验证IFNγ通过JAK1诱导Bcl3表达
确定IFNγ诱导的Bcl3表达是否依赖JAK活性及JAK1。
使用不同浓度JAK抑制剂ruxolitinib预处理SKOV3和OVCAR3细胞,然后IFNγ处理,检测Bcl3 mRNA和蛋白水平;使用JAK1 siRNA敲低SKOV3细胞中JAK1,检测Bcl3表达。
IFNγ induces Bcl3 expression by JAK1/STAT1/p65 signaling, resulting in increased IL-8 expression in ovarian cancer cells.
体内使用SKOV3和OVCAR3细胞系,通过siRNA敲低、药理学抑制、qRT-PCR、Western blot、ChIP和ELISA进行机制和功能验证,但缺乏动物模型或临床样本验证。
SKOV3卵巢癌细胞系 OVCAR3卵巢癌细胞系
使用SKOV3和OVCAR3细胞系 IFNγ处理浓度为50 ng·mL-1 JAK抑制剂ruxolitinib浓度10、100、200 nM siRNA敲低JAK1、STAT1、p65和Bcl3 ChIP分析Bcl3启动子结合
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定IFNγ诱导的Bcl3表达是否依赖JAK活性及JAK1。
使用不同浓度JAK抑制剂ruxolitinib预处理SKOV3和OVCAR3细胞,然后IFNγ处理,检测Bcl3 mRNA和蛋白水平;使用JAK1 siRNA敲低SKOV3细胞中JAK1,检测Bcl3表达。
确定IFNγ诱导的Bcl3表达是否依赖STAT1。
使用STAT1 siRNA敲低SKOV3细胞中STAT1,检测Bcl3 mRNA和蛋白水平。
确定IFNγ诱导的Bcl3表达是否依赖p65 NFκB。
使用p65 siRNA敲低SKOV3细胞中p65,检测Bcl3 mRNA和蛋白水平。
检测IFNγ是否增加STAT1、p65和组蛋白修饰在Bcl3启动子的募集。
利用ChIP分析IFNγ处理后SKOV3细胞中Bcl3启动子上STAT1、Ser727 pSTAT1、p65、乙酰化p65、组蛋白H3和乙酰化组蛋白H3的占有率;通过Western blot分析总蛋白水平。
确定Bcl3是否促进IL-8表达。
使用Bcl3 siRNA敲低SKOV3细胞中Bcl3,检测IL-8 mRNA水平和细胞释放的IL-8蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | SKOV3细胞 | American Type Culture Collection | -- |
| OVCAR3细胞 | American Type Culture Collection | -- | |
| 药物处理 | IFNγ | R&D Systems | 285-IF-100 |
| 芦可替尼 | -- | -- | |
| siRNA转染 | JAK1 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-35719 |
| STAT1 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-44123 | |
| p65 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-29410 | |
| 非沉默对照siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-37007 | |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| Western blot | JAK1抗体 | Proteintech | 66466-I-Ig |
| Bcl3抗体 | Proteintech | 23959-I-AP | |
| STAT1抗体 | Cell Signaling | 9172 | |
| Ser727磷酸化STAT1抗体 | Cell Signaling | 8826 | |
| p65 NFκB抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8008 | |
| K314/315乙酰化p65抗体 | Signalway Antibody | HW136 | |
| 组蛋白H3抗体 | Abcam | Ab1791 | |
| Lys9乙酰化组蛋白H3抗体 | Cell Signaling | 9649S | |
| 肌动蛋白抗体 | Sigma | A5060 | |
| ChIP | p65抗体 | Sigma | MAB3026 |
| IGX1A阴性对照引物 | SA Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系(SKOV3和OVCAR3)来源;IFNγ处理浓度50 ng·mL-1;ruxolitinib处理浓度10、100、200 nM;处理时间(Rux预处理6小时,IFNγ处理24小时)。 阅读提示:参见Materials and methods中的Cell culture and treatment及Figure 1 legend。 |
| siRNA敲低 | siRNA序列及来源(JAK1、STAT1、p65、Bcl3和对照);转染条件和时长。 阅读提示:参见Materials and methods中的Transfections with siRNA及Figure 2, 3, 4, 6 legends。 |
| 基因表达检测 | qRT-PCR引物及来源;mRNA表达归一化方法;Western blot抗体稀释比例。 阅读提示:参见Materials and methods中的Quantitative real-time RT-PCR和Western analysis。 |
| ChIP分析 | 抗体种类、Bcl3启动子引物序列、阴性对照IGX1A、免疫沉淀次数及归一化方法。 阅读提示:参见Materials and methods中的Chromatin immunoprecipitation及Figure 5 legend。 |
| 统计分析 | 实验重复次数(至少3次)、统计方法(one-way ANOVA Tukey后检验或非配对t检验)、显著性水平(P<0.05)。 阅读提示:参见Materials and methods中的Statistical analysis。 |