Psmc5敲低与RNA-seq
鉴定RPT6在记忆形成过程中的基因靶标
向雄性大鼠背侧海马CA1区注入Psmc5 siRNA或对照,训练后进行RNA-seq,分析差异表达基因。
Phosphorylation of RPT6 Controls Its Ability to Bind DNA and Regulate Gene Expression in the Hippocampus of Male Rats during Memory Formation.
包含体外细胞验证、体内行为学实验、RNA-seq、ChIP、蛋白免疫沉淀及蛋白酶体活性检测等多层级验证,明确功能验证和机制验证。
雄性Sprague Dawley大鼠背侧海马CA1区 大鼠B35神经母细胞瘤细胞
Psmc5 siRNA敲低效率 CRISPR-dCas13介导的S120编辑效率 dCas9-RPT6-FLAG质粒表达和定位 恐惧条件化训练参数(电流强度、时间、间隔)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定RPT6在记忆形成过程中的基因靶标
向雄性大鼠背侧海马CA1区注入Psmc5 siRNA或对照,训练后进行RNA-seq,分析差异表达基因。
确认RPT6调控Egr2表达及其结合位点
通过qRT-PCR验证Egr2表达,ChIP检测RPT6在Egr2各个区域的结合。
测试RPT6单独结合DNA是否足以改变基因表达
构建dCas9-RPT6-FLAG质粒,注入海马,进行弱训练,检测Egr2表达和RPT6结合。
确定S120磷酸化对RPT6 DNA结合和基因表达的必需性
设计针对Psmc5 S120的gRNA,体外验证后注入海马,训练后检测RPT6结合和Egr2表达。
评估pRPT6-S120对记忆形成和蛋白酶体活性的必要性
测试S120编辑对记忆形成的影响,并检测蛋白酶体活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因敲低 | Accell SMARTpool siRNA | Dharmacon | E-096860-00-0005 |
| 对照siRNA | 乱序对照siRNA | Dharmacon | D-001910-10-05 |
| 质粒克隆 | BbsI限制酶 | New England Biolabs | R0539S |
| T4连接酶 | Thermo Fisher Scientific | BP80995 | |
| One Shot TOP10化学感受态大肠杆菌 | Invitrogen | C404003 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | ATCC | 30-2002 |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15070063 | |
| 胎牛血清 | Corning | 35-016-CV | |
| 胰蛋白酶-EDTA | Gibco | 25300054 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| 细胞培养 | Opti-MEM培养基 | Gibco | 31985070 |
| 动物手术 | in vivo JetPEI转染试剂 | Polyplus | 101000040 |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| cDNA合成 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708890 |
| RNA测序 | TruSeq链特异性mRNA HT样本制备试剂盒 | Illumina | RS-122-2103 |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| RNA-seq数据分析 | Trim Galore | -- | -- |
| STAR | -- | -- | |
| DESeq2 | -- | -- | |
| EnhancedVolcano | -- | -- | |
| ComplexHeatmap | -- | -- | |
| qPCR | SsoAdvanced Universal SYBR Green Supermix | Bio-Rad | 1725274 |
| CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | Immobilon-FL膜 | -- | -- |
| LiCOR封闭液 | LiCOR | -- | |
| 山羊抗兔二抗 | LiCOR | 926-32211 | |
| Odyssey Fc近红外成像系统 | LiCOR | -- | |
| Image Studio | LiCOR | -- | |
| ChIP | Magna ChIP蛋白A/G磁珠 | Millipore | 16-663 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MilliporeSigma | P8340 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | MilliporeSigma | 524625 | |
| 免疫组织化学 | 含DAPI的VectaShield封片剂 | Vector Laboratories | H-1200 |
| Nikon Eclipse Ci-L显微镜 | Nikon | -- | |
| ImageJ | -- | -- | |
| 蛋白质提取 | Bio-Rad DC蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| 蛋白酶体活性检测 | Suc-Leu-Leu-Val-Tyr-AMC | Enzo Life Sciences | BML-P802-0005 |
| Z-Leu-Leu-Glu-AMC | Enzo Life Sciences | ZW9345-0005 | |
| Bz-Val-Gly-Arg-AMC | Enzo Life Sciences | BW9375-0005 | |
| Synergy H1酶标仪 | BioTek | -- | |
| 免疫沉淀 | Pierce磁性蛋白A/G磁珠 | Thermo Fisher | -- |
| 抗体 | 抗RPT6抗体 | Abcam | ab178681 |
| 抗pRPT6-S120抗体 | Signalway Antibody | 12880 | |
| 抗H2BubiK120抗体 | Cell Signaling | 5546 | |
| 抗3xFLAG抗体 | Abcam | ab205606 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| Psmc5敲低 | siRNA浓度(约10μM),注射体积(1μL/侧),术后恢复时间(5天) 阅读提示:Materials and Methods, 'Accell siRNA' and 'Stereotaxic infusions' sections |
| RNA-seq与数据分析 | 训练后取样时间(1小时),差异表达基因阈值(倍数变化>1.2,调整p值<0.05) 阅读提示:Results section 'RPT6 regulates gene expression...' and 'RNA-seq data analysis' |
| dCas9-RPT6人工定位 | 弱训练条件(0.6mA电流,2次电击,间隔120秒),质粒注射量,恢复时间(28天) 阅读提示:Materials and Methods, 'Behavior procedures' and 'Stereotaxic infusions' |
| CRISPR-dCas13编辑 | gRNA序列(包含S120靶向),注射质粒组合,恢复时间(28天),标准训练条件(1mA电流) 阅读提示:Materials and Methods, 'CRISPR/dCas13 gRNA plasmid cloning' and 'Behavior procedures' |
| 行为学与组化分析 | 训练和测试时间点,取样时间,ChIP抗体(RPT6, pRPT6-S120, H2BubiK120),qPCR引物 阅读提示:Materials and Methods, 'Behavior procedures', 'Chromatin immunoprecipitation', and 'Quantitative RT-PCR' |