单细胞转录组分析
描绘lncRNA在人类胎盘滋养层中的动态表达图谱,鉴定细胞类型和妊娠阶段特异性的lncRNA。
对早孕期和足月胎盘样本进行snRNA-seq,鉴定滋养层亚型,分析lncRNA表达、RNA velocity、拟时间轨迹。
Single-cell analysis reveals essential lncRNAs regulating human trophoblast lineage differentiation.
包含snRNA-seq多组学分析、hTSC体外敲低功能验证、类器官及小鼠体内模型,并验证表观机制(ChIP-qPCR)。
人胎盘组织(早孕期及足月) 人滋养层干细胞(hTSC) 滋养层类器官(TOs) BALB/c裸鼠移植模型
hTSC培养条件:IV型胶原蛋白包被、TSM培养基(含EGF、CHIR99021等)、5% O2 EVT分化条件:EVT培养基(含NRG1、A83-01、Y27632、KSR)、Matrigel添加 STB分化条件:STB培养基(含forskolin、KSR、Y27632)及时间点(Day 6) lncRNA敲低:shRNA慢病毒载体pLKO.1-TRC,puromycin筛选 ChIP-qPCR:H3K4me3、H3K27me3、H3K9ac抗体
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘lncRNA在人类胎盘滋养层中的动态表达图谱,鉴定细胞类型和妊娠阶段特异性的lncRNA。
对早孕期和足月胎盘样本进行snRNA-seq,鉴定滋养层亚型,分析lncRNA表达、RNA velocity、拟时间轨迹。
探究lncRNA与其邻近蛋白质编码基因的表达相关性及基因组构型。
将基因组划分为5-kb窗口,分析lncRNA-PCG共表达,分类基因组构型,并验证于外部数据集。
评估lncRNA对滋养层自我更新、分化和基因表达的影响。
在hTSC中通过shRNA敲低ECEL1P2、SEMA3B-AS1、MYCNUT/MYCNOS,检测细胞增殖、周期、凋亡、EMT、合体化等。
检测lncRNA敲低后靶基因启动子区域组蛋白修饰的变化,验证顺式调控机制。
使用ChIP-qPCR检测H3K4me3、H3K27me3和H3K9ac在靶基因区域的富集。
评估ECEL1P2在体内对滋养层干细胞的维持和增殖的影响。
将对照或ECEL1P2敲低的hTSC皮下注射到裸鼠,一周后收集病灶,进行KRT7免疫组化分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11320033 |
| 胎牛血清 | Gibco | 16000-044 | |
| IV型胶原蛋白 | Sigma-Aldrich | C7521 | |
| CHIR99021 | Selleck Chemicals | S2924 | |
| A83-01 | Selleck Chemicals | S7692 | |
| SB431542 | Selleck Chemicals | S1067 | |
| 丙戊酸 | Sigma-Aldrich | PHR1061-1G | |
| Y27632 | Selleck Chemicals | S1049 | |
| TrypLE消化液 | Thermo Fisher Scientific | 12604021 | |
| 表皮生长因子 | PeproTech | AF-100-15 | |
| EVT分化 | 神经调节蛋白1 | Sino Biological | 13499-H08H-100 |
| Matrigel基质胶 | Corning | 356231 | |
| STB分化 | 毛喉素 | Selleck Chemicals | S2449 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | MCE | HY-K0301 |
| 流式细胞术 | APC偶联抗CDH1抗体 | BioLegend | 147311 |
| APC偶联抗EGFR抗体 | BioLegend | 352906 | |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | Beyotime | ST511 |
| 核糖核酸酶A | TIANGEN | RT405 | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| EdU实验 | 叠氮化物647 | Beyotime | C0081S |
| DAPI | Beyotime | C1002 | |
| qRT-PCR | RNAiso plus | Takara | 9109 |
| 5× All-In-One 逆转录预混液 | ABM | G490 | |
| SYBR Premix Ex Taq II | Takara | RR820B | |
| 免疫荧光 | 抗TP53抗体 | Santa Cruz | sc126 |
| 抗γH2A.X抗体 | Abcam | ab81299 | |
| 抗Ki67抗体 | Cell Signaling Technology | 9129T | |
| 抗TP63抗体 | Abcam | ab124762 | |
| 抗SDC1抗体 | Proteintech | 67155-1-Ig | |
| 抗CGB抗体 | Abcam | ab9582 | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 31955 | |
| 抗HLA-G抗体 | Abcam | ab52454 | |
| 抗MMP2抗体 | Cell Signaling Technology | 40994 | |
| 抗EPCAM抗体 | Invitrogen | MA512436 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04693132001 | |
| SDS-PAGE凝胶 | Epizyme | PG112 | |
| PVDF膜 | Millipore Sigma | IPVH00010 | |
| 抗CDK1抗体 | Santa Cruz | sc-54 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004 | |
| SuperSignal West Pico PLUS 化学发光底物 | Thermo Scientific | 34580 | |
| 体内实验 | 抗KRT7抗体 | Abcam | ab68459 |
| ChIP-qPCR | 抗H3K4me3抗体 | Cell Signaling Technology | 9751S |
| 抗H3K27me3抗体 | Diagenode | C15410195 | |
| 抗H3K9ac抗体 | Abcam | ab4441 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞转录组分析 | snRNA-seq数据来源(GSE247038),质控参数(UMI 3,500-50,000,基因1,500-5,000,线粒体<5%),聚类分辨率0.7 阅读提示:Methods:snRNA-seq processing and analysis |
| hTSC培养 | 包被IV型胶原蛋白浓度(5 μg/mL),细胞接种密度(8×10^4-10×10^4),培养条件(5% O2、37°C),培养基组分(EGF 50 ng/mL、CHIR99021 2 μM、A83-01 0.5 μM等) 阅读提示:Methods:Culture of hTSC |
| lncRNA敲低 | shRNA靶序列(Table S2),慢病毒包装(psPAX2、pMD2.G、Vigofect),感染时间(6-8h),puromycin筛选浓度(1 μg/mL) 阅读提示:Methods:Plasmid and cell line construction |
| EVT分化 | EVT培养基组分(NRG1 100 ng/mL、A83-01 7.5 mM、Y27632 2.5 mM、KSR 4%、Matrigel 2%),时间点(Day 3换液,Day 6传代,培养至Day 8) 阅读提示:Methods:Differentiation of hTSC |
| STB分化 | STB-2D/3D培养基组分(forskolin 2 μM、KSR 4%、Y27632 2.5 μM等),培养时间(Day 3换液,Day 6收集) 阅读提示:Methods:Differentiation of hTSC |