网络药理学与整合生物信息学分析确定PDE1A为吡非尼酮治疗特发性肺纤维化的关键靶点

吡非尼酮是一种抗纤维化药物，已被证明可以有效治疗特发性肺纤维化（IPF）。然而，其确切的作用机制和临床疗效仍需进一步研究和验证。本研究首先通过GeneCards数据库鉴定与IPF相关的致病基因。随后通过PubChem和SwissTargetPrediction筛选吡非尼酮的潜在靶点，并通过维恩图分析确定重叠靶点。对潜在靶基因进行富集分析，以确定吡非尼酮作用涉及的关键生物学过程和通路。随后通过GSE10667和GSE110147数据集鉴定主要靶基因。通过分子对接和微量热泳动（MST）预测PDE1A与吡非尼酮的亲和力。最后，通过GSE226249数据集的数据验证吡非尼酮对PDE1A的表达和抗纤维化作用。PDE1A由GeneCards和SwissTargetPrediction鉴定，被发现是吡非尼酮抗纤维化作用的重要介质。富集分析揭示了环核苷酸介导的信号传导和cAMP介导的信号传导等生物学过程。KEGG通路分析进一步将吡非尼酮的活性与钙信号传导、味觉传导、吗啡依赖、肾素分泌和嘌呤代谢等通路联系起来。分子对接、分子动力学（MD）模拟和MST结果揭示了吡非尼酮与PDE1A之间的强结合亲和力。MD模拟显示复合物的稳定性。观察到复合物的RMSD分析在整个模拟过程中稳定在0.6至0.8 nm之间，但RMSF显示波动极小。GSE226249数据集的数据证实，PDE1A的上调促进纤维化，而吡非尼酮下调PDE1A，从而发挥其抗纤维化作用。吡非尼酮通过PDE1A介导抑制IPF的进展，为其治疗机制提供了见解。