临床样本相关性分析
验证ANKRD49与EMT标志物在LUAD组织中的相关性
对89例LUAD组织微阵列进行IHC染色,分析ANKRD49与E-cadherin、α-SMA、TGF-β1和PKNOX1的表达及相关性。
ANKRD49 promotes the epithelial-mesenchymal transition of non-small cell lung cancer via the PKNOX1/TGF-β1/SMAD axis.
包含体外细胞模型、体内异种移植和肺转移模型、人组织样本分析,并通过功能验证和机制研究(ChIP、Co-IP等)确认。
A549细胞(肺腺癌细胞系) H1299细胞(大细胞肺癌细胞系) BALB/c裸鼠异种移植模型
ANKRD49过表达和敲低稳定细胞系的构建 TGF-β1刺激浓度(10 ng/mL)和处理时间(24小时) Galunisertib处理浓度(5 µM) 细胞系:A549、H1299和HEK293T;动物模型:BALB/c裸鼠(每组n=5)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ANKRD49与EMT标志物在LUAD组织中的相关性
对89例LUAD组织微阵列进行IHC染色,分析ANKRD49与E-cadherin、α-SMA、TGF-β1和PKNOX1的表达及相关性。
验证ANKRD49对EMT的影响
使用ANKRD49过表达或敲低的A549和H1299细胞,通过RT-qPCR和Western blot检测EMT标志物表达。
验证ANKRD49在体内对EMT和转移的影响
通过尾静脉注射或皮下注射ANKRD49过表达或对照细胞到BALB/c裸鼠,检测肺转移和皮下肿瘤的EMT标志物。
验证ANKRD49是否激活TGF-β/SMAD信号通路
通过Western blot检测SMAD2/3磷酸化,ELISA检测TGF-β1分泌,荧光素酶报告实验检测SMAD转录活性。
验证PKNOX1是否直接结合TGF-β1启动子并调控其转录
通过荧光素酶报告实验和ChIP-qPCR验证PKNOX1结合TGF-β1启动子区域并激活转录,以及ANKRD49增强此作用。
验证ANKRD49与PKNOX1的物理相互作用
通过Co-IP和免疫荧光显微镜检测ANKRD49与PKNOX1的相互作用和共定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A培养基 | Boster Biological Technology | PYG0025 |
| RPMI 1640培养基 | Boster Biological Technology | PYG0006 | |
| DMEM培养基 | Boster Biological Technology | PYG0073 | |
| 胎牛血清 | TIANHANG Biological Technology | 11011-8611 | |
| RNA提取和实时PCR | 快速总RNA提取试剂盒 | Seven Biotech | SM130-01 |
| 快速两步RT&qPCR试剂盒 | Seven Biotech | SRQ-01 | |
| 实时PCR | QuantStudio 3实时荧光定量PCR系统 | 文中未明确说明 | -- |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Boster Biological Technology | AR0197 |
| 抗ANKRD49抗体 | Protein Tech | 25034-1-AP | |
| 抗PKNOX1抗体 | Protein Tech | 10614-1-AP | |
| 抗Twist抗体 | Protein Tech | 25465-1-AP | |
| 抗E-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3195S | |
| 抗EpCAM抗体 | Cell Signaling Technology | 93790 | |
| 抗N-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 13116 | |
| 抗ZEB1抗体 | Cell Signaling Technology | 70512 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 5741S | |
| 抗Slug抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-166476 | |
| 抗Snail抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2719777 | |
| 抗α-SMA抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-53142 | |
| 抗TGF-β1抗体 | Boster Biological Technology | BA0290 | |
| 抗SMAD2抗体 | Sangon Biotech | D155233 | |
| 抗SMAD3抗体 | Sangon Biotech | D161451 | |
| 抗磷酸化SMAD2抗体 | ABclonal | AP0269 | |
| 抗磷酸化SMAD3抗体 | Beyotime Biotechnology | AF1759 | |
| 微管蛋白单克隆抗体 | Cohesion Biosciences | CPA9126 | |
| GAPDH单克隆抗体 | Bioss Biotechnology | bsm-33033M | |
| 增强型ECL检测试剂 | Meilunbio | MA0186 | |
| AlphaImager MINI成像系统 | ProteinSimple | -- | |
| 免疫组化 | 小鼠/兔IgG-SABC即用型免疫组化试剂盒 | Boster Biological Technology | SA1020 |
| 细胞组分提取 | 亚细胞蛋白质组提取试剂盒 | Boster Biological Technology | AR0106 |
| ELISA | TGF-β1 ELISA试剂盒 | NeoBioscience | EHC107b |
| 荧光素酶报告实验 | pSBE4-TA-Luc报告质粒 | Beyotime Biotechnology | D4320 |
| pGL3-basic载体 | 文中未明确说明 | BioVector1058 17-1 | |
| LipoFiter 3.0转染试剂 | Hanbio | RLF3-1000 | |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime | RG027 | |
| ChIP | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P2078 |
| 免疫荧光 | pDsRed2-N1载体 | Clontech | 632406 |
| pEGFP-N1载体 | Clontech | 6085-1 | |
| Co-IP | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0040 |
| 药物处理 | 重组人TGF-β1 | SinoBiological | 10804-HNAC |
| 加鲁尼塞替 | 文中未明确说明 | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源:A549、H1299和HEK293T;培养基类型和血清浓度 阅读提示:见Methods中'Cell lines and construction of stable cell lines' |
| 稳定细胞系构建 | ANKRD49过表达和敲低的质粒、转染方法及筛选标记 阅读提示:见Methods中'Cell lines and construction of stable cell lines' |
| 体外EMT诱导 | TGF-β1浓度和处理时间 阅读提示:见Results中'ANKRD49 cooperates with TGF-β1 signaling to induce full EMT' |
| Western blot | 抗体品牌、稀释比例和货号;上样量;封闭条件 阅读提示:见Methods中'Western blot' |
| 动物实验 | 小鼠品系、性别、周龄、每组数量;细胞注射数量和途径;肿瘤体积测量公式 阅读提示:见Methods中'Animal experiments' |
| 荧光素酶报告实验 | 质粒构建(启动子片段、突变体);转染量(报告质粒0.5 μg、表达质粒0.25 μg、内参0.05 μg);检测时间 阅读提示:见Methods中'Luciferase reporter assay' |
| ChIP实验 | 抗体(Flag抗体)、细胞处理和交联条件;qPCR引物 阅读提示:见Methods中'Chromatin immunoprecipitation assay' |
| Co-IP实验 | 质粒共转染量、裂解缓冲液、抗体量 阅读提示:见Methods中'Co-immunoprecipitation' |