斑马鱼胚胎PFAS暴露及行为学评估
评估六种PFAS对斑马鱼社会行为发育的影响,确定其神经发育毒性。
将斑马鱼胚胎从3 hpf至3 dpf暴露于不同浓度的PFAS,于23 dpf使用Fishbook assay进行社会行为测试。
Proteome-wide reverse molecular docking reveals folate receptor as a mediator of PFAS-induced neurodevelopmental toxicity.
研究包含体外细胞行为模型、计算机模拟对接、体外蛋白结合(PISA)、体内靶向代谢组学和CRISPR敲除验证,以及叶酸挽救实验,证据层级多且含功能验证。
斑马鱼胚胎(AB品系) 重组人FR-β蛋白 重组小鼠FR-β蛋白
PFAS暴露浓度:PFNA 0.78-200 μM,PFOA 3.125-1600 μM,PFOS 0.25-12 μM,PFHxS 3.125-400 μM,PFBS 3.125-1600 μM,GenX 1.56-1600 μM 暴露时间:3 hpf至3 dpf 行为测试时间:23 dpf Fishbook assay PISA实验:重组蛋白与药物孵育30分钟,温度梯度34-66°C 靶向代谢组学:PFOS 10 μM,0-3 dpf,n=20幼鱼/样本,n=4样本/组
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估六种PFAS对斑马鱼社会行为发育的影响,确定其神经发育毒性。
将斑马鱼胚胎从3 hpf至3 dpf暴露于不同浓度的PFAS,于23 dpf使用Fishbook assay进行社会行为测试。
预测PFAS在人类蛋白质组中的潜在结合靶标。
使用HProteome-BSite数据库预测的结合口袋,对六种PFAS进行反向分子对接,并筛选共同高亲和力靶标。
验证PFAS与叶酸受体家族的结合亲和力。
使用PDB结构进行分子对接,比较PFAS与叶酸对FOLR2和FOLR1的结合能。
验证PFNA、PFOA和PFOS是否直接结合FR-β蛋白。
使用重组人/小鼠FR-β蛋白与PFAS孵育,进行温度梯度处理,通过dot blot检测可溶性蛋白变化。
检测PFOS暴露对斑马鱼幼鱼叶酸及THF水平的影响。
暴露于10 μM PFOS或乙醇对照的斑马鱼幼鱼在3 dpf收集,用LC-MS/MS检测细胞内叶酸和THF水平。
验证叶酸受体缺失是否导致社会缺陷。
通过CRISPR/Cas9敲除斑马鱼folr基因,使用Fishbook assay评估F0突变体的社会行为。
验证叶酸共暴露是否可挽救PFAS诱导的社会缺陷。
将斑马鱼胚胎与PFAS(400 μM PFNA、1600 μM PFOA或10 μM PFOS)和不同浓度叶酸(3.125 μM至200 μM)共暴露至3 dpf,于23 dpf进行Fishbook测试。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 化学暴露 | 全氟辛酸 | Cayman Chemical | 335-67-1 |
| 全氟壬酸 | Cayman Chemical | 375-95-1 | |
| 全氟己烷磺酸 | Cayman Chemical | 355-46-4 | |
| 全氟丁烷磺酸 | Cayman Chemical | 375-73-5 | |
| 叶酸 | Cayman Chemical | 59-30-3 | |
| 全氟(2-甲基-3-氧杂己酸)铵 | Sigma-Aldrich | 62037-80-3 | |
| 反向分子对接 | AutoDock Vina | -- | -- |
| Open Babel | -- | -- | |
| CRISPR-Cas9 | Spy Cas9 核定位序列 | New England Biolabs | -- |
| Phusion 热启动Flex DNA聚合酶 | New England Biolabs | -- | |
| MEGAscript SP6转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Zymo Clean and Concentrator-5试剂盒 | Zymo Research | -- | |
| Zymo RNA Clean and Concentrator-5试剂盒 | Zymo Research | -- | |
| PISA | 抗His标签抗体 | SinoBiological | 105327-MM02T |
| HRP标记二抗 | Jackson ImmunoResearch | -- | |
| ECL底物 | Bio-Rad | -- | |
| iBright成像系统 | Invitrogen | -- | |
| 重组人FR-β蛋白 | ProSpec | PRO-2673 | |
| 重组小鼠FR-β蛋白 | Antibodies-Online | ABIN7274670 | |
| 靶向代谢组学 | Agilent 1290 UPLC-6490 QQQ质谱仪 | Agilent | -- |
| Waters XBridge BEH Amide色谱柱 | Waters Corporation | -- | |
| 甲醇 | Fisher Scientific | -- | |
| 醋酸铵 | Fisher Scientific | -- | |
| 乙酸 | Fisher Scientific | -- | |
| 氢氧化铵 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | GE Healthcare Life Sciences | -- | |
| Bullet Blender匀浆器 | Next Advance | -- | |
| CentriVap浓缩仪 | Labconco | -- | |
| 斑马鱼饲养 | HEPES缓冲E3培养基 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PFAS暴露 | PFAS浓度、暴露时间(3 hpf至3 dpf)、溶剂对照 阅读提示:Methods: Chemical exposure |
| 行为学测试 | Fishbook assay装置、测试时间(23 dpf)、社会分数计算方法 阅读提示:Methods: Fishbook assay |
| 反向分子对接 | 数据库版本、对接软件、结合能阈值、口袋筛选方法 阅读提示:Methods: Reverse molecular docking screen and molecular docking validation |
| PISA分析 | 蛋白浓度、化合物浓度、孵育时间、温度梯度范围、离心条件 阅读提示:Methods: Proteome integral solubility alteration (PISA) assay |
| 靶向代谢组学 | 样本量(n=20/组)、LC-MS/MS条件、内标 阅读提示:Methods: Targeted Metabolomics by LC-MS/MS |
| CRISPR敲除 | sgRNA序列、注射浓度、注射体积 阅读提示:Methods: CRISPR-Cas9 gene knockout |
| 叶酸挽救 | PFAS浓度、叶酸浓度范围、暴露时间 阅读提示:Methods: Chemical exposure; Figure 5 |