患者样本收集与SARS-CoV-2 RNA检测
确定脑肿瘤组织中是否存在SARS-CoV-2病毒RNA。
收集72名COVID-19患者的99份组织样本,包括脑肿瘤、副癌组织、蝶窦黏膜和脑脊液,通过qRT-PCR检测病毒N和ORF1ab基因。
SARS-CoV-2 infection in brain tumors and the association with alterations in the tumor immune microenvironment.
研究包含患者样本检测(qRT-PCR、IHC)、细胞类型定位(免疫荧光)、转录组测序及通路富集分析,并进行补体激活的免疫组化验证。
脑肿瘤组织样本(颅咽管瘤、PitNETs、脑膜瘤、胶质瘤)
脑肿瘤样本中SARS-CoV-2 RNA的检测(qRT-PCR) SARS-CoV-2核衣壳蛋白的免疫组化检测 免疫细胞浸润密度(CD68、CD3、CD4、CD8、CD20) 补体成分(C1q、C3)的沉积 SARS-CoV-2受体表达(ACE2、TMPRSS2、CD147、NRP1)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定脑肿瘤组织中是否存在SARS-CoV-2病毒RNA。
收集72名COVID-19患者的99份组织样本,包括脑肿瘤、副癌组织、蝶窦黏膜和脑脊液,通过qRT-PCR检测病毒N和ORF1ab基因。
确认病毒蛋白在肿瘤组织中的表达,并探究病毒进入细胞的潜在受体。
使用免疫组化检测SARS-CoV-2核衣壳蛋白,使用免疫荧光检测ACE2、TMPRSS2、CD147、NRP1的表达,并通过共染色验证病毒蛋白在肿瘤细胞和内皮细胞中的定位。
比较SARS-CoV-2阳性和阴性脑肿瘤中免疫细胞浸润的差异。
使用IHC检测CD68、CD3、CD4、CD8、CD20等免疫细胞标志物,并定量分析阳性细胞密度。
揭示SARS-CoV-2阳性肿瘤中基因表达变化和富集的信号通路。
对16个脑肿瘤样本进行RNA-seq,进行GO和KEGG富集分析及GSEA分析。
验证SARS-CoV-2阳性肿瘤中补体级联的激活及其与免疫浸润的关系。
通过IHC检测C1q、C3、IgG、IgM的沉积,并通过多重免疫荧光分析补体成分与CD68+巨噬细胞和CD8+ T细胞的共定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | RNeasy微型试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| 组织染色 | 封片剂 | ZSGB-BIO | ZLI-9516 |
| 组织扫描 | KFbio扫描仪 | -- | KF-PRO-020 |
| 免疫荧光 | Branch TSA四色组合试剂盒 | TissueGnostics | -- |
| DAPI | Solarbio | -- | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| Nanodrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| mRNA纯化试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| Illumina Hiseq 4000测序仪 | Illumina | -- | |
| 标记抗体 | 抗SARS-CoV-2核衣壳蛋白抗体 | Sino Biological | 40143-MM05 |
| 抗NRP1抗体 | Proteintech | 60067-1-Ig | |
| 兔抗CD31抗体 | Cell Signaling Technology | 77699S | |
| 兔抗ACE2抗体 | Sino Biological | 10108-T24 | |
| 兔抗TMPRSS2抗体 | Proteintech | 14437-1-AP | |
| 小鼠抗CD147/BSG抗体 | Proteintech | 66443-1-Ig | |
| 抗CD3抗体 | CST | 85061s | |
| 抗CD4抗体 | Abcam | ab133616 | |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab93278 | |
| 抗CD8抗体 | Proteintech | 66868-1-Ig | |
| 抗CD20抗体 | Abcam | ab9475 | |
| 抗CD68抗体 | CST | 76437s | |
| 抗C3抗体 | Huabio | ET7106-75 | |
| 抗C1q抗体 | Huabio | HA721439 | |
| 抗IgG抗体 | ZSGB-BIO | ZA-0448 | |
| 抗IgM抗体 | ZSGB-BIO | ZA-0450 | |
| 抗TTF1抗体 | Proteintech | 66034-1-Ig | |
| 兔抗GFAP抗体 | Proteintech | 16825-1-AP | |
| 抗MUC1抗体 | Huabio | HA601142 | |
| 抗panCK抗体 | Huabio | HA601138 | |
| 抗PD-1抗体 | Proteintech | 18106-1-AP | |
| 抗IFN-γ抗体 | Abcam | AB231036 | |
| 抗FOXP3抗体 | Proteintech | 22228-1-AP | |
| 数据处理软件 | QuPath | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | COVID-19确诊时间、脑肿瘤类型、样本数量 阅读提示:Methods: Patients and samples |
| 病毒RNA检测 | qRT-PCR靶基因、阳性判断标准(CT值) 阅读提示:Methods: RNA extraction and SARS-CoV-2 RNA quantification |
| 免疫组化 | 抗原修复条件、抗体稀释度、染色定量方法 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry (IHC) and immunofluorescence assay (IFA) |
| 免疫细胞定量 | 标志物、随机视野数、定量方法 阅读提示:Methods: Quantification of immune cells |
| RNA-seq分析 | 分析方法、参考基因组、差异表达阈值 阅读提示:Methods: Bulk RNA sequencing and data analysis |
| 补体检测 | 抗体、染色强度定量 阅读提示:Methods: Antibodies and reagents; Results: Complement activation |