PFKP乙酰化与EGFR结合
确定EGFR激活是否通过KAT5乙酰化PFKP并促进其与EGFR结合及转位。
EGF刺激U251及U87/EGFR细胞,进行免疫荧光和细胞分级分析;通过免疫共沉淀、LC-MS/MS、体外乙酰化和pull-down实验验证KAT5乙酰化PFKP K395及与EGFR的结合。
EGFR-Phosphorylated Platelet Isoform of Phosphofructokinase 1 Promotes PI3K Activation.
包含体外激酶和乙酰化实验、细胞系功能验证、基因敲除/敲入、动物颅内移植瘤模型及临床样本相关性分析,证据层级完善。
U251胶质母细胞瘤细胞 U87/EGFRvIII胶质母细胞瘤细胞 U87/EGFRvIII颅内移植瘤裸鼠模型 人GBM临床标本(57例)
EGF刺激浓度和时间(100 ng/ml,15 min或2 h) PFKP敲低或敲除及PFKP Y64F/K395R突变体表达 EGFR抑制剂AG1478(1 μM)和c-Abl抑制剂尼罗替尼处理 PI3K活性、PIP3水平、AKT磷酸化、PFK2磷酸化、F-2,6-BP含量、PFK1活性、葡萄糖摄取和乳酸产生等检测指标 使用U87/EGFRvIII细胞颅内注射裸鼠(5 × 10^5细胞/鼠)及生存分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定EGFR激活是否通过KAT5乙酰化PFKP并促进其与EGFR结合及转位。
EGF刺激U251及U87/EGFR细胞,进行免疫荧光和细胞分级分析;通过免疫共沉淀、LC-MS/MS、体外乙酰化和pull-down实验验证KAT5乙酰化PFKP K395及与EGFR的结合。
验证EGFR直接磷酸化PFKP Y64,并依赖K395乙酰化。
用EGFR抑制剂AG1478处理,体外激酶实验、LC-MS/MS鉴定Y64磷酸化,使用PFKP Y64F和K395R突变体及CRISPR敲入细胞进行验证。
验证磷酸化的PFKP Y64结合p85α的N-SH2结构域,且与Gab1结合位点不同。
通过免疫共沉淀、体外结合实验、p85α SH2结构域突变体(R358L、R649L)表达、以及PFKP和Gab1敲低实验,确定结合特异性。
确定PFKP Y64磷酸化对EGF诱导的PI3K/AKT激活的作用。
检测PI3K活性、PIP3水平、AKT磷酸化,通过敲低或敲除PFKP、表达回补WT或Y64F突变体,以及PI3K活性ELISA和Western blot。
验证PFKP Y64磷酸化通过PI3K/AKT增强PFK1活性、GLUT1表达和Warburg效应。
检测PFK2 S483磷酸化、F-2,6-BP含量、PFK1活性、GLUT1转录和表达、葡萄糖消耗和乳酸产生,以及13C6-葡萄糖代谢流分析。
验证PFKP Y64磷酸化对脑肿瘤发生和进展的作用。
将U87/EGFRvIII细胞(对照组、PFKP敲除或Y64F敲入)颅内注射裸鼠,2周后分析肿瘤体积、生存时间、免疫组化染色(pAKT、pPFK2、GLUT1、Ki-67)。
评估人中PFKP Y64磷酸化与EGFR激活、PFK2磷酸化及患者预后的相关性。
对57例人GBM标本进行免疫组化染色(EGFR pY1068、PFKP pY64、PFK2 pS483),进行相关性分析和生存分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | HyClone | -- |
| 小牛血清 | HyClone | -- | |
| 药物处理 | 表皮生长因子 | EMD Millipore | 01-407 |
| AG1478 | Calbiochem | 658552 | |
| 尼罗替尼 | Sigma | CDS023093 | |
| 3PO | Calbiochem | 525330 | |
| MG132 | -- | -- | |
| 蛋白检测 | 抗PFKP抗体 | Cell Signaling Technology | 12746 |
| 抗EGFR抗体 | BD Biosciences | 610016 | |
| 抗p85α抗体 | Cell Signaling Technology | 4257 | |
| 抗磷酸化PFKP Y64抗体 | Signalway Antibody | -- | |
| 抗PFK2 pS483抗体 | Signalway Antibody | 12319 | |
| 抗GLUT1抗体 | Abcam | ab652 | |
| 抗KAT5抗体 | Abcam | ab151432 | |
| 抗Ki67抗体 | EMD Millipore | AB9260 | |
| 生化分析 | 小牛肠碱性磷酸酶 | New England Biolabs | M0290 |
| 转染 | HyFect转染试剂 | Denville Scientific | E2650 |
| PI3K活性测定 | PI3激酶ELISA试剂盒 | Echelon Biosciences | -- |
| 葡萄糖消耗测定 | 葡萄糖(GO)测定试剂盒 | Sigma | -- |
| 乳酸产生测定 | 乳酸测定试剂盒 | Eton Bioscience | -- |
| PFK1活性测定 | PFK活性比色测定试剂盒 | BioVision | -- |
| 质谱分析 | Orbitrap-Elite质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Orbitrap Fusion Tribrid质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Vanquish液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 分子生物学 | QuikChange定点突变试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| 组织包埋 | 通用封片剂 | Research Genetics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系(U251, U87等)及培养条件(DMEM+10%小牛血清),EGF刺激浓度(100 ng/ml)和时间(15 min等) 阅读提示:STAR Methods - Cell Culture and Transfection |
| PFKP乙酰化和磷酸化 | KAT5活性、c-Abl抑制剂(nilotinib)使用浓度,PFKP K395乙酰化和Y64磷酸化检测方法 阅读提示:STAR Methods - In Vitro Acetylation Assay, In Vitro Kinase Assay, Materials |
| PI3K/AKT活性检测 | PI3K活性测定方法(ELISA),PIP3水平,AKT磷酸化(T308/S473)检测 阅读提示:STAR Methods - PI3K Activity Assay, Materials |
| 糖酵解代谢检测 | F-2,6-BP测量方法,PFK1活性,葡萄糖消耗和乳酸产生,13C-葡萄糖代谢流分析条件 阅读提示:STAR Methods - Measurement of PFK1 Activity, Fructose-2,6-bisphosphate Measurement Assay, Measurements of Glucose Consumption and Lactate Production |
| 动物实验 | 颅内注射细胞数量(5 × 10^5),小鼠品系(4周龄雄性裸鼠),处死时间(2周),生存分析样本量(每组9只) 阅读提示:STAR Methods - Intracranial Implantation of GBM Cells in Mice |
| 临床标本分析 | 人GBM标本来源(CGGA),免疫组化评分标准,患者生存数据 阅读提示:STAR Methods - Histologic Evaluation and Immunohistochemical Staining |