生成CDH1敲除细胞系
建立E-钙黏蛋白缺失的体外模型,以研究其对IGF通路的影响。
利用CRISPR-Cas9技术在MCF7、T47D中敲除CDH1,在ZR75.1中使用doxycycline诱导的Cas9和sgRNA敲除CDH1。
Loss of E-cadherin Induces IGF1R Activation and Reveals a Targetable Pathway in Invasive Lobular Breast Carcinoma.
包含体外细胞系模型(CRISPR CDH1 KO)、患者来源类器官、临床队列数据分析(SCAN-B)等多层级证据,并进行功能验证(迁移、侵袭、生存)和机制验证(受体结合、信号通路)。
MCF7、T47D、ZR75.1细胞系(WT和CDH1 KO) MDA-MB-134-VI、SUM44PE ILC细胞系 患者来源类器官(IDC和ILC PDO) SCAN-B临床队列(luminal A IDC和ILC)
CDH1 KO细胞系中E-钙黏蛋白完全敲除(MCF7、T47D)或部分敲低(ZR75.1) IGF1R抑制剂BMS-754807和OSI-906、PI3K抑制剂Alpelisib、Akt抑制剂MK2206、MEK抑制剂U0126的浓度和处理时间 FGF配体混合物组成和浓度 类器官培养条件及MK2206处理时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立E-钙黏蛋白缺失的体外模型,以研究其对IGF通路的影响。
利用CRISPR-Cas9技术在MCF7、T47D中敲除CDH1,在ZR75.1中使用doxycycline诱导的Cas9和sgRNA敲除CDH1。
确认CDH1敲除成功并观察细胞形态和粘附变化。
通过Western blot和qRT-PCR确认敲除效率,观察2D和ULA条件下的细胞形态,免疫荧光检测E-cadherin和p120 catenin定位。
检测CDH1缺失对IGF1、IGF2和胰岛素刺激下信号通路的影响。
对WT和CDH1 KO细胞进行配体刺激,检测pIGF1R/IR、pAkt和pERK水平。
探究CDH1缺失增加IGF1R信号敏感性的机制。
使用生物素化IGF1进行交联实验,免疫沉淀检测配体-受体复合物,比较WT和CDH1 KO细胞膜上IGF1R表达和配体结合。
评估CDH1缺失对细胞存活、迁移和侵袭的影响。
进行Annexin V/PI染色检测anoikis抗性,集落形成实验,以及趋化、迁移和侵袭实验。
测试CDH1缺失对IGF1R、PI3K、Akt、MEK抑制剂和Fulvestrant的敏感性。
进行剂量反应实验,计算IC50,评估联合用药效果,并在患者来源类器官中验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RPMI培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 胎牛血清 | Life Technologies | -- | |
| 活性炭处理血清 | Life Technologies | -- | |
| CRISPR敲除 | 基因敲除试剂盒 | Synthego | -- |
| Western blot | Intercept PBS封闭液 | LiCOr | 927-40000 |
| pIGF1R/IR抗体 | Cell Signaling Technology | 3024 | |
| 免疫荧光 | Hoechst 33342 | Thermo Scientific | 62249 |
| Aqua-Poly/Mount封片剂 | Polysciences | 18606-20 | |
| 类器官培养 | Cultrex类器官收集液 | R&D Systems | 3700-100-01 |
| 类器官免疫荧光 | ProLong Gold防淬灭封片剂 | Invitrogen | P36930 |
| 集落形成实验 | 胰岛素样生长因子1 | GroPep Bioreagents | AQU001 |
| 结晶紫 | Sigma-Aldrich | C0775 | |
| 免疫共沉淀 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | 23225 |
| Pierce Protein G琼脂糖珠 | Thermo Fisher Scientific | 20398 | |
| qRT-PCR | RNeasy小型RNA提取试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| PrimeScript逆转录预混液 | Takara Bio | RR036B | |
| SsoAdvanced通用SYBR | Bio-Rad | 1726275 | |
| 流式细胞术 | APC标记的Annexin V | BD Biosciences | 550474 |
| 碘化丙啶 | BD Biosciences | 556463 | |
| Annexin结合缓冲液 | BD Biosciences | 556454 | |
| 迁移和侵袭实验 | QCM趋化性细胞迁移实验(I型胶原) | EMD Millipore | ECM582 |
| QCM胶原细胞侵袭实验 | EMD Millipore | ECM551 | |
| Transwell小室(8μm孔径) | Fisher Scientific | 08-771-21 | |
| 胰岛素样生长因子1 | GroPep Bioreagents | AQU100 | |
| 受体可用性实验 | 生物素化IGF1 | GroPep | AQU100 |
| BS3交联剂 | Thermo Scientific | 21580 | |
| 抑制剂处理 | BMS-754807 | Selleckchem | S1124 |
| OSI-906 | Selleckchem | S1091 | |
| 阿培利司 | Selleckchem | S2814 | |
| MK-2206 | Selleckchem | S1078 | |
| U0126 | Selleckchem | S1102 | |
| 氟维司群 | Selleckchem | S1191 | |
| 药物处理 | CHIR-99021 | Selleckchem | S2924 |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo试剂盒 | Promega | PR-G7573 |
| 类器官培养 | β-雌二醇 | Sigma-Aldrich | E8875 |
| 胰蛋白酶 | -- | -- | |
| 类器官活力检测 | CellTiter-Glo 3D试剂盒 | Promega | G9681 |
| 免疫印迹 | Odyssey CLx成像系统 | LiCOr | -- |
| 显微镜 | Nikon A1共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
| Olympus SZX16解剖显微镜 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CDH1敲除细胞系生成 | MCF7和T47D使用Synthego Gene Knockout Kit (V1);ZR75.1使用doxycycline诱导的Cas9和sgRNA,进行3轮感染和嘌呤霉素筛选 阅读提示:Materials and Methods, CDH1 knockout cell line generation |
| 信号通路激活检测 | 血清饥饿过夜;IGF1、IGF2或胰岛素刺激浓度0-10nM,15分钟;时间过程0-6小时 阅读提示:Results, Loss of E-cadherin sensitizes cells to IGF signaling pathway activation, Figure 3 |
| 受体可用性实验 | 生物素化IGF1浓度0-10nM,4°C孵育15分钟;BS3交联剂浓度2mM 阅读提示:Materials and Methods, Receptor availability assay |
| 迁移和侵袭实验 | 细胞密度300,000细胞/孔;IGF1浓度5nM;血清浓度0.5%或10%;处理时间72小时 阅读提示:Materials and Methods, Haptotaxis, migration and invasion assays |
| 抑制剂处理 | 细胞系接种密度9,000细胞/孔;处理时间6天;类器官接种密度3,000或5,000细胞/孔;处理时间12天;DMSO终浓度≤0.5% 阅读提示:Materials and Methods, Dose Response assays, Organoid culture |
| 类器官培养 | 类器官培养基含1nM β-estradiol;MK2206处理后第6天换液,第12天检测活力 阅读提示:Materials and Methods, Organoid culture |