DNTTIP1表达与预后关联分析
评估DNTTIP1在急性白血病中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用TCGA、TARGET和GEO公共数据集分析DNTTIP1 mRNA表达,并通过Cox回归和Kaplan-Meier生存分析评估其预后价值;在细胞系和患者样本中通过Western blot验证蛋白表达。
DNTTIP1 drives leukaemogenesis through MiDAC-mediated epigenetic silencing of BMF.
包含细胞系、原代患者样本、细胞系来源异种移植模型、鼠源白血病模型及患者来源异种移植模型等多层级验证,并整合RNA-seq、CUT&Tag、ATAC-seq等多组学及功能回补和药物联用实验。
急性白血病细胞系(RS4;11、MV4-11、THP-1、MOLM-13) B-ALL患者来源异种移植模型 AML1-ETO (AE9a) 和 MLL-AF9 小鼠急性白血病模型 急性白血病患者骨髓单个核细胞
DNTTIP1敲低或敲除对急性白血病细胞系增殖、凋亡和细胞周期的影响 DNTTIP1与HDAC1/2及SP1的物理相互作用和功能域(二聚化结构域) DNTTIP1缺失对BMF启动子区H3K27ac水平及BMF表达的影响 HDAC抑制剂(MS-275、FK228)与BCL2抑制剂ABT-199联合对患者来源细胞和PDX模型的协同效应 PARP抑制剂Olaparib加入HDACi/BCL2i联合方案在PDX模型中的增效作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估DNTTIP1在急性白血病中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用TCGA、TARGET和GEO公共数据集分析DNTTIP1 mRNA表达,并通过Cox回归和Kaplan-Meier生存分析评估其预后价值;在细胞系和患者样本中通过Western blot验证蛋白表达。
确定DNTTIP1对急性白血病细胞增殖、存活和体内致病性的影响。
使用shRNA或CRISPR/Cas9在多个白血病细胞系中敲低或敲除DNTTIP1,并通过过表达进行回补;评估细胞增殖、集落形成、凋亡、细胞周期;在细胞系来源异种移植模型和鼠源模型中评估体内白血病进展。
验证DNTTIP1与HDAC1/2的物理相互作用并确定介导该作用的功能域。
通过免疫共沉淀、邻近连接实验和GST/His pull-down实验验证相互作用;通过表达DNTTIP1截短体确定HDAC1/2相互作用所需的结构域。
鉴定受DNTTIP1-HDAC1/2轴表观遗传调控的基因,特别是参与凋亡和自噬的效应分子。
对DNTTIP1敲低和MS-275处理的细胞进行RNA-seq、ATAC-seq和CUT&Tag分析,整合多组学数据以及转录因子基序分析,以确定直接靶基因和潜在协同转录因子。
验证BMF是否是DNTTIP1介导的凋亡和自噬调控的关键下游分子。
在DNTTIP1敲低细胞中进行BMF敲低或在DNTTIP1过表达细胞中过表达BMF,检测对细胞增殖、凋亡和自噬标志物表达的影响。
评估HDAC抑制剂、BCL2抑制剂和PARP抑制剂联合方案在体外和体内的抗白血病疗效和安全性。
在细胞系和患者来源的骨髓单个核细胞中进行药物敏感性及联合指数分析;在ALL PDX模型中评估FK228、ABT-199和Olaparib单药或联合用药对肿瘤负荷、器官肿大和生存期的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | VivaCell | -- |
| DMEM培养基 | VivaCell | -- | |
| 胎牛血清 | Vazyme | -- | |
| 青霉素/链霉素 | NCM Biotech | -- | |
| 嘌呤霉素 | RHAWN | -- | |
| G-418 | MCE | -- | |
| 潮霉素B | Solarbio | -- | |
| 聚凝胺 | Biosharp | -- | |
| 患者样本分离 | Ficoll梯度离心 | TBD Sciences | -- |
| 药物处理 | 阿糖胞苷 | TargetMol | T1272 |
| 盐酸柔红霉素 | TargetMol | T1511 | |
| 阿霉素 | TargetMol | T1456 | |
| 硫酸长春新碱 | TargetMol | T1270 | |
| 维奈克拉 | Selleckchem | S8048 | |
| 恩替诺特 | Selleckchem | S1053 | |
| 替地那林 | Selleckchem | S2818 | |
| 5-氮杂胞苷 | MCE | HY-10586 | |
| 奥拉帕利 | TargetMol | T3015 | |
| Merck60 | MCE | HY-100719 | |
| RGFP966 | MCE | HY-13909 | |
| 罗米地辛 | MCE | HY-15149 | |
| 蛋白相互作用 | GST标记的HDAC1 | SignalChem | H83-30G |
| His标记的DNTTIP1 | Solarbio | P05485 | |
| GST蛋白 | MCE | HY-P70270 | |
| GST pull-down试剂盒 | Biolinkedin | IK-2004 | |
| 染色质免疫沉淀 | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Beyotime | P2083S |
| QIAquick PCR纯化试剂盒 | Qiagen | 28140 | |
| 邻近连接实验 | NaveniFlex细胞MR Red试剂盒 | Navinci | NC.MR.100 Red |
| 共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | LSM 900 | |
| 彗星实验 | 碱性彗星实验 | Beyotime | C2041M |
| 质粒包装 | PEI MAX转染试剂 | PolyScience | 24765-1 |
| OPTI-MEM培养基 | Gibco | 31985-070 | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778075 |
| 动物实验 | D-荧光素 | Gold Biotechnology | 18567-5MG |
| IndiGo成像系统 | Berthold | -- | |
| 细胞活性检测 | CellTiter-Glo细胞活力检测 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清、抗生素浓度及培养条件 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and cell culture |
| 基因敲低/敲除 | shRNA或sgRNA靶序列、载体、病毒感染及筛选药物浓度 阅读提示:Materials and Methods: Plasmid, lentivirus production and transduction; Table S3 |
| 药物处理 | 药物(ABT-199, MS-275, FK228, Olaparib)的浓度、处理时间及溶剂 阅读提示:Materials and Methods: Reagents and antibodies; Results 3.7 |
| 染色质免疫沉淀-qPCR | 抗体、交联条件、洗涤及引物序列 阅读提示:Materials and Methods: Chromatin immunoprecipitation quantitative PCR; Table S3 |
| 动物模型 | 小鼠品系、周龄、辐照剂量、细胞注射数量、给药方案及终点指标 阅读提示:Materials and Methods: Cell line-derived xenograft model, Patient-derived xenograft models; Results 3.7 |