验证果糖对癌细胞侵袭的作用
确定果糖是否促进乳腺癌细胞侵袭,并筛选关键 KHK 亚型。
使用 Boyden 小室和 Matrigel 侵袭实验检测多种癌细胞系在 5 mM 果糖或葡萄糖处理下的侵袭能力;通过 RT-qPCR 和 TCGA 数据分析 KHK-A 和 KHK-C 的表达;通过 siRNA 敲低或过表达 KHK 亚型,检测侵袭变化。
Ketohexokinase-A acts as a nuclear protein kinase that mediates fructose-induced metastasis in breast cancer.
包含体外细胞侵袭实验、动物移植瘤模型、蛋白质互作组学、分子机制验证和临床样本分析等多个独立证据层级,并进行了功能验证(敲低/过表达)和机制验证(磷酸化、ChIP)。
MDA-MB-231 人乳腺癌细胞系 MCF-7 人乳腺癌细胞系 MTV-TM-011 小鼠乳腺癌细胞系 乳腺癌异种移植小鼠模型 (Balb/cSlc-nu/nu)
果糖处理浓度:5 mM 细胞侵袭实验中处理时间:48 h KHK-A 核转位所需时间:8 h 体内实验中果糖浓度:15% 动物模型:MTV-TM-011 细胞系植入乳腺脂肪垫
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定果糖是否促进乳腺癌细胞侵袭,并筛选关键 KHK 亚型。
使用 Boyden 小室和 Matrigel 侵袭实验检测多种癌细胞系在 5 mM 果糖或葡萄糖处理下的侵袭能力;通过 RT-qPCR 和 TCGA 数据分析 KHK-A 和 KHK-C 的表达;通过 siRNA 敲低或过表达 KHK 亚型,检测侵袭变化。
评估 KHK-A 在体内是否促进果糖诱导的乳腺癌转移。
将稳定表达 KHK-A、KHK-C 或 sh-Khk-a 的 MTV-TM-011 细胞植入小鼠乳腺脂肪垫,分别喂食水、15% 葡萄糖或 15% 果糖,监测原发肿瘤生长,切除肿瘤后观察转移,并通过生物发光成像和 H&E 染色评估转移。
寻找并验证介导 KHK-A 促侵袭功能的相互作用蛋白。
利用 Ni-NTA 亲和纯化和 LC-MS/MS 鉴定与 KHK-A 相互作用的蛋白,筛选出 GLOD4、YWHAH 和 LRRC59;通过 siRNA 敲低验证功能;通过免疫共沉淀确认 KHK-A 与 LRRC59 和 YWHAH 的果糖依赖性结合。
确认果糖诱导的 KHK-A 核转位机制。
通过免疫印迹和免疫荧光检测果糖处理下 KHK-A 的核转位;敲低 LRRC59 或 KPNB1 检测核转位变化;通过体外结合实验验证果糖依赖性结合和 L83 残基的关键作用。
确定 KHK-A 是否作为蛋白激酶磷酸化 YWHAH,并鉴定磷酸化位点。
通过体外结合实验验证直接相互作用;通过体外激酶实验和细胞内磷酸化检测,发现 KHK-A 磷酸化 YWHAH;通过质谱鉴定 Ser25 位点;通过突变体验证 Ser25 的关键作用。
评估 YWHAH 的 S25 磷酸化是否在体内促进果糖诱导的转移。
将稳定表达 YWHAH 或 YWHAH_S25A 的 MTV-TM-011 细胞植入小鼠乳腺脂肪垫,喂食水或 15% 果糖,监测转移。
从结构角度解释 KHK-A 如何磷酸化蛋白质底物。
使用全原子 MD 模拟构建 YWHAH-11/KHK-A/ATP、PRPS1-11/KHK-A/ATP 等复合物,通过伞形采样计算 PMF,分析结合模式,并通过突变实验验证关键残基。
阐明磷酸化 YWHAH 如何调控 CDH1 表达。
通过免疫共沉淀检测 YWHAH 与 SLUG 的相互作用;通过 ChIP-qPCR 检测 YWHAH 和 SLUG 在 CDH1 启动子上的招募;通过 RT-qPCR 和免疫印迹检测 CDH1 表达变化;通过入侵实验验证功能。
评估 KHK-A-YWHAH-pS25 轴与乳腺癌转移的临床相关性。
使用人乳腺癌组织芯片进行免疫组化染色,分析核 KHK-A 和 YWHAH-pS25 水平,并与组织学分级和转移状态进行相关性分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640 培养基 | -- | -- |
| MEM 培养基 | -- | -- | |
| DMEM 培养基 | -- | -- | |
| 试剂处理 | D-果糖 | Sigma-Aldrich | F3510 |
| D-葡萄糖 | Sigma-Aldrich | G7021 | |
| Western blot | anti-KHK 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-377411 |
| anti-Slug 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-166476 | |
| anti-N-cadherin 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7939 | |
| anti-Vimentin 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7558 | |
| anti-ZEB-1 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-25388 | |
| anti-β-tubulin 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-9104 | |
| anti-GST-tag 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-138 | |
| anti-PRPS1/2 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc100288 | |
| anti-Aldolase B 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc393278 | |
| anti-Lamin-B 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6216 | |
| anti-Importin-β 抗体 | Abcam | ab2811 | |
| anti-α-SMA 抗体 | Abcam | ab7817 | |
| anti-TWIST 抗体 | Abcam | ab50581 | |
| anti-Snail 抗体 | Abcam | ab53519 | |
| anti-YWHAH 抗体 | Cell Signaling Technology | 9640 | |
| anti-Myc-tag 抗体 | Cell Signaling Technology | 2278 | |
| anti-GFP 抗体 | Cell Signaling Technology | 2555 | |
| anti-SQSTM1/p62 抗体 | Cell Signaling Technology | 5114T | |
| anti-磷酸化丝氨酸/苏氨酸抗体 | ECM biosciences | PP2551 | |
| anti-磷酸化酪氨酸抗体 | ECM biosciences | PP2221 | |
| anti-LRRC59 抗体 | Novus Biologicals | NBP1-93953 | |
| anti-12-脂氧合酶抗体 | Novus Biologicals | NBP1-90338 | |
| anti-KHK-A 抗体 | Signalway Antibody LLC | 21708-2 | |
| anti-KHK-C 抗体 | Signalway Antibody LLC | 21709-2 | |
| anti-His(6)-tag 抗体 | MBL | PM032 | |
| HRP 标记的兔抗山羊抗体 | Thermo Fisher Scientific | 81-1620 | |
| anti-E-钙粘蛋白抗体 | Thermo Fisher Scientific | 131700 | |
| anti-SQSTM1/p62 磷酸化-Ser28 抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-35409 | |
| HRP 标记的山羊抗兔抗体 | Invitrogen | G21234 | |
| HRP 标记的山羊抗小鼠抗体 | Invitrogen | G21040 | |
| anti-GLOD4 抗体 | Genetex | GTX104484 | |
| 药物处理 | Pypy | Millipore | 420640 |
| 转染 | Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Lipofectamine RNAiMAX | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白纯化 | 谷胱甘肽亲和珠 | GE Healthcare | -- |
| EZview Red anti-FLAG 亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 镍-NTA 亲和珠 | Qiagen | -- | |
| RNA提取 | TRIZOL 试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | M-MLV 逆转录酶 | Enzynomics | -- |
| qPCR 预混液 | Enzynomics | -- | |
| CFX Connect 实时荧光定量 PCR 仪 | BIO-RAD | -- | |
| 免疫印迹 | Immobilon-P 膜 | Millipore | -- |
| ECL-plus 试剂盒 | Amersham Biosciences | -- | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 633 鬼笔环肽 | Invitrogen | -- |
| DAPI | Sigma-Aldrich | -- | |
| Faramount 水性封片剂 | Dako | -- | |
| 蛋白质组学 | Easy-nLC1000 纳升液相系统 | Proxeon Biosystems | -- |
| Q-Exactive 质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 质谱分析 | LTQ Orbitrap XL 质谱仪 | Thermo Fisher | -- |
| 代谢物检测 | Leco Pegasus BT 飞行时间质谱 | Leco Corporation | -- |
| Agilent 6890 气相色谱仪 | Agilent Technologies | -- | |
| 动物实验 | VivoGlo 荧光素 | Promega | -- |
| Xenogen IVIS 100 小动物活体成像系统 | Xenogen | -- | |
| 细胞侵袭实验 | Transwell 小室 | -- | -- |
| Matrigel 基质胶 | -- | -- | |
| BX53-P 偏光显微镜 | Olympus | -- | |
| ImageJ 软件 | NIH | -- | |
| 免疫组织化学 | Vectastatin ABC 试剂盒 | Vector Laboratories | -- |
| DAB 检测试剂盒 | Dako | -- | |
| ROS测量 | DCF-DA | -- | -- |
| TECAN infinite M200 pro 酶标仪 | TECAN | -- | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | -- |
| 重组蛋白制备 | 还原型谷胱甘肽 | Sigma-Aldrich | -- |
| FLAG 肽 | -- | -- | |
| 咪唑 | -- | -- | |
| 质谱分析 | 胰蛋白酶 | -- | -- |
| 甲氧胺盐酸盐 | -- | -- | |
| 标准品 | 果糖-1-磷酸 | Carbosynth LTD | MF03840 |
| 动力学实验 | [γ-32P]-ATP | -- | -- |
| D-[14C(U)]-果糖 | American Radiolabeled Chemicals | ARC 0116A | |
| 质谱分析 | BCA 蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 30K Amicon Ultra 离心过滤器 | Millipore | -- | |
| 分子克隆 | Pfu DNA 聚合酶 | -- | -- |
| E-钙粘蛋白质粒 | Addgene | #47502 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞侵袭实验 | 细胞系、果糖浓度 (5 mM)、处理时间 (48 h)、细胞数量 (2×10^4 至 7×10^4 不等)。 阅读提示:查看 'Cell invasion assay' 方法部分 |
| 体内转移实验 | 小鼠品系 (Balb/cSlc-nu/nu)、细胞系 (MTV-TM-011)、果糖浓度 (15%)、每组动物数 (7 只)、原发肿瘤切除体积 (500–600 mm³)。 阅读提示:查看 'Breast-cancer xenografts' 方法部分及图 2a 和图 6a |
| 细胞核转位实验 | 细胞系 (MDA-MB-231)、果糖浓度 (5 mM)、处理时间 (8 h)。 阅读提示:查看图 4a, b 和图例 |
| 体外激酶实验 | GST-KHK-A (10 ng)、GST-YWHAH (500 ng)、ATP (2 mM)、反应时间 (37°C 1 h)。 阅读提示:查看 'In vitro kinase assay' 方法部分及图 5c |
| 体内验证 YWHAH 磷酸化 | 细胞系 (MTV-TM-011)、果糖浓度 (15%)、每组动物数 (7 只)。 阅读提示:查看图 6a 和图例 |