATCC30-2002
青霉素/链霉素Gibco15070063
胎牛血清Corning35-016-CV
胰蛋白酶-EDTAGibco25300054
Lipofectamine 3000转染试剂InvitrogenL3000001
Opti-MEM培养基Gibco31985070
in vivo JetPEI转染试剂Polyplus101000040
RNeasy Mini试剂盒Qiagen74104
iScript cDNA合成试剂盒Bio-Rad1708890
TruSeq链特异性mRNA HT样本制备试剂盒IlluminaRS-122-2103
NovaSeq 6000测序仪Illumina--
Trim Galore----
STAR----
DESeq2----
EnhancedVolcano----
ComplexHeatmap----
SsoAdvanced Universal SYBR Green SupermixBio-Rad1725274
CFX96实时荧光定量PCR仪Bio-Rad--
Immobilon-FL膜----
LiCOR封闭液LiCOR--
山羊抗兔二抗LiCOR926-32211
Odyssey Fc近红外成像系统LiCOR--
Image StudioLiCOR--
Magna ChIP蛋白A/G磁珠Millipore16-663
蛋白酶抑制剂混合物MilliporeSigmaP8340
磷酸酶抑制剂混合物MilliporeSigma524625
含DAPI的VectaShield封片剂Vector LaboratoriesH-1200
Nikon Eclipse Ci-L显微镜Nikon--
ImageJ----
Bio-Rad DC蛋白定量试剂盒Bio-Rad--
Suc-Leu-Leu-Val-Tyr-AMCEnzo Life SciencesBML-P802-0005
Z-Leu-Leu-Glu-AMCEnzo Life SciencesZW9345-0005
Bz-Val-Gly-Arg-AMCEnzo Life SciencesBW9375-0005
Synergy H1酶标仪BioTek--
Pierce磁性蛋白A/G磁珠Thermo Fisher--
抗RPT6抗体Abcamab178681
抗pRPT6-S120抗体Signalway Antibody12880
抗H2BubiK120抗体Cell Signaling5546
抗3xFLAG抗体Abcamab205606

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
Psmc5敲低
siRNA浓度(约10μM),注射体积(1μL/侧),术后恢复时间(5天)
阅读提示:Materials and Methods, 'Accell siRNA' and 'Stereotaxic infusions' sections
RNA-seq与数据分析
训练后取样时间(1小时),差异表达基因阈值(倍数变化>1.2,调整p值<0.05)
阅读提示:Results section 'RPT6 regulates gene expression...' and 'RNA-seq data analysis'
dCas9-RPT6人工定位
弱训练条件(0.6mA电流,2次电击,间隔120秒),质粒注射量,恢复时间(28天)
阅读提示:Materials and Methods, 'Behavior procedures' and 'Stereotaxic infusions'
CRISPR-dCas13编辑
gRNA序列(包含S120靶向),注射质粒组合,恢复时间(28天),标准训练条件(1mA电流)
阅读提示:Materials and Methods, 'CRISPR/dCas13 gRNA plasmid cloning' and 'Behavior procedures'
行为学与组化分析
训练和测试时间点,取样时间,ChIP抗体(RPT6, pRPT6-S120, H2BubiK120),qPCR引物
阅读提示:Materials and Methods, 'Behavior procedures', 'Chromatin immunoprecipitation', and 'Quantitative RT-PCR'