蛋白质组-wide 反向分子对接揭示叶酸受体作为PFAS诱导的神经发育毒性的介质

Proteome-wide reverse molecular docking reveals folate receptor as a mediator of PFAS-induced neurodevelopmental toxicity.

作者信息Ally Xinyi Kong, Maja Johnson, Jinhua Chi, Aiden F Eno, Khoa Pham, Ping Zhang, Haiwei Gu, Yijie Geng
PMID41990651
发布时间2026-05-15
DOI10.1016/j.jhazmat.2026.142012

实验完整度

研究包含体外细胞行为模型、计算机模拟对接、体外蛋白结合(PISA)、体内靶向代谢组学和CRISPR敲除验证,以及叶酸挽救实验,证据层级多且含功能验证。

主要模型

斑马鱼胚胎(AB品系) 重组人FR-β蛋白 重组小鼠FR-β蛋白

重点核对

PFAS暴露浓度:PFNA 0.78-200 μM,PFOA 3.125-1600 μM,PFOS 0.25-12 μM,PFHxS 3.125-400 μM,PFBS 3.125-1600 μM,GenX 1.56-1600 μM 暴露时间:3 hpf至3 dpf 行为测试时间:23 dpf Fishbook assay PISA实验:重组蛋白与药物孵育30分钟,温度梯度34-66°C 靶向代谢组学:PFOS 10 μM,0-3 dpf,n=20幼鱼/样本,n=4样本/组

摘要

全氟和多氟烷基物质(PFAS)是一类持久性化学品,具有广泛使用和环境持久性,其对人畜健康的有害影响已受到越来越多的研究。几种主要的PFAS物种与神经发育毒性有关。例如,流行病学研究已将产前暴露于全氟辛酸(PFOA)和全氟壬酸(PFNA)与自闭症风险联系起来。然而,主要PFAS物种的神经发育毒性尚未在动物模型中系统评估,其分子机制仍不清楚。利用高通量斑马鱼社会行为模型,我们筛选了美国环境保护署(EPA)目前监管的六种主要PFAS物种,包括PFOA、PFNA、全氟辛烷磺酸(PFOS)、全氟己烷磺酸(PFHxS)、全氟丁烷磺酸(PFBS)和六氟环氧丙烷二聚酸铵盐(GenX)。我们发现胚胎暴露于PFNA、PFOA和PFOS可诱导斑马鱼的社会缺陷,重现了自闭症个体的标志性行为缺陷之一。为了系统识别PFAS的潜在分子靶标,我们应用了蛋白质组范围的反向分子对接策略,该策略针对人类结构蛋白质组中的预测结合口袋筛选小分子。利用这种方法,我们筛选了一个包含超过80%的人类3D蛋白质组预测结合口袋的虚拟库。筛选预测叶酸受体β(FR-β,由FOLR2基因编码)与PFNA、PFOA和PFOS强烈相互作用,但PFHxS、PFBS和GenX与之作用较弱,与其体内毒性正相关。这些预测通过计算机模拟分子对接、体外蛋白质结合分析和体内靶向代谢组学及功能缺失验证得到验证。此外,胚胎共同暴露于叶酸可有效挽救PFAS引起的社会缺陷。总之,这些结果证明了蛋白质组范围的反向对接作为发现环境毒物分子靶标的强大策略的实用性,并确定叶酸途径是PFAS诱导的神经发育毒性的潜在机制。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
六种EPA监管的PFAS是否具有不同的神经发育毒性,其分子靶标和机制是什么?
核心机制
PFNA、PFOA和PFOS通过结合叶酸受体β(FOLR2)干扰叶酸转运,导致叶酸代谢受阻,进而引起社会行为缺陷。
主要证据
斑马鱼行为实验显示PFNA、PFOA和PFOS呈剂量依赖性降低社会分数;反向分子对接和体外PISA证明药物结合FOLR2;靶向代谢组学显示PFOS暴露降低THF水平;CRISPR敲除folr引起社会缺陷;叶酸共暴露挽救PFAS诱导的行为缺陷。
研究意义
研究揭示了PFAS神经发育毒性的叶酸受体机制,提示叶酸补充可能作为预防策略,并展示蛋白质组范围反向对接在环境毒理学中的应用价值。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

斑马鱼胚胎PFAS暴露及行为学评估

评估六种PFAS对斑马鱼社会行为发育的影响,确定其神经发育毒性。

将斑马鱼胚胎从3 hpf至3 dpf暴露于不同浓度的PFAS,于23 dpf使用Fishbook assay进行社会行为测试。

2

蛋白质组范围反向分子对接

预测PFAS在人类蛋白质组中的潜在结合靶标。

使用HProteome-BSite数据库预测的结合口袋,对六种PFAS进行反向分子对接,并筛选共同高亲和力靶标。

3

计算机模拟对接验证

验证PFAS与叶酸受体家族的结合亲和力。

使用PDB结构进行分子对接,比较PFAS与叶酸对FOLR2和FOLR1的结合能。

4

体外蛋白结合分析(PISA)

验证PFNA、PFOA和PFOS是否直接结合FR-β蛋白。

使用重组人/小鼠FR-β蛋白与PFAS孵育,进行温度梯度处理,通过dot blot检测可溶性蛋白变化。

5

体内靶向代谢组学分析

检测PFOS暴露对斑马鱼幼鱼叶酸及THF水平的影响。

暴露于10 μM PFOS或乙醇对照的斑马鱼幼鱼在3 dpf收集,用LC-MS/MS检测细胞内叶酸和THF水平。

6

CRISPR-Cas9基因敲除验证

验证叶酸受体缺失是否导致社会缺陷。

通过CRISPR/Cas9敲除斑马鱼folr基因,使用Fishbook assay评估F0突变体的社会行为。

7

叶酸共暴露挽救实验

验证叶酸共暴露是否可挽救PFAS诱导的社会缺陷。

将斑马鱼胚胎与PFAS(400 μM PFNA、1600 μM PFOA或10 μM PFOS)和不同浓度叶酸(3.125 μM至200 μM)共暴露至3 dpf,于23 dpf进行Fishbook测试。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
全氟辛酸Cayman Chemical335-67-1
全氟壬酸Cayman Chemical375-95-1
全氟己烷磺酸Cayman Chemical355-46-4
全氟丁烷磺酸Cayman Chemical375-73-5
叶酸Cayman Chemical59-30-3
全氟(2-甲基-3-氧杂己酸)铵Sigma-Aldrich62037-80-3
AutoDock Vina----
Open Babel----
Spy Cas9 核定位序列New England Biolabs--
Phusion 热启动Flex DNA聚合酶New England Biolabs--
MEGAscript SP6转录试剂盒Thermo Fisher Scientific--
Zymo Clean and Concentrator-5试剂盒Zymo Research--
Zymo RNA Clean and Concentrator-5试剂盒Zymo Research--
抗His标签抗体SinoBiological105327-MM02T
HRP标记二抗Jackson ImmunoResearch--
ECL底物Bio-Rad--
iBright成像系统Invitrogen--
重组人FR-β蛋白ProSpecPRO-2673
重组小鼠FR-β蛋白Antibodies-OnlineABIN7274670
Agilent 1290 UPLC-6490 QQQ质谱仪Agilent--
Waters XBridge BEH Amide色谱柱Waters Corporation--
甲醇Fisher Scientific--
醋酸铵Fisher Scientific--
乙酸Fisher Scientific--
氢氧化铵Sigma-Aldrich--
磷酸盐缓冲液GE Healthcare Life Sciences--
Bullet Blender匀浆器Next Advance--
CentriVap浓缩仪Labconco--
HEPES缓冲E3培养基----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
PFAS暴露
PFAS浓度、暴露时间(3 hpf至3 dpf)、溶剂对照
阅读提示:Methods: Chemical exposure
行为学测试
Fishbook assay装置、测试时间(23 dpf)、社会分数计算方法
阅读提示:Methods: Fishbook assay
反向分子对接
数据库版本、对接软件、结合能阈值、口袋筛选方法
阅读提示:Methods: Reverse molecular docking screen and molecular docking validation
PISA分析
蛋白浓度、化合物浓度、孵育时间、温度梯度范围、离心条件
阅读提示:Methods: Proteome integral solubility alteration (PISA) assay
靶向代谢组学
样本量(n=20/组)、LC-MS/MS条件、内标
阅读提示:Methods: Targeted Metabolomics by LC-MS/MS
CRISPR敲除
sgRNA序列、注射浓度、注射体积
阅读提示:Methods: CRISPR-Cas9 gene knockout
叶酸挽救
PFAS浓度、叶酸浓度范围、暴露时间
阅读提示:Methods: Chemical exposure; Figure 5