网络药理学预测
预测QFP的潜在活性成分和RSV肺炎的疾病靶点,筛选共同靶点。
通过TCMSP和SwissTargetPrediction筛选QFP(大黄和黄芩)的活性成分(满足分子量<500、1<LogP<3等条件),获得398个药物靶点;通过OMIM、GeneCards、DrugBank和GEO(GSE6802, GSE77087, GSE38900)获得RSV肺炎相关靶点,取交集得到131个共同靶点。
Network pharmacology, molecular docking, and untargeted metabolomics reveal molecular mechanisms of multi-targets effects of Qingfei Tongluo Plaster improving respiratory syncytial virus pneumonia.
包含网络药理学预测、分子对接验证、RSV大鼠模型体内实验(HE染色、ELISA、Western blot)及血清代谢组学分析等多个独立证据层级,并进行了功能与机制验证。
RSV感染SD大鼠模型 HEp-2细胞(用于病毒扩增) GSE6802、GSE77087、GSE38900数据集
RSV-long株滴度:10 TCID50(10^-3)病毒液100 μL,经鼻内接种连续3天 QFP给药剂量:10.5 g/kg(生药量),外敷背部30分钟,每天1次,连续5天 大鼠品系、性别和体重:雄性SD大鼠,体重50-70 g Western blot检测PI3K、p-PI3K、AKT、p-AKT、HIF-1α、NOS2蛋白表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测QFP的潜在活性成分和RSV肺炎的疾病靶点,筛选共同靶点。
通过TCMSP和SwissTargetPrediction筛选QFP(大黄和黄芩)的活性成分(满足分子量<500、1<LogP<3等条件),获得398个药物靶点;通过OMIM、GeneCards、DrugBank和GEO(GSE6802, GSE77087, GSE38900)获得RSV肺炎相关靶点,取交集得到131个共同靶点。
分析共同靶点的蛋白质相互作用,并富集与治疗相关的生物学通路。
使用STRING数据库构建PPI网络,Cytoscape软件进行可视化,CytoNCA插件筛选核心靶点(Degree、CC、BC超过中位数1倍);DAVID和Metascape进行GO和KEGG富集分析,识别关键信号通路。
验证核心活性成分与核心靶点之间的结合活性。
从PDB获取靶蛋白结构,从TCMSP获取小分子配体结构,使用PyMOL去除水和配体,AutoDock 4.2进行分子对接,以结合自由能<−20.92 kJ/mol为有效。绘制热图和可视化。
验证QFP对RSV肺炎大鼠的体内治疗效果,评估肺部炎症和关键蛋白表达。
21只雄性SD大鼠随机分为正常组、模型组、QFP组(每组6只)。模型组和QFP组经鼻内接种10 TCID50病毒液100 μL,连续3天;QFP组外敷QFP(10.5 g/kg)30分钟/天,连续5天。检测肺指数、HE染色病理评分、ELISA检测血清IL-6、Western blot检测PI3K/AKT通路、HIF-1α、NOS2蛋白。
分析QFP治疗对RSV大鼠血清代谢谱的影响,鉴定差异代谢物和相关代谢通路。
采集血清样本,使用UPLC-Q-TOF-MS进行代谢组学分析,经数据预处理和多元统计分析(OPLS-DA)鉴定差异代谢物(VIP>1,P<0.05),并进行通路富集分析(MetaboAnalyst)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 液相色谱-质谱分析 | Agilent 1290 infinity UPLC液相色谱仪 | Agilent | -- |
| 质谱分析 | Triple TOF 5600+质谱仪 | AB SCIEX | -- |
| 液相色谱分离 | ACQUITY UPLC BEH Amide色谱柱 | Waters | -- |
| 色谱分析 | 乙酸铵 | Sigma | 70221 |
| 甲醇 | Merck | 144282 | |
| ELISA | 大鼠IL-6 ELISA试剂盒 | Signalway Antibody | EK0519 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Beyotime | P0009 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| PI3K P85抗体 | Proteintech Group, Inc | 60225-1-Ig | |
| p-PI3K P85抗体 | abclonal | AP0854 | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9271S | |
| HIF-1α抗体 | Cusabio | CSB-PA000432 | |
| NOS2抗体 | Cusabio | CSB-PA003464 | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab8227 | |
| 山羊抗兔IgG-HRP | Thermo Fisher Scientific | 31460 | |
| 大黄 | -- | 2206063 | |
| QFP制备 | 黄芩 | -- | 2207011 |
| 动物实验 | 异氟烷 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| QFP制备 | 药材(大黄和黄芩)的批次、提取溶剂(70%乙醇)、料液比、提取时间和次数 阅读提示:Materials and Methods 2.3.1 |
| RSV生产和滴度 | RSV-long株来源、在HEp-2细胞中扩增、TCID50测定 阅读提示:Materials and Methods 2.3.2 |
| 动物模型建立 | 动物品系(SD大鼠)、性别(雄性)、体重(50-70 g)、分组(正常、模型、QFP)、病毒接种剂量(10 TCID50/100 μL)、接种途径(滴鼻)、接种天数(连续3天) 阅读提示:Materials and Methods 2.3.3 |
| QFP给药 | QFP剂量(10.5 g/kg)、给药方式(外敷背部)、贴敷时间(30分钟)、给药天数(连续5天) 阅读提示:Materials and Methods 2.3.3 |
| Western blot | 一抗和二抗的稀释比例、封闭条件、孵育时间 阅读提示:Materials and Methods 2.3.7 |
| 血清代谢组学 | 样本制备、色谱条件、质谱条件和数据处理参数(VIP>1,P<0.05) 阅读提示:Materials and Methods 2.4 |