构建重组病毒
生成携带不同NS片段的重配AIV,以研究NS基因对病毒复制的影响。
通过反向遗传学在H6N1骨架上构建了携带同源NS0702、异源NS079、嵌合NS079-0702ED、NS079-0702R、NS079-0702R-NS2r、NS0702-079NS2和NS079-0702NS2的重组病毒。
NS2 is a key determinant of compatibility in reassortant avian influenza virus with heterologous H7N9-derived NS segment.
包含体外细胞模型(MDCK、DF-1、A549)的生长动力学、细胞因子表达、PKR/CPSF30互作、mini-genome报告实验及多种重组病毒的构建与功能验证(如NS2交换实验),涉及多层级功能与机制验证。
MDCK细胞 鸡DF-1细胞 人A549细胞 HEK293T细胞
病毒骨架:A/chicken/Taiwan/0702/2013 (H6N1) NS基因来源:H7N9 (A/Taiwan/1/2017) MOI=0.01用于生长动力学 MOI=1用于细胞因子表达 感染时间点:12、24、36、48 hpi RT-qPCR检测IFN-α和Mx表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
生成携带不同NS片段的重配AIV,以研究NS基因对病毒复制的影响。
通过反向遗传学在H6N1骨架上构建了携带同源NS0702、异源NS079、嵌合NS079-0702ED、NS079-0702R、NS079-0702R-NS2r、NS0702-079NS2和NS079-0702NS2的重组病毒。
比较各重组病毒在不同细胞系中的生长能力。
在MDCK和DF-1细胞中以MOI 0.01感染,在12、24、36、48 hpi通过空斑实验测定病毒滴度。
评估重组病毒感染诱导的先天免疫反应。
在鸡DF-1和人A549细胞中以MOI 1感染,在6和12 hpi通过RT-qPCR检测IFN-α和Mx的mRNA水平。
探究NS1蛋白抑制PKR激活和与CPSF30相互作用是否影响病毒复制差异。
通过共转染和免疫沉淀(IP)检测NS1与PKR、CPSF30的相互作用,并通过poly I:C诱导检测PKR磷酸化水平。
评估不同NS1蛋白对病毒RdRp活性的影响。
使用mini-genome报告实验,在HEK293T细胞中共转染H6N1的NP、PB1、PB2、PA以及NS1表达质粒和报告质粒,检测荧光素酶活性。
确定NS2蛋白的差异是否导致病毒复制效率的差异。
构建表达同源或异源NS2的重组病毒(如NS079-0702R-NS2r、NS0702-079NS2、NS079-0702NS2),比较其空斑形成和生长动力学。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco BRL, Life Technologies Corporation | -- |
| 胎牛血清 | HyClone | -- | |
| 病毒转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| TURBO DNA-free试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| RT-qPCR | GoTaq 1-Step RT-qPCR系统 | Promega | -- |
| CFX Connect实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | -- |
| Amersham Imager 600成像仪 | GE Healthcare | -- | |
| 抗β-actin抗体 | Signalway Antibody | -- | |
| 抗PKR抗体 | Abcam | -- | |
| 抗磷酸化PKR抗体 (T446) | Abcam | -- | |
| 抗FLAG抗体 | Signalway Antibody | -- | |
| 抗HA抗体 | Yao Hong Biotechnology | -- | |
| 免疫沉淀 | 抗FLAG M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche Diagnostics | -- | |
| mini-genome报告实验 | Dual-Glo荧光素酶检测系统 | Promega | -- |
| FLUOstar OPTIMA酶标仪 | BMG Labtech | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 7软件 | GraphPad Software | -- |
| GraphPad Prism 5软件 | GraphPad Software | -- | |
| 质粒构建 | SapI限制酶 | New England Biolabs | -- |
| XhoI限制酶 | New England Biolabs | -- | |
| p3X-Flag-CMV14载体 | Sigma-Aldrich | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病毒构建 | 质粒转染比例、病毒骨架序列、NS基因来源序列 阅读提示:见Materials and methods 2.2和2.3 |
| 病毒扩增 | SPF鸡胚日龄、扩增时间、温度 阅读提示:见Materials and methods 2.1 |
| 生长动力学 | 细胞系、MOI、感染时间点、病毒滴度测定方法 阅读提示:见Materials and methods 2.6和Figure legends 图2、3、8 |
| 细胞因子检测 | 细胞系(DF-1、A549)、MOI、感染时间、RT-qPCR引物和内参基因 阅读提示:见Materials and methods 2.7和Figure legends 图4 |
| PKR和CPSF30相互作用 | 转染方法、poly I:C浓度和处理时间、抗体使用、IP条件 阅读提示:见Materials and methods 2.9、2.10和Figure legends 图5、6 |
| mini-genome实验 | 质粒用量、转染时间、荧光素酶检测方法 阅读提示:见Materials and methods 2.11和Figure legends 图7 |
| NS2验证实验 | NS2表达构建、剪接受体突变位点、病毒拯救和NP蛋白检测 阅读提示:见Materials and methods 2.2和Figure legends 图8、9 |