基于组织学图像和深度学习的弥漫性大B细胞淋巴瘤的临床病理特征及总生存期和2年内死亡的预测

Clinicopathological Characteristics and Prediction of Overall Survival and Death Within 2 Years in Diffuse Large B-Cell Lymphoma Based on Histological Images and Deep Learning.

作者信息Joaquim Carreras
PMID42193459
发布时间2026-05-17
DOI10.3390/biomedicines14051134

实验完整度

包含患者队列、组织芯片和免疫组化分析,以及深度学习模型构建和验证,涉及体外细胞实验和动物模型缺失,但多层级验证充分。

主要模型

弥漫性大B细胞淋巴瘤患者队列(114例) 反应性淋巴组织病例(44例) DLBCL组织微阵列和H&E染色切片

重点核对

总生存期拐点:2年(24个月)分组依据 CNN模型:DarkNet-19,训练集70%、验证集10%、测试集20% 图像预处理:20倍放大,150 dpi,224×224×3像素块 免疫组化标志物:CD10、BCL2、EBER、IL10、PD-L1、CD163、E2F1 排除标准:排除随访不足2年的存活病例

摘要

背景:弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是最常见的淋巴瘤之一。迄今为止,仅使用苏木精-伊红(H&E)组织学图像无法识别哪些DLBCL患者具有侵袭性临床病程。方法:本研究使用H&E图像、计算机视觉和深度学习预测DLBCL的预后。该系列包括114例DLBCL病例,根据总生存期分为两个预后组,以及44例反应性淋巴组织病例。结果:曲线拟合和斜率分析显示在2年(24个月)处有一个拐点,将具有侵袭性临床病程的患者(“2年内死亡”,b1 = −0.024)与其余具有中度临床病程的患者(“其他”,b1 = −0.003)区分开来。使用了20种不同的卷积神经网络(CNN),并应用了可解释人工智能(XAI)。基于DarkNet-19的最终模型以高性能预测预后组(测试集准确率=96.3%)。其他性能参数为精确率(94.5%)、召回率(95.0%)、假阳性率(3.1%)、特异度(96.9%)和F1分数(94.7%)。XAI,包括grad-CAM、遮挡敏感性和image-LIME,证实CNN关注了正确的区域。还成功进行了混合划分以防止信息泄漏,基于患者的分析,DLBCL与44例反应性淋巴组织之间的图像分类,以及超参数调整。与临床病理特征的相关性发现,2年内死亡组与III–IV期、国际预后指数(IPI)高+高中危、疾病进展、非GCB细胞起源、CD10−、BCL2+和EB病毒(EBER)+相关。对微环境、免疫检查点、细胞周期和生发中心标志物的分析显示,2年内死亡组的IL10、PD-L1和CD163水平更高,E2F1蛋白表达更低。在定量水平上,Ki67、CSF1R、CASP8、TNFAIP8、LMO2、MYC、MDM2、CDK6和TP53标志物没有发现差异。结论:可以使用H&E组织学图像和深度学习,利用2年(24个月)时间点(类似于POD24)预测DLBCL的总生存期。该训练的CNN未来可用作迁移学习的预训练模型。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
是否仅使用H&E组织学图像和深度学习即可预测DLBCL患者的预后(总生存期),并识别具有侵袭性临床病程的患者。
核心机制
2年内死亡组与较高的IL10、PD-L1和CD163水平以及较低的E2F1表达相关,表明免疫抑制性微环境和细胞周期调控异常可能参与侵袭性病程。
主要证据
基于114例DLBCL和44例反应性淋巴组织,使用20种CNN进行图像分类,DarkNet-19模型在测试集准确率达96.3%,并通过XAI确认关注区域;免疫组化分析显示2年内死亡组与特定标志物相关。
研究意义
该研究证明仅基于H&E图像和深度学习可预测DLBCL总生存期,所训练的CNN可用作未来迁移学习的预训练模型。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

患者队列建立与生存曲线分析

确定总生存期曲线中的拐点,并定义预后分组。

包括114例DLBCL患者和44例反应性淋巴组织病例,使用Kaplan-Meier曲线和曲线估计确定2年拐点,将患者分为“2年内死亡”和“其他”两组。

2

H&E图像预处理和数据集划分

准备适合CNN输入的图像补丁,并划分训练、验证和测试集。

将H&E染色切片数字化,提取肿瘤区域,分割为224×224×3像素补丁,过滤不合格补丁,并按70%训练、10%验证、20%测试划分。

3

CNN模型训练与性能评估

评估不同CNN架构在预测预后组中的性能,并选择最佳模型。

使用20种预训练CNN(包括DarkNet-19)进行迁移学习,训练并评估准确率、精确率、召回率等指标,DarkNet-19表现最佳。

4

XAI可解释性分析

验证CNN模型关注的图像区域是否与病理学相关。

使用Grad-CAM、遮挡敏感性和image-LIME分析DarkNet-19模型关注的区域,确认其聚焦于肿瘤性B淋巴细胞。

5

临床病理特征与免疫微环境分析

分析两组间的临床病理特征和免疫标志物差异,以解释预后差异。

对两组进行免疫组化分析,包括临床特征、病理特征、免疫微环境标志物(IL10、PD-L1、CD163)和细胞周期标志物(E2F1),并进行相关性分析。

6

混合划分和患者水平分析

评估模型是否存在信息泄漏,并验证模型在患者水平上的泛化能力。

使用混合划分策略,将测试集2设为患者水平,排除8例随访不足2年的存活者,重新训练DarkNet-19,并评估患者水平分类性能。

7

反应性淋巴组织三分类分析

区分DLBCL(分两组)和反应性淋巴组织,提高鉴别诊断能力。

将44例反应性淋巴组织加入数据集,训练DarkNet-19进行三分类,测试集准确率为99.7%。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

验证样本或模型特征
验证分子表达变化
评估体内效果
数据分析与统计

产品清单

实验环节名称品牌货号
NanoZoomer S360Hamamatsu Photonics K.K.C13220-01
PhotoScape--v3.7
NDP.viewHamamatsu Photonics K.K.2.9.29 (RUO) 2022/01/14
MATLAB--R2023b Update 10 (23.2.0.2859533)
IBM SPSS StatisticsIBMversion 27 (Release 27.0.1.0)
Leica Bond-Max 系统Leica--
Fiji 软件--ImageJ version 1.54f
CD3 抗体Novocastra (Leica)LN10
CD20 抗体Novocastra (Leica)L26
CD5 抗体Novocastra (Leica)4C7
CD10 抗体Novocastra (Leica)56C6
BCL6 抗体Novocastra (Leica)LN22
MUM1/IRF4 抗体Novocastra (Leica)EAU32
BCL2 抗体Novocastra (Leica)Bcl2/10/D5
EBER 探针Novocastra (Leica)BP0589/AR0833
Ki67 抗体Novocastra (Leica)MM1
IL10 抗体Lifespan BioscienceLS-B7432
PD-L1 (CD274) 抗体Cell SignalingE1J2
CSF1R 抗体CNIOFER216
CD163 抗体Novocastra (Leica)10D6
CASP8 抗体Novocastra11B6
TNFAIP8 抗体Sino Biological14559-MM0
LMO2 抗体CNIO299B
MYC 抗体AbcamY69
MDM2 抗体InvitrogenIF2
CDK6 抗体CNIO98D
E2F1 抗体CNIOAgro368V
TP53 抗体Novocastra (Leica)DO-7

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
患者队列与样本
DLBCL病例数(114例)、反应性淋巴组织病例数(44例)、组织芯片构建、样本大小(>5mm)
阅读提示:Section 2.1 Patients and Samples
生存分析
总生存期曲线拐点(2年/24个月)、分组定义(2年内死亡 vs 其他)、曲线拟合参数(b1值)
阅读提示:Section 2.2 Overall Survival Curve Analysis, Table 1, Figure 1
图像预处理
切片扫描仪型号、放大倍数(20×)、分辨率(150 dpi)、图像补丁大小(224×224×3)、过滤标准(补丁大小、组织比例、诊断区域、无伪影)
阅读提示:Section 2.4 Deep Learning Image Classification, Figure 4-6
深度学习模型
CNN架构(DarkNet-19等20种)、训练/验证/测试集划分比例(70/10/20)、训练超参数(初始学习率0.001、max epochs 5、优化器sgdm、minibatch size 128)
阅读提示:Section 2.4, Table 3 and 4, Appendix H
XAI分析
XAI技术(Grad-CAM、遮挡敏感性、image-LIME)、用于可视化分类依据
阅读提示:Section 3.1.1, Figure 13-14
免疫组化分析
抗体克隆号、公司、染色条件(使用Leica Bond-Max系统)、定量方法(Fiji软件)
阅读提示:Appendix B, Table A1
混合划分与患者水平分析
排除8例随访不足2年的存活者、测试集2患者水平(10例)、ROC最佳截断值(77%)
阅读提示:Section 3.3, Figure 20-21, Table 7