临床样本收集与分组
比较HS与NR患者的睾丸组织样本中BOLL启动子甲基化水平及精子发生严重程度
收集24例无精子症患者睾丸组织,其中16例HS、8例NR;进行组织学评估和精子发生评分。
Dysregulated methylation of the human BOLL promoter hinders germ cell development from spermatogonia to spermatids.
包含临床样本焦磷酸测序、荧光素酶报告基因、细胞过表达和去甲基化实验,以及公共数据通路分析,多层级验证启动子甲基化与基因表达及功能关联。
人类睾丸组织(HS与NR) HEK293T细胞 GC2细胞(小鼠精母细胞来源)
样本分组:HS(n=16)与NR(n=8) 焦磷酸测序区域:BOLL启动子-1225至-584 CpG位点:-1099、-1093、-1069、-1053、-1027、-1021、-987、-708 5-AZA处理浓度:10 μM,处理6周 质粒转染浓度:500 ng/μL
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较HS与NR患者的睾丸组织样本中BOLL启动子甲基化水平及精子发生严重程度
收集24例无精子症患者睾丸组织,其中16例HS、8例NR;进行组织学评估和精子发生评分。
识别HS中差异甲基化的CpG位点并验证其与基因表达及严重程度的相关性
提取DNA,亚硫酸氢盐转化,焦磷酸测序34个CpG位点;分析甲基化水平与精子发生评分及BOLL表达的相关性。
确认预测的CpG岛区域是否具有甲基化敏感启动子活性
计算机预测CGI;构建-1434至+180的BOLL启动子荧光素酶报告载体,体外甲基化(M.SssI和M.HhaI)后转染PC-3细胞,检测荧光素酶活性。
探索BOLL可能的生物学功能及其在睾丸不同细胞类型中的表达
利用GSE9210数据集进行GO/KEGG富集分析;利用GSE106487单细胞RNA-seq数据分析BOLL在不同睾丸细胞中的表达。
验证BOLL过表达对精子细胞和精原细胞标志基因表达的影响
在HEK293T细胞和GC2细胞中转染BOLL表达质粒,检测精子细胞特异性基因(PRM2, TNP2等)和精原细胞标志物(ID4, PIWIL4)的表达。
验证DNA去甲基化能否恢复Boll表达并激活下游精子细胞基因
用5-AZA处理GC2细胞6周,检测Boll和精子细胞相关基因(Prm2, Tnp2, Gapdhs)表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | QIAamp DNA小型试剂盒 | Qiagen | -- |
| DNA甲基化检测 | EZ DNA甲基化-Gold™试剂盒 | Zymo Research | -- |
| 焦磷酸测序 | PyroMark™ MD系统 | Qiagen | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | StepOne实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| SYBR Green I预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| 质粒构建 | PrimerSTAR GXL DNA聚合酶 | TaKaRa | -- |
| 体外甲基化 | S-腺苷甲硫氨酸 | -- | -- |
| M.SssI甲基转移酶 | New England Biolabs | -- | |
| HhaI甲基转移酶 | New England Biolabs | -- | |
| 荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Corning | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 抗生素-抗真菌溶液 | GeneDireX | CC501-0100 | |
| L-谷氨酰胺 | GeneDireX | CC515-0100 | |
| 转染 | Lipofectamine™ 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 去甲基化处理 | 5-氮杂-2'-脱氧胞苷 | Sigma-Aldrich | 2353-33-5 |
| RT-qPCR | FastStart Universal SYBR Green预混液 | Roche | 04913914001 |
| M-MLV逆转录试剂盒 | Promega | M1701 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与分组 | 样本类型(睾丸活检)、分组(HS与NR)、样本量(HS=16, NR=8)、诊断标准 阅读提示:Methods: Subjects and human testicular samples |
| 甲基化检测 | DNA提取试剂盒、亚硫酸氢盐转化试剂盒、焦磷酸测序区域(-1225至-584)、CpG位点、引物序列 阅读提示:Methods: DNA extraction, Bisulfite modification, and pyrosequencing; Supplementary Table 1 |
| 启动子活性实验 | 启动子片段(-1434至+180)、甲基转移酶类型(M.SssI、M.HhaI)、浓度(1600 μM SAM, 2.5 U/μg)、转染细胞(PC-3)、检测时间(24小时) 阅读提示:Methods: Plasmid transfection, in vitro DNA methylation, and promoter activity assay |
| 细胞过表达 | 细胞系(HEK293T, GC2)、质粒浓度(500 ng/μL)、转染试剂、检测时间点 阅读提示:Methods: Plasmid preparation and transfection |
| 去甲基化处理 | 5-AZA浓度(10 μM)、处理时长(6周)、细胞系(GC2)、传代频率 阅读提示:Methods: Demethylation using 5-Aza-2'-deoxycytidine |