制备睾丸单细胞悬液
获得含有活力SCs的单细胞悬液,为后续分选做准备。
从不同年龄的小鼠(PND7-42)取睾丸,去除白膜后,在EKRB中机械和酶消化(胶原酶和DNase I),过滤后离心,重悬于EKRB中。
Two complementary approaches for efficient isolation of Sertoli cells for transcriptomic analysis.
包含了单细胞悬液制备、FACS分选、免疫荧光验证、RT-qPCR和RNA-seq等多个独立证据层级,并有与GFP-SC的转录组比较验证。
小鼠睾丸支持细胞(Sertoli cells)
分选标记:FSHr-PE和Occludin-Alexa 488抗体,使用200倍稀释 Hoechst 33342染色浓度:20 μg/ml,用于区分2C DNA含量 温度条件:≤PND14使用37°C,≥PND15使用32°C 孵育时间:单细胞悬液制备和抗体染色在2小时内完成 FACS分选参数:Influx分选仪,100 μm喷嘴,两滴纯分选模式
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得含有活力SCs的单细胞悬液,为后续分选做准备。
从不同年龄的小鼠(PND7-42)取睾丸,去除白膜后,在EKRB中机械和酶消化(胶原酶和DNase I),过滤后离心,重悬于EKRB中。
鉴定并分选支持细胞,基于表面标志物或DNA含量。
单细胞悬液与FSHr-PE和Occludin-488抗体(或FSHr-PE和Hoechst 33342)孵育,然后进行FACS分选(FO-SCs或FHo-SCs)。
确认分选的FO-SCs为SC,且具有合适的形态和SOX9表达。
对分选的FO-SCs进行免疫荧光染色,检测SOX9,并观察形态;部分细胞培养72小时后染色。
评估分选方法对GC转录本污染的影响。
对从28天小鼠中分离的FO-SCs(基于FSHr+Occludin+)和FHo-SCs(基于FSHr+2C DNA)进行RT-qPCR,检测SC基因和GC基因的表达。
比较新方法分离的SCs与GFP-SCs的转录组,验证方法的适用性。
从不同发育阶段(PND18-21, 25-28, 35-70)分选的FO-SCs进行RNA-seq,并与公开GFP-SC数据比较,进行聚类和PCA分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 制备单细胞悬液 | 胶原酶D | Roche | -- |
| DNase I | Sigma-Aldrich | -- | |
| 免疫标记 | FSH受体-藻红蛋白 | Bioss | bs-20658R-PE |
| Occludin-Alexa 488 | Signalway Antibody | C45047 | |
| Hoechst 33342 | Invitrogen | -- | |
| Hoechst 33258 | Invitrogen | -- | |
| CD45-Cy7 | BioLegends | -- | |
| MHCII-APC | BioLegends | -- | |
| CD11b-PerCP-Cy5.5 | BioLegends | -- | |
| 免疫荧光 | SOX9抗体 | Thermo Fisher Scientific | ABIN5950738 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RNA提取 | RNeasy Plus Micro试剂盒 | Qiagen | -- |
| RT-qPCR | LightCycler 480 SYBR Green I Master混合液 | Roche | -- |
| RNA-seq | SMARTer链特异性总RNA-seq试剂盒v2 | Takara | -- |
| NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- | |
| 流式分选 | Influx流式分选仪 | BD Biosciences | -- |
| 流式分析 | FACSymphony流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 制备单细胞悬液 | 小鼠品系和年龄、EKRB成分、胶原酶D浓度和孵育时间、孵育温度 阅读提示:见“Materials and equipment”中的“Single cell suspension from mouse testes” |
| FACS分选 | 抗体稀释度、孵育时间、Hoechst浓度、分选仪器和喷嘴尺寸、分选速度 阅读提示:见“Flow cytometric identification of SCs”和“Technical specifications for FACS sorting” |
| 验证纯度 | 免疫荧光染色步骤、SOX9抗体稀释度、培养条件 阅读提示:见“Immunofluorescence protein detection, SC cultivation and microscopy” |
| 转录组比较 | RNA提取和文库制备方法、测序平台、比较数据集和批次效应校正方法 阅读提示:见“RNA sequencing and analysis” |
| RT-qPCR验证 | 引物序列、内参基因、循环条件 阅读提示:见“Isolation of mRNA and qPCR”和补充图表S2 |